+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6njp | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the assembled ATPase EscN in complex with its central stalk EscO from the enteropathogenic E. coli (EPEC) type III secretion system | ||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / ATPase / Type III Secretion System / ADP / hexamer | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å | ||||||||||||
![]() | Majewski, D.D. / Worrall, L.J. / Hong, C. / Atkinson, C.E. / Vuckovic, M. / Watanabe, N. / Yu, Z. / Strynadka, N.C.J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the homohexameric T3SS ATPase-central stalk complex reveals rotary ATPase-like asymmetry. 著者: Dorothy D Majewski / Liam J Worrall / Chuan Hong / Claire E Atkinson / Marija Vuckovic / Nobuhiko Watanabe / Zhiheng Yu / Natalie C J Strynadka / ![]() ![]() 要旨: Many Gram-negative bacteria, including causative agents of dysentery, plague, and typhoid fever, rely on a type III secretion system - a multi-membrane spanning syringe-like apparatus - for their ...Many Gram-negative bacteria, including causative agents of dysentery, plague, and typhoid fever, rely on a type III secretion system - a multi-membrane spanning syringe-like apparatus - for their pathogenicity. The cytosolic ATPase complex of this injectisome is proposed to play an important role in energizing secretion events and substrate recognition. We present the 3.3 Å resolution cryo-EM structure of the enteropathogenic Escherichia coli ATPase EscN in complex with its central stalk EscO. The structure shows an asymmetric pore with different functional states captured in its six catalytic sites, details directly supporting a rotary catalytic mechanism analogous to that of the heterohexameric F/V-ATPases despite its homohexameric nature. Situated at the C-terminal opening of the EscN pore is one molecule of EscO, with primary interaction mediated through an electrostatic interface. The EscN-EscO structure provides significant atomic insights into how the ATPase contributes to type III secretion, including torque generation and binding of chaperone/substrate complexes. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 479.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 389.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 109.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-タンパク質 , 2種, 7分子 ABCDEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 49196.566 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 29-446 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: escN, E2348C_3948 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 14971.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: E2348C_3947 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 4種, 33分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/AF3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/AF3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-AF3 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Homohexameric complex of ATPase EscN bound to one molecule of central stalk EscO タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.34 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 57.67 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 600000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: phenix.real_space_refine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / PDB chain-ID: A / Source name: PDB / タイプ: experimental model
|