PDB-6nj2: thermostable carbonic anhydrase II variant with tetrazine 2.0 at ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nj2

タイトル

thermostable carbonic anhydrase II variant with tetrazine 2.0 at site 186

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / genetic code expansion / thermostability / protein engineering

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kean, K.M. / Karplus, P.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Appl Mater Interfaces / 年: 2019
タイトル: Immobilization of Proteins with Controlled Load and Orientation.
著者: Bednar, R.M. / Golbek, T.W. / Kean, K.M. / Brown, W.J. / Jana, S. / Baio, J.E. / Karplus, P.A. / Mehl, R.A.

履歴

登録	2019年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年10月28日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation_author / struct_conn / struct_conn_type Item: _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.conn_type_id ..._citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nj2.cif.gz	319.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nj2.ent.gz	264 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nj2_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nj2_full_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示
XML形式データ	6nj2_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	6nj2_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/6nj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/6nj2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nj3C 6nj4C 6nj5C 6nj6C 1ca2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zxw-d 1zsa-d 4cnw-1 1tbt-d 1cin-d 2fmg-d 6vj3-d 4q8z-d 4q6e-d 3mzc-d 3mnk-d 5sz6-d 6ecz-d 2nxt-d 4k0t-d 6rzx-d 1ugf-d 5txy-d 6fag-2 6ouk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.440, 93.680, 101.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 30241.906 Da / 分子数: 2 / 変異: A64T, L99H, K153N, L223S, L239P, A247T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 278K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→36.04 Å / Num. obs: 94004 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.72
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 6873 / CC_1/2: 0.2 / R_rim(I) all: 435.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CA2

1ca2

解像度: 1.5→37.25 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.17 / 位相誤差: 20.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	9160	5.07 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.173	180549	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4093	0	30	579	4702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.031	4377
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	5959
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.163	2573
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	619
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	775

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5171	0.4097	334	0.4046	5657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5171-1.5349	0.3941	307	0.3697	5726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5349-1.5536	0.3495	312	0.3403	5674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.5733	0.3232	322	0.3271	5708	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5733-1.594	0.3431	297	0.3185	5696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.6158	0.301	289	0.3081	5761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6389	0.3084	325	0.2976	5685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6389-1.6634	0.306	319	0.2899	5738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6634-1.6894	0.2875	340	0.277	5603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6894-1.7171	0.2844	292	0.26	5792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7467	0.2664	280	0.2534	5716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7467-1.7784	0.2407	301	0.2368	5699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.2468	311	0.2339	5750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8496	0.2481	303	0.2181	5677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8899	0.2343	328	0.2083	5702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9338	0.2149	299	0.1944	5733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9822	0.166	268	0.1674	5769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9822-2.0358	0.1712	301	0.1598	5712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0358-2.0957	0.1798	355	0.1477	5623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0957-2.1633	0.1707	311	0.148	5685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.2406	0.1633	282	0.1387	5775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2406-2.3303	0.1582	316	0.1361	5692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3303-2.4363	0.1498	306	0.1289	5741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4363-2.5648	0.1507	331	0.1269	5716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5648-2.7254	0.1587	328	0.1309	5621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7254-2.9358	0.1587	278	0.1287	5794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9358-3.231	0.17	301	0.1361	5723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.231-3.6982	0.1654	317	0.1312	5703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6982-4.6579	0.165	240	0.1202	5764	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6579-37.2611	0.1626	267	0.1681	5754	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7277	0.0652	-0.0575	0.7415	-0.2914	1.083	0.0155	-0.0102	0.0146	0.0532	0.0216	-0.0064	-0.0358	-0.0139	0.0015	0.1218	0.0015	0.0152	0.1108	-0.0004	0.1323	-7.7821	-14.0569	24.2894
2	0.7031	-0.1723	0.186	1.0339	-0.2051	0.8156	0.0125	-0.007	-0.0116	0.0063	-0.0127	0.022	0.0399	-0.0109	-0.0002	0.1144	0.0061	0.0014	0.1349	-0.0028	0.1157	22.5641	-0.8775	41.4222

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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