[日本語] English
万見
- PDB-6nm8: IgV-V76T BMS compound 105 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nm8
タイトルIgV-V76T BMS compound 105
要素Programmed cell death 1 ligand 1
キーワードimmune system/inhibitor / Fragment-based screening / Structure-based design / PD-L1 inhibitor / Cancer drug discovery / Immunotherapy / IMMUNE SYSTEM / immune system-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor ligand activity / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KSD / Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.792 Å
データ登録者Perry, E. / Zhao, B. / Fesik, S.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)5T32GM065086 米国
National Science Foundation (NSF, United States)0922862 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10 RR025677 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10 RR026915 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2019
タイトル: Fragment-based screening of programmed death ligand 1 (PD-L1).
著者: Perry, E. / Mills, J.J. / Zhao, B. / Wang, F. / Sun, Q. / Christov, P.P. / Tarr, J.C. / Rietz, T.A. / Olejniczak, E.T. / Lee, T. / Fesik, S.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0593
ポリマ－29,6242
非ポリマー4361
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.455, 54.604, 141.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 18 through 30 or resid 32 through 35 or resid 37 through 142))
21(chain B and (resid 18 through 30 or resid 32 through 35 or resid 37 through 141 or resid 143))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAVALVAL(chain A and (resid 18 through 30 or resid 32 through 35 or resid 37 through 142))AA18 - 302 - 14
12TYRTYRASNASN(chain A and (resid 18 through 30 or resid 32 through 35 or resid 37 through 142))AA32 - 3516 - 19
13THRTHRHISHIS(chain A and (resid 18 through 30 or resid 32 through 35 or resid 37 through 142))AA37 - 14221 - 126
21ALAALAVALVAL(chain B and (resid 18 through 30 or resid 32 through 35 or resid 37 through 141 or resid 143))BB18 - 302 - 14
22TYRTYRASNASN(chain B and (resid 18 through 30 or resid 32 through 35 or resid 37 through 141 or resid 143))BB32 - 3516 - 19
23THRTHRHISHIS(chain B and (resid 18 through 30 or resid 32 through 35 or resid 37 through 141 or resid 143))BB37 - 14121 - 125
24HISHISHISHIS(chain B and (resid 18 through 30 or resid 32 through 35 or resid 37 through 141 or resid 143))BB143127

-
要素

#1: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 14811.928 Da / 分子数: 2 / 変異: V76T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 化合物 ChemComp-KSD / N-({2,6-dimethoxy-4-[(2-methyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]phenyl}methyl)-D-alanine


分子量: 435.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29NO5

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 29% PEG 4000, 0.28 M NaCl, 0.01 M Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.792→50 Å / Num. obs: 6839 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.8512.60.5923220.9450.1720.6170.919100
2.85-2.912.20.6573240.9330.1940.6860.87999.4
2.9-2.9612.10.6853180.9520.2050.7151.459100
2.96-3.0211.70.4873510.9510.1470.5090.92100
3.02-3.0810.90.4393430.9510.1370.4611.02498.8
3.08-3.1511.30.3393100.9860.1040.3550.919100
3.15-3.2311.90.3283480.9840.0970.3420.97199.7
3.23-3.32130.2633400.9880.0750.2740.962100
3.32-3.4212.80.2253350.9870.0650.2341.047100
3.42-3.5312.60.1733340.990.050.180.985100
3.53-3.6512.40.1553480.9930.0450.1621.009100
3.65-3.8120.1223420.9940.0370.1280.967100
3.8-3.9711.40.1133330.9920.0350.1181.071100
3.97-4.1810.10.0843530.9970.0270.0880.898100
4.18-4.4411.90.0793350.9960.0240.0820.976100
4.44-4.7912.50.0653640.9970.0190.0670.9199.7
4.79-5.2711.70.0743380.9950.0230.0780.90199.7
5.27-6.0311.40.0683600.9980.0210.0710.731100
6.03-7.599.60.0783690.9970.0250.0820.799100
7.59-509.90.0713720.9980.0210.0740.87390.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NP9

6np9


解像度: 2.792→20.263 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3041 345 5.08 %
Rwork0.1947 --
obs0.1999 6786 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.9 Å2 / Biso mean: 38.911 Å2 / Biso min: 7.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.792→20.263 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1988 0 32 0 2020
Biso mean--29.97 --
残基数----251
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A724X-RAY DIFFRACTION8.769TORSIONAL
12B724X-RAY DIFFRACTION8.769TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7919-3.51450.37621570.23653098325598
3.5145-20.26380.27341880.176333433531100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る