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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nje
タイトルCrystal structure of the motor domain of human kinesin family member 22
要素Kinesin-like protein KIF22
キーワードTRANSPORT PROTEIN / limited proteolysis / kinesin / structural genomics consortium / motor domain / adp / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


metaphase chromosome alignment / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / sister chromatid cohesion / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / mitotic metaphase chromosome alignment / microtubule-based movement / MHC class II antigen presentation ...metaphase chromosome alignment / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / sister chromatid cohesion / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / mitotic metaphase chromosome alignment / microtubule-based movement / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle / kinetochore / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / nuclear speck / DNA repair / chromatin / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix-hairpin-helix motif / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / RuvA domain 2-like / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. ...Helix-hairpin-helix motif / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / RuvA domain 2-like / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein KIF22
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Walker, B.C. / Zhu, H. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Park, H. / Cochran, J.C. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the motor domain of human kinesin family member 22
著者: Walker, B.C. / Zhu, H. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2019年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年1月16日ID: 3BFN
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7147
ポリマ－42,1331
非ポリマー5816
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.530, 58.730, 116.453
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF22 / Kinesin-like DNA-binding protein / Kinesin-like protein 4


分子量: 42132.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF22, KID, KNSL4 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon(+) RIL / 参照: UniProt: Q14807

-
非ポリマー , 5種, 96分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.2 M NaCl, 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35.48 Å / Num. obs: 16157 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 39.71 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 109199 / Scaling rejects: 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.274.40.845812130958120.7680.4260.9462.495
9.06-35.485.80.022161427810.010.02453.898.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: continued refinement of model from PDB entry 3BFN. Previously solved using coordinates from PDB entry 3B6U.

3bfn
PDB 未公開エントリ

3b6u


解像度: 2.2→35.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.276 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.288 / SU Rfree Blow DPI: 0.223 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.222
詳細: Discontinuous electron density suggests that some residues between positions 55 and 71, which have been omitted from the model, form an additional strand adjacent to the strand that includes ...詳細: Discontinuous electron density suggests that some residues between positions 55 and 71, which have been omitted from the model, form an additional strand adjacent to the strand that includes residues 74 through 76.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 814 5.06 %
Rwork0.2 --
obs0.203 16084 99.6 %
原子変位パラメータBiso max: 128.33 Å2 / Biso mean: 39.38 Å2 / Biso min: 15.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5528 Å20 Å20 Å2
2--7.8393 Å20 Å2
3----2.2866 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→35.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2333 0 32 90 2455
Biso mean--35.77 36.63 -
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d851SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes56HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes365HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2412HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion306SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2719SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2412HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3269HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.36
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.35 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 150 5.31 %
Rwork0.246 2674 -
all-2824 -
obs--97.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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