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万見
- PDB-6njh: Crystal Structure of the PDE4D Catalytic Domain and UCR2 Regulato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6njh
タイトルCrystal Structure of the PDE4D Catalytic Domain and UCR2 Regulatory Helix with T-48
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PDE4D / CAMP-SPECIFIC 3'5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 4D / UCR2 / cAMP / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling receptor regulator activity / negative regulation of heart contraction / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of heart contraction / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / heterocyclic compound binding / positive regulation of heart rate / adrenergic receptor signaling pathway / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / calcium channel regulator activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP binding / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cellular response to cAMP / cAMP-mediated signaling / calcium channel complex / cellular response to epinephrine stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / ATPase binding / scaffold protein binding / G alpha (s) signalling events / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KRD / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Fox III, D. / Fairman, J.W. / Gurney, M.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS078034 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Design and Synthesis of Selective Phosphodiesterase 4D (PDE4D) Allosteric Inhibitors for the Treatment of Fragile X Syndrome and Other Brain Disorders.
著者: Gurney, M.E. / Nugent, R.A. / Mo, X. / Sindac, J.A. / Hagen, T.J. / Fox III, D. / O'Donnell, J.M. / Zhang, C. / Xu, Y. / Zhang, H.T. / Groppi, V.E. / Bailie, M. / White, R.E. / Romero, D.L. / ...著者: Gurney, M.E. / Nugent, R.A. / Mo, X. / Sindac, J.A. / Hagen, T.J. / Fox III, D. / O'Donnell, J.M. / Zhang, C. / Xu, Y. / Zhang, H.T. / Groppi, V.E. / Bailie, M. / White, R.E. / Romero, D.L. / Vellekoop, A.S. / Walker, J.R. / Surman, M.D. / Zhu, L. / Campbell, R.F.
履歴
登録2019年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
C: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
D: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,25118
ポリマ－170,3724
非ポリマー1,87914
水10,142563
1
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0755
ポリマ－42,5931
非ポリマー4824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0514
ポリマ－42,5931
非ポリマー4583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0514
ポリマ－42,5931
非ポリマー4583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0755
ポリマ－42,5931
非ポリマー4824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.640, 82.070, 116.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / DPDE3 / PDE43


分子量: 42593.051 Da / 分子数: 4 / 変異: S579A, S581A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / プラスミド: PEMB44 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-KRD / 2-(4-{[4-(3-chlorophenyl)-6-ethyl-1,3,5-triazin-2-yl]amino}phenyl)acetamide


分子量: 367.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18ClN5O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 4.6MG/ML VCID7620 + 0.5MM T-048-1 1MM DTT, 0.1MM ZNCL2, 0.1MM MGCL2 (BATCH 1214013) AGAINST SPARSE MATRIX CONDITION MORPHEUS C4, 12.5% W/V PEG1,000 , 12.5% W/V PEG3,350 , 12.5% W/V MPD , 0. ...詳細: 4.6MG/ML VCID7620 + 0.5MM T-048-1 1MM DTT, 0.1MM ZNCL2, 0.1MM MGCL2 (BATCH 1214013) AGAINST SPARSE MATRIX CONDITION MORPHEUS C4, 12.5% W/V PEG1,000 , 12.5% W/V PEG3,350 , 12.5% W/V MPD , 0.03M NPS (SODIUM NITRATE, DISODIUM HYDROGEN PHOSPHATE, AMMONIUM SULFATE), 0.1M MES/IMIDAZOLE PH 6.5, CRYO-PROTECTED - DIRECT (QYM9-2), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月8日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 76922 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 34.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 11.59
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 5715 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.929 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.182 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 3879 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 76919 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-1.55 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10489 0 114 563 11166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01910871
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0210023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.93414846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2442.99422882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.21851344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9325.077520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.035151728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8721544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.022566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 297 -
Rwork0.256 5402 -
obs--98.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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