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- PDB-6nli: 1.90 A resolution structure of WT BfrB from Pseudomonas aeruginos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nli
タイトル1.90 A resolution structure of WT BfrB from Pseudomonas aeruginosa in complex with a protein-protein interaction inhibitor (analog 11)
要素Ferroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT / IRON STORAGE / IRON BINDING / IRON MOBILIZATION / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-KTM / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lovell, S. / Punchi-Hewage, A. / Battaile, K.P. / Yao, H. / Nammalwar, B. / Gnanasekaran, K.K. / Bunce, R.A. / Reitz, A.B. / Rivera, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI125529 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1615767 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM110761 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Small Molecule Inhibitors of the BfrB-Bfd Interaction Decrease Pseudomonas aeruginosa Fitness and Potentiate Fluoroquinolone Activity.
著者: Punchi Hewage, A.N.D. / Yao, H. / Nammalwar, B. / Gnanasekaran, K.K. / Lovell, S. / Bunce, R.A. / Eshelman, K. / Phaniraj, S.M. / Lee, M.M. / Peterson, B.R. / Battaile, K.P. / Reitz, A.B. / Rivera, M.
履歴
登録2019年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ferroxidase
B: Ferroxidase
C: Ferroxidase
D: Ferroxidase
E: Ferroxidase
F: Ferroxidase
G: Ferroxidase
H: Ferroxidase
I: Ferroxidase
J: Ferroxidase
K: Ferroxidase
L: Ferroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,38444
ポリマ－222,96212
非ポリマー9,42232
水23,4011299
1
A: Ferroxidase
B: Ferroxidase
C: Ferroxidase
D: Ferroxidase
E: Ferroxidase
F: Ferroxidase
G: Ferroxidase
H: Ferroxidase
I: Ferroxidase
J: Ferroxidase
K: Ferroxidase
L: Ferroxidase
ヘテロ分子

A: Ferroxidase
B: Ferroxidase
C: Ferroxidase
D: Ferroxidase
E: Ferroxidase
F: Ferroxidase
G: Ferroxidase
H: Ferroxidase
I: Ferroxidase
J: Ferroxidase
K: Ferroxidase
L: Ferroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,76988
ポリマ－445,92424
非ポリマー18,84564
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area83560 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area127280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.546, 194.227, 202.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-202-

