PDB-6nir: Crystal structure of a GII.4 norovirus HOV protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nir

タイトル

Crystal structure of a GII.4 norovirus HOV protease

要素

HOV protease
HOV protease fragment

キーワード

VIRAL PROTEIN / norovirus / protease

機能・相同性

Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Norovirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.704 Å

データ登録者

Prasad, B.V.V. / Hu, L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: GII.4 Norovirus Protease Shows pH-Sensitive Proteolysis with a Unique Arg-His Pairing in the Catalytic Site.
著者: Viskovska, M.A. / Zhao, B. / Shanker, S. / Choi, J.M. / Deng, L. / Song, Y. / Palzkill, T. / Hu, L. / Estes, M.K. / Venkataram Prasad, B.V.

履歴

登録	2018年12月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nir.cif.gz	271.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nir.ent.gz	223 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/6nir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/6nir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fyqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6pyb-1 6pya-1 4hf7-1 1wnu-d 5dgg-d 6bmg-d 1lhn-1 6tc1-d 4d82-3 4ybr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HOV protease

B: HOV protease

C: HOV protease

D: HOV protease

X: HOV protease fragment

78.3 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HOV protease

D: HOV protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HOV protease

C: HOV protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

X: HOV protease fragment

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
529 Da, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.757, 91.005, 141.565
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HOV protease 分子量: 19448.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus (ウイルス) / 株: Hu/Houston/TCH186/2002/US / プラスミド: pET - 46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質・ペプチド	HOV protease fragment 分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus (ウイルス) / 株: Hu/Houston/TCH186/2002/US / プラスミド: pET - 46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月22日
放射	モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 18302 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC_1/2: 0.752 / R_pim(I) all: 0.487

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FYQ

2fyq

解像度: 2.704→36.285 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2458	899	4.91 %
R_work	0.2066	-	-
obs	0.2086	18302	88.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.704→36.285 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5214	0	0	0	5214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5341
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.03	7228
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.782	3142
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	814
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	922

