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- PDB-6nju: Mouse endonuclease G mutant H97A bound to A-DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nju
タイトルMouse endonuclease G mutant H97A bound to A-DNA
要素
  • DNA (5'-D(CCGGCGCCGG)-3')
  • Endonuclease G, mitochondrial
キーワードRECOMBINATION / Complex / Endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial DNA catabolic process / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / positive regulation of mitochondrial DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptotic DNA fragmentation / DNA catabolic process / negative regulation of TOR signaling / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus ...mitochondrial DNA catabolic process / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / positive regulation of mitochondrial DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptotic DNA fragmentation / DNA catabolic process / negative regulation of TOR signaling / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / positive regulation of autophagy / cellular response to calcium ion / DNA endonuclease activity / cellular response to glucose stimulus / response to estradiol / cellular response to oxidative stress / perikaryon / cellular response to hypoxia / in utero embryonic development / nucleic acid binding / positive regulation of apoptotic process / response to antibiotic / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease ...DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Endonuclease G, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Vander Zanden, C.M. / Ho, E.N. / Czarny, R.S. / Robertson, A.B. / Ho, P.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1515521 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural adaptation of vertebrate endonuclease G for 5-hydroxymethylcytosine recognition and function.
著者: Vander Zanden, C.M. / Czarny, R.S. / Ho, E.N. / Robertson, A.B. / Ho, P.S.
履歴
登録2019年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.22020年1月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.32020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.42020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease G, mitochondrial
B: Endonuclease G, mitochondrial
C: Endonuclease G, mitochondrial
D: Endonuclease G, mitochondrial
E: DNA (5'-D(CCGGCGCCGG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,97414
ポリマ－114,6135
非ポリマー3619
水4,360242
1
C: Endonuclease G, mitochondrial
D: Endonuclease G, mitochondrial
E: DNA (5'-D(CCGGCGCCGG)-3')
ヘテロ分子

C: Endonuclease G, mitochondrial
D: Endonuclease G, mitochondrial
E: DNA (5'-D(CCGGCGCCGG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,21418
ポリマ－117,6606
非ポリマー55412
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
2
A: Endonuclease G, mitochondrial
B: Endonuclease G, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8675
ポリマ－55,7832
非ポリマー843
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.983, 107.983, 357.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Endonuclease G, mitochondrial / Endo G


分子量: 27891.410 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 43-294 / 変異: H97A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Endog / プラスミド: pMal-c2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O08600, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(CCGGCGCCGG)-3')


分子量: 3046.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 251分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 22% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年7月22日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→59.57 Å / Num. obs: 52587 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.814 / Rpim(I) all: 0.256 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.42 Å / 冗長度: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 6.791 / Num. unique obs: 4441 / CC1/2: 0.343 / Rpim(I) all: 2.231 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13-2998精密化
XDSデータ削減
PHASERv2.7.16位相決定
Cootv0.8.9.1モデル構築
Aimlessv0.7.1データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GKP

5gkp


解像度: 2.35→53.992 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2915 2533 4.83 %
Rwork0.2223 --
obs0.2256 52389 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.43 Å2 / Biso mean: 35.7824 Å2 / Biso min: 10.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→53.992 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7213 202 16 243 7674
Biso mean--38.87 32.03 -
残基数----914
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.39520.42311360.36462697283399
2.3952-2.44410.37251520.343226732825100
2.4441-2.49730.37331570.314126802837100
2.4973-2.55540.36591360.296727272863100
2.5554-2.61930.3491360.288927212857100
2.6193-2.69010.36531280.285927402868100
2.6901-2.76930.35081340.268427382872100
2.7693-2.85860.33571330.250527322865100
2.8586-2.96080.30741460.248527132859100
2.9608-3.07930.35231330.245827642897100
3.0793-3.21950.27461400.222427422882100
3.2195-3.38920.27711440.211727732917100
3.3892-3.60150.28251300.194727912921100
3.6015-3.87950.28241300.188327782908100
3.8795-4.26970.26541270.175328172944100
4.2697-4.88720.2271610.164328152976100
4.8872-6.1560.24871570.190528593016100
6.156-54.00570.23711530.205530963249100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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