HEM

21D-202-

HEM

31D-202-

HEM

41L-201-

HEM

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 5 or (resid 6...
21(chain B and (resid 1 through 5 or (resid 6...
31(chain C and (resid 1 through 5 or (resid 6...
41(chain D and (resid 1 through 5 or (resid 6...
51(chain E and (resid 1 through 5 or (resid 6...
61(chain F and (resid 1 through 5 or (resid 6...
71(chain G and (resid 1 through 38 or (resid 39...
81(chain H and (resid 1 through 5 or (resid 6...
91(chain I and (resid 1 through 4 or (resid 5...
101(chain J and (resid 1 through 4 or (resid 5...
111(chain K and (resid 1 or (resid 2 and (name...
121(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 5 or (resid 6...AA1 - 51 - 5
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 through 5 or (resid 6...AA66
13METMETGLUGLU(chain A and (resid 1 through 5 or (resid 6...AA1 - 1561 - 156
14METMETGLUGLU(chain A and (resid 1 through 5 or (resid 6...AA1 - 1561 - 156
21METMETLYSLYS(chain B and (resid 1 through 5 or (resid 6...BB1 - 51 - 5
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 1 through 5 or (resid 6...BB66
23METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 5 or (resid 6...BB1 - 1561 - 156
24METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 5 or (resid 6...BB1 - 1561 - 156
31METMETLYSLYS(chain C and (resid 1 through 5 or (resid 6...CC1 - 51 - 5
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 1 through 5 or (resid 6...CC66
33METMETGLUGLU(chain C and (resid 1 through 5 or (resid 6...CC1 - 1561 - 156
34METMETGLUGLU(chain C and (resid 1 through 5 or (resid 6...CC1 - 1561 - 156
35METMETGLUGLU(chain C and (resid 1 through 5 or (resid 6...CC1 - 1561 - 156
36METMETGLUGLU(chain C and (resid 1 through 5 or (resid 6...CC1 - 1561 - 156
37METMETGLUGLU(chain C and (resid 1 through 5 or (resid 6...CC1 - 1561 - 156
41METMETLYSLYS(chain D and (resid 1 through 5 or (resid 6...DD1 - 51 - 5
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 1 through 5 or (resid 6...DD66
43METMETGLUGLU(chain D and (resid 1 through 5 or (resid 6...DD1 - 1561 - 156
44METMETGLUGLU(chain D and (resid 1 through 5 or (resid 6...DD1 - 1561 - 156
51METMETLYSLYS(chain E and (resid 1 through 5 or (resid 6...EE1 - 51 - 5
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 1 through 5 or (resid 6...EE66
53METMETGLUGLU(chain E and (resid 1 through 5 or (resid 6...EE1 - 1561 - 156
54METMETGLUGLU(chain E and (resid 1 through 5 or (resid 6...EE1 - 1561 - 156
61METMETLYSLYS(chain F and (resid 1 through 5 or (resid 6...FF1 - 51 - 5
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 1 through 5 or (resid 6...FF66
63METMETGLUGLU(chain F and (resid 1 through 5 or (resid 6...FF1 - 1561 - 156
64METMETGLUGLU(chain F and (resid 1 through 5 or (resid 6...FF1 - 1561 - 156
71METMETLYSLYS(chain G and (resid 1 through 38 or (resid 39...GG1 - 381 - 38
72ARGARGARGARG(chain G and (resid 1 through 38 or (resid 39...GG3939
73METMETGLUGLU(chain G and (resid 1 through 38 or (resid 39...GG1 - 1561 - 156
74METMETGLUGLU(chain G and (resid 1 through 38 or (resid 39...GG1 - 1561 - 156
75METMETGLUGLU(chain G and (resid 1 through 38 or (resid 39...GG1 - 1561 - 156
76METMETGLUGLU(chain G and (resid 1 through 38 or (resid 39...GG1 - 1561 - 156
77METMETGLUGLU(chain G and (resid 1 through 38 or (resid 39...GG1 - 1561 - 156
81METMETLYSLYS(chain H and (resid 1 through 5 or (resid 6...HH1 - 51 - 5
82LYSLYSLYSLYS(chain H and (resid 1 through 5 or (resid 6...HH66
83METMETGLUGLU(chain H and (resid 1 through 5 or (resid 6...HH1 - 1561 - 156
84METMETGLUGLU(chain H and (resid 1 through 5 or (resid 6...HH1 - 1561 - 156
85METMETGLUGLU(chain H and (resid 1 through 5 or (resid 6...HH1 - 1561 - 156
86METMETGLUGLU(chain H and (resid 1 through 5 or (resid 6...HH1 - 1561 - 156
87METMETGLUGLU(chain H and (resid 1 through 5 or (resid 6...HH1 - 1561 - 156
91METMETASPASP(chain I and (resid 1 through 4 or (resid 5...II1 - 41 - 4
92LYSLYSLYSLYS(chain I and (resid 1 through 4 or (resid 5...II5 - 65 - 6
93METMETGLUGLU(chain I and (resid 1 through 4 or (resid 5...II1 - 1561 - 156
94METMETGLUGLU(chain I and (resid 1 through 4 or (resid 5...II1 - 1561 - 156
95METMETGLUGLU(chain I and (resid 1 through 4 or (resid 5...II1 - 1561 - 156
96METMETGLUGLU(chain I and (resid 1 through 4 or (resid 5...II1 - 1561 - 156
97METMETGLUGLU(chain I and (resid 1 through 4 or (resid 5...II1 - 1561 - 156
101METMETASPASP(chain J and (resid 1 through 4 or (resid 5...JJ1 - 41 - 4
102LYSLYSLYSLYS(chain J and (resid 1 through 4 or (resid 5...JJ5 - 65 - 6
103METMETGLUGLU(chain J and (resid 1 through 4 or (resid 5...JJ1 - 1561 - 156
104METMETGLUGLU(chain J and (resid 1 through 4 or (resid 5...JJ1 - 1561 - 156
105METMETGLUGLU(chain J and (resid 1 through 4 or (resid 5...JJ1 - 1561 - 156
106METMETGLUGLU(chain J and (resid 1 through 4 or (resid 5...JJ1 - 1561 - 156
107METMETGLUGLU(chain J and (resid 1 through 4 or (resid 5...JJ1 - 1561 - 156
111METMETMETMET(chain K and (resid 1 or (resid 2 and (name...KK11
112LYSLYSLYSLYS(chain K and (resid 1 or (resid 2 and (name...KK22
113METMETGLUGLU(chain K and (resid 1 or (resid 2 and (name...KK1 - 1561 - 156
114METMETGLUGLU(chain K and (resid 1 or (resid 2 and (name...KK1 - 1561 - 156
115METMETGLUGLU(chain K and (resid 1 or (resid 2 and (name...KK1 - 1561 - 156
116METMETGLUGLU(chain K and (resid 1 or (resid 2 and (name...KK1 - 1561 - 156
121METMETMETMET(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LL11
122LYSLYSLYSLYS(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LL22
123METMETGLUGLU(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LL1 - 1561 - 156
124METMETGLUGLU(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LL1 - 1561 - 156
125METMETGLUGLU(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LL1 - 1561 - 156
126METMETGLUGLU(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LL1 - 1561 - 156

