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万見
- PDB-6nl3: Solution structure of human Coa6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nl3
タイトルSolution structure of human Coa6
要素Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
キーワードOXIDOREDUCTASE / mitochondrial proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane ATP synthesis coupled electron transport / respiratory chain complex IV assembly / respiratory chain complex IV / Mitochondrial protein import / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial intermembrane space / copper ion binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing / torsion angle dynamics
データ登録者Naik, M.T. / Soma, S. / Gohil, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM111672 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: COA6 Is Structurally Tuned to Function as a Thiol-Disulfide Oxidoreductase in Copper Delivery to Mitochondrial Cytochrome c Oxidase.
著者: Soma, S. / Morgada, M.N. / Naik, M.T. / Boulet, A. / Roesler, A.A. / Dziuba, N. / Ghosh, A. / Yu, Q. / Lindahl, P.A. / Ames, J.B. / Leary, S.C. / Vila, A.J. / Gohil, V.M.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5871
ポリマ－9,5871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6270 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy
詳細The authors state that the protein is a homodimer according to gel filtration data and gives monodisperse NMR spectrum. They could not solve the dimer structure due to lack of inter-subunit NOEs and hence the structure has only a single chain.

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog


分子量: 9586.769 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 47-125 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COA6, C1orf31 / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5JTJ3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic12D COSY
123isotropic12D TOCSY
1193isotropic22D NOESY
151isotropic12D 1H-15N HSQC
171isotropic13D 1H-15N TOCSY
132isotropic12D 1H-13C HSQC
142isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1132isotropic13D HNCO
1122isotropic13D HN(CA)CO
1112isotropic13D HNCA
1102isotropic13D CBCA(CO)NH
192isotropic13D H(CCO)NH
182isotropic13D HBHA(CO)NH
162isotropic13D (H)CCH-COSY
1202isotropic12D-(HB)CB(CGCD)HD
1182isotropic23D 1H-15N NOESY
1172isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-15N] Coa6, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O15N-labeled Coa6N90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-13C; U-15N] Coa6, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O13C, 15N-labeled Coa6CN90% H2O/10% D2O
solution30.5 mM Coa6, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2ONon-labeled Coa6Unlab90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCoa6[U-15N]1
50 mMTRISnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
0.5 mMCoa6[U-13C; U-15N]2
50 mMTRISnatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
0.5 mMCoa6natural abundance3
50 mMTRISnatural abundance3
150 mMsodium chloridenatural abundance3
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: Condition1 / pH: 7.4 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospincollection
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
torsion angle dynamics2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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