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- PDB-6nkk: Structure of PhqE Reductase/Diels-Alderase from Penicillium fellu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nkk
タイトルStructure of PhqE Reductase/Diels-Alderase from Penicillium fellutanum in complex with NADP+ and premalbrancheamide
要素Short chain dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase / Diels-Alderase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く / alkaloid metabolic process / oxidoreductase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-PM7 / Short-chain dehydrogenase/reductase phqE
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium fellutanum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Newmister, S.A. / Dan, Q. / Smith, J.L. / Sherman, D.H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA070375 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118101 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK042303 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2019
タイトル: Fungal indole alkaloid biogenesis through evolution of a bifunctional reductase/Diels-Alderase.
著者: Dan, Q. / Newmister, S.A. / Klas, K.R. / Fraley, A.E. / McAfoos, T.J. / Somoza, A.D. / Sunderhaus, J.D. / Ye, Y. / Shende, V.V. / Yu, F. / Sanders, J.N. / Brown, W.C. / Zhao, L. / Paton, R.S. ...著者: Dan, Q. / Newmister, S.A. / Klas, K.R. / Fraley, A.E. / McAfoos, T.J. / Somoza, A.D. / Sunderhaus, J.D. / Ye, Y. / Shende, V.V. / Yu, F. / Sanders, J.N. / Brown, W.C. / Zhao, L. / Paton, R.S. / Houk, K.N. / Smith, J.L. / Sherman, D.H. / Williams, R.M.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short chain dehydrogenase
B: Short chain dehydrogenase
C: Short chain dehydrogenase
D: Short chain dehydrogenase
E: Short chain dehydrogenase
F: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,80118
ポリマ－165,3286
非ポリマー6,47312
水1,964109
1
A: Short chain dehydrogenase
B: Short chain dehydrogenase
C: Short chain dehydrogenase
D: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,53412
ポリマ－110,2184
非ポリマー4,3158
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17430 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area35130 Å2
手法PISA
2
E: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子

E: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子

F: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子

F: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,53412
ポリマ－110,2184
非ポリマー4,3158
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1,-z+11
Buried area15180 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area37960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)209.586, 117.248, 64.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.960, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1THRTHRchain AAA9 - 2659 - 265
2THRTHRchain BBB9 - 2659 - 265
3ASPASPchain CCC10 - 26510 - 265
4THRTHRchain DDD9 - 2659 - 265
5ASPASPchain EEE10 - 26510 - 265
6ASPASPchain FFF10 - 26510 - 265

-
要素

#1: タンパク質
Short chain dehydrogenase


分子量: 27554.613 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium fellutanum (菌類) / 遺伝子: phqE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0E2Z4
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-PM7 / (5aS,12aS,13aS)-12,12-dimethyl-2,3,11,12,12a,13-hexahydro-1H,5H,6H-5a,13a-(epiminomethano)indolizino[7,6-b]carbazol-14-one / premalbrancheamide E / (6S)-6β,8aβ-(イミノカルボニル)-7α,6-[ジメチルメチレン(1H-インド-ル-2,3-ジイル)メチレン(以下略)


分子量: 335.443 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 19% PEG 3350, 150 mM DL-malic acid, 2.5% ethylene glycol, 1 mM premalbrancheamide, 4 mM NADP+, 1% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→46.38 Å / Num. obs: 65748 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.29→2.38 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.299→46.377 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 42.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3357 3153 4.8 %
Rwork0.2932 --
obs0.2953 65742 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 182.93 Å2 / Biso mean: 75.1361 Å2 / Biso min: 23.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.299→46.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11175 0 438 109 11722
Biso mean--68.58 48.36 -
残基数----1539
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4824X-RAY DIFFRACTION6.973TORSIONAL
12B4824X-RAY DIFFRACTION6.973TORSIONAL
13C4824X-RAY DIFFRACTION6.973TORSIONAL
14D4824X-RAY DIFFRACTION6.973TORSIONAL
15E4824X-RAY DIFFRACTION6.973TORSIONAL
16F4824X-RAY DIFFRACTION6.973TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2994-2.33370.47791300.40922585271595
2.3337-2.37020.40051620.38162636279899
2.3702-2.40910.40761220.38112785290799
2.4091-2.45060.42331180.3722713283199
2.4506-2.49520.42281820.37612709289199
2.4952-2.54310.38741620.34912592275499
2.5431-2.59510.46621340.3442773290799
2.5951-2.65150.3991520.33922668282099
2.6515-2.71310.42811240.34652728285299
2.7131-2.7810.444990.33862753285299
2.781-2.85620.39371510.34482730288199
2.8562-2.94020.42591300.36212707283799
2.9402-3.03510.39231250.343227172842100
3.0351-3.14350.37231260.334827512877100
3.1435-3.26940.48511430.340427362879100
3.2694-3.41810.38081160.32227642880100
3.4181-3.59830.28931400.292527312871100
3.5983-3.82360.33431570.28132683284099
3.8236-4.11870.30511220.276427622884100
4.1187-4.53280.25181240.246227602884100
4.5328-5.1880.2831480.240527552903100
5.188-6.53340.31531630.27527412904100
6.5334-46.38620.23381230.20862810293399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.7116 Å / Origin y: 40.0556 Å / Origin z: 34.7385 Å
111213212223313233
T0.0762 Å20.176 Å20.2314 Å2-0.3897 Å2-0.2174 Å2--0.241 Å2
L0.7386 °20.1241 °20.7462 °2-1.1313 °2-0.1769 °2--1.5814 °2
S0.1001 Å °0.1982 Å °-0.0337 Å °0.0252 Å °-0.0635 Å °-0.0011 Å °-0.0737 Å °0.2818 Å °0.0022 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA9 - 265
2X-RAY DIFFRACTION1allA801 - 901
3X-RAY DIFFRACTION1allB9 - 265
4X-RAY DIFFRACTION1allB801 - 901
5X-RAY DIFFRACTION1allC10 - 265
6X-RAY DIFFRACTION1allC801 - 901
7X-RAY DIFFRACTION1allD9 - 265
8X-RAY DIFFRACTION1allD801 - 901
9X-RAY DIFFRACTION1allE10 - 265
10X-RAY DIFFRACTION1allE801 - 901
11X-RAY DIFFRACTION1allF10 - 265
12X-RAY DIFFRACTION1allF801 - 901
13X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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