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Ferroxidase


分子量: 18580.168 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: bfrB, PA3531 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ARCTIC EXPRESS RIL / 参照: UniProt: Q9HY79, ferroxidase

-
非ポリマー , 5種, 1331分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-KTM / 4-{[(2-hydroxyphenyl)methyl]amino}-1H-isoindole-1,3(2H)-dione


分子量: 268.267 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12N2O3
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 30% (v/v) PEG 200, 0.1M sodium acetate, 0.1M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.56 Å / Num. obs: 199628 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 25.35 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 1337641 / Scaling rejects: 16
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.102 / Num. unique obs: 9820 / CC1/2: 0.757 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D8O

5d8o


解像度: 1.9→47.222 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 21.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2046 9934 4.98 %
Rwork0.1655 --
obs0.1675 199535 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.55 Å2 / Biso mean: 29.8047 Å2 / Biso min: 13.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→47.222 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15157 0 792 1299 17248
Biso mean--40.63 40.69 -
残基数----1872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94122292
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7979659
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A10878X-RAY DIFFRACTION3.417TORSIONAL
12B10878X-RAY DIFFRACTION3.417TORSIONAL
13C10878X-RAY DIFFRACTION3.417TORSIONAL
14D10878X-RAY DIFFRACTION3.417TORSIONAL
15E10878X-RAY DIFFRACTION3.417TORSIONAL
16F10878X-RAY DIFFRACTION3.417TORSIONAL
17G10878X-RAY DIFFRACTION3.417TORSIONAL
18H10878X-RAY DIFFRACTION3.417TORSIONAL
19I10878X-RAY DIFFRACTION3.417TORSIONAL
110J10878X-RAY DIFFRACTION3.417TORSIONAL
111K10878X-RAY DIFFRACTION3.417TORSIONAL
112L10878X-RAY DIFFRACTION3.417TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.92160.29833460.250462816627100
1.9216-1.94420.3093110.241362646575100
1.9442-1.96790.25983140.224462816595100
1.9679-1.99280.27013440.220762656609100
1.9928-2.0190.2623480.208662706618100
2.019-2.04670.23653060.197263106616100
2.0467-2.07590.25093250.192662596584100
2.0759-2.10690.24243560.183562556611100
2.1069-2.13990.23953020.181762876589100
2.1399-2.17490.2343630.176462476610100
2.1749-2.21240.22953320.168562896621100
2.2124-2.25270.21983290.161563006629100
2.2527-2.2960.19932940.159363326626100
2.296-2.34290.20213430.159163136656100
2.3429-2.39380.20553320.157362496581100
2.3938-2.44950.21383290.154163056634100
2.4495-2.51070.19712980.152963246622100
2.5107-2.57860.1943130.147763286641100
2.5786-2.65450.20563080.150763766684100
2.6545-2.74020.19233580.152762556613100
2.7402-2.83810.18333100.147963456655100
2.8381-2.95170.21253410.150862906631100
2.9517-3.0860.19073550.164763496704100
3.086-3.24870.20793040.168963626666100
3.2487-3.45220.19163350.159963216656100
3.4522-3.71860.18363480.155663516699100
3.7186-4.09260.17523280.153163716699100
4.0926-4.68440.16873380.13564196757100
4.6844-5.90.21453720.176763946766100
5.9-47.23610.20743520.19126609696199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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