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7036-2.8729	0.3325	79	0.2861	1516	X-RAY DIFFRACTION	47
2.8729-3.0946	0.3353	127	0.2612	2669	X-RAY DIFFRACTION	82
3.0946-3.4058	0.2697	170	0.2427	3215	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4058-3.8981	0.2552	179	0.2165	3261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8981-4.9093	0.219	169	0.1702	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9093-36.2886	0.2167	175	0.1874	3444	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5047	0.2442	0.7356	2.0758	1.0279	0.7994	0.0305	-0.2076	-0.0621	0.2753	0.1292	-0.7219	0.1051	-0.0095	-0.0491	0.1135	0.0069	-0.0506	0.2217	-0.0663	0.431	14.8664	7.7874	-26.4716
2	3.8475	-1.9008	3.2199	2.4324	-1.2049	3.3407	-0.0546	-0.5272	-0.0477	0.3705	0.1028	-0.2554	-0.2572	0.0765	0.0414	0.4291	-0.0149	-0.2261	0.3284	-0.1066	0.6391	17.0932	15.7253	-19.9806
3	1.9636	0.1733	-1.1297	0.9678	0.4224	0.9361	-0.0269	0.0417	0.2572	0.0679	-0.0233	-0.2532	0.0185	0.2686	0.078	0.2391	0.0461	-0.0872	0.4254	-0.0318	1.0304	26.2883	8.4526	-29.8804
4	0.7456	0.2579	-0.1545	1.3299	-0.2134	0.5671	0.0806	-0.0974	0.1942	0.0001	0.0395	-0.0726	-0.0199	-0.0455	0.1674	0.0997	-0.1128	0.0984	0.1858	-0.0272	0.199	8.8688	15.5145	-37.4413
5	0.9648	-1.1775	-0.8543	1.7659	1.8343	2.658	-0.0877	-0.0207	0.0625	0.3492	0.0348	0.2581	0.1927	-0.4025	0.1903	0.2168	0.0692	0.1128	0.348	0.0488	0.2681	-0.589	17.9971	-32.6419
6	0.7569	0.2426	0.562	1.5061	0.7992	0.6871	-0.08	0.1615	0.0314	-0.1136	0.2101	-0.0921	-0.0805	-0.1151	0.2326	0.044	-0.0391	0.1636	0.2281	0.0175	0.223	3.972	15.0912	-37.0627
7	2.6076	1.7711	2.5636	3.3971	1.5091	3.4726	0.0438	-0.2138	0.0169	0.0973	0.0618	0.0036	0.0741	-0.0912	0.0791	0.0435	0.0052	-0.0139	0.2026	0.0849	0.1694	-0.5348	17.7982	-31.8411
8	2.4895	-0.2146	0.1386	0.4404	0.1762	1.3399	0.0406	0.1589	0.1179	0.0363	0.0893	-0.4905	0.0083	0.1856	0.2548	0.1441	-0.0172	-0.1591	0.2624	-0.0172	0.8214	27.39	-6.074	-30.2615
9	3.4537	1.2841	-0.2673	1.1724	-0.0597	0.4548	-0.0829	0.1384	0.1061	-0.0894	-0.0778	-0.3889	0.1043	0.1583	-0.1397	0.3685	0.0137	0.2639	0.3928	-0.1669	1.0821	31.2611	-11.1258	-38.5886
10	0.3453	0.0306	0.0575	0.4904	-0.0478	0.0163	0.0192	0.0844	-0.113	0.0719	-0.1373	-0.4784	-0.0722	0.0794	-0.1828	0.101	0.0403	-0.175	0.3372	0.0386	0.6162	21.3816	-14.5019	-24.8757
11	0.7427	-1.116	0.0541	5.5018	-2.0722	1.0669	0.1142	0.3063	0.2837	-0.2063	-0.0306	-0.4093	-0.3292	0.1637	0.0924	0.4708	-0.0607	0.1226	0.4771	-0.1002	0.3394	11.8954	-16.4689	-41.9958
12	1.8568	0.8397	-0.2866	1.8699	-0.7787	1.3779	0.2204	-0.0246	0.2623	0.0206	-0.2034	0.2653	-0.2392	-0.4362	-0.01	0.1846	-0.0008	-0.026	0.3439	-0.1111	0.4058	4.9083	-13.2448	-27.3686
13	1.8965	-0.5675	0.0837	1.2839	-0.393	0.8485	0.0166	-0.0942	-0.3742	0.1404	0.1563	-0.3905	0.1241	-0.0081	0.0397	0.0194	0.0721	-0.1596	0.1744	-0.0015	0.4939	16.5126	-16.3309	-29.112
14	3.3716	-0.7385	-0.4953	3.3385	1.5248	2.0627	0.0945	-0.033	0.0597	0.1752	0.0611	-0.1046	-0.2873	0.1354	0.1246	0.7337	-0.0049	-0.0283	0.3135	-0.0269	0.1322	3.3008	-2.6992	-8.0894
15	1.0395	-0.2151	0.1946	0.8937	0.503	0.7308	0.0755	-0.3598	0.3572	0.2415	0.0669	0.0059	-0.2404	0.0273	-0.1133	1.2795	-0.0154	0.3216	0.5323	-0.11	0.4376	-3.6513	-1.4669	2.1664
16	0.1901	-0.1759	0.5703	3.7623	1.1145	2.4742	-0.0489	-0.1543	-0.1147	0.6979	-0.0553	0.2928	-0.0989	0.0279	0.0636	0.5492	0.0316	0.0321	0.4393	-0.005	0.1621	-1.1325	-12.6811	-11.9974
17	1.6859	1.1663	-0.2033	1.0847	-0.2092	1.8655	0.03	-0.2642	-0.2089	0.5482	-0.2066	-0.1982	0.2404	0.22	0.0437	0.7519	0.0356	0.014	0.417	-0.0127	0.3707	1.461	-21.6574	-6.3036
18	1.3755	0.032	-0.7426	1.2469	-0.0144	1.8526	0.0722	-0.1456	-0.0707	0.9904	-0.1028	-0.2015	0.3242	0.0831	-0.0156	0.7736	0.0581	-0.0702	0.3342	0.0117	0.2034	2.26	-17.7563	-10.0977
19	0.0033	0.0013	-0.0007	-0.0001	-0.0013	0.0003	0.1409	0.2468	0.0281	-0.0117	-0.0241	0.0826	-0.0018	0.0878	-0.0869	1.1721	0.0364	0.0917	0.4731	-0.187	0.6269	-23.2524	-14.5615	0.223
20	2.1445	-0.2518	0.4275	0.6686	0.3506	0.8755	0.0415	0.2157	-0.4853	-0.8341	0.0059	-0.1173	0.5127	-0.0703	0.0631	0.7149	-0.0396	0.0423	0.1997	-0.0135	0.2296	1.4955	-11.4715	-56.4041
21	0.896	0.3308	-0.0512	1.5595	-0.6369	0.2695	-0.0004	0.1842	-0.5069	-0.5264	0.1238	0.1307	0.1691	-0.3056	-0.0861	1.3527	-0.1639	-0.1912	0.4441	0.0174	0.5419	-4.346	-13.7772	-62.0519
22	1.2325	-0.2872	-0.8471	2.7944	0.1361	0.6372	-0.2083	0.1683	0.0615	-0.8735	0.2836	-0.0606	-0.0439	0.0497	-0.085	0.4457	-0.1154	0.0185	0.2176	-0.0085	0.1924	-1.6885	2.1178	-53.5557
23	0.5995	-0.0763	-0.8368	1.177	-0.6902	1.7251	0.1032	0.1469	0.0928	-0.7478	-0.0651	-0.4306	0.0197	0.2805	-0.1045	0.6352	-0.0659	0.2262	0.264	0.0149	0.3275	6.0577	9.2845	-57.63
24	2.7546	-0.7377	-0.069	1.7674	0.608	2.7858	0.1363	0.1043	-0.0573	-0.568	0.0098	-0.0699	-0.0798	-0.0192	-0.0233	0.7608	-0.0989	0.0403	0.2419	-0.0114	0.1257	-0.4901	3.4169	-56.8266
25	3.3986	-2.3843	4.5254	2.0051	-3.3874	6.3089	0.1129	0.0767	0.1368	-0.1953	0.0097	-0.3387	-0.0625	0.1171	-0.0486	0.5782	-0.1941	0.0538	0.4228	0.0067	0.5599	6.0209	-18.542	-44.1995

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 60 through 69 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 70 through 93 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 94 through 112 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 113 through 160 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 161 through 172 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 4 through 43 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 44 through 59 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 60 through 101 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 102 through 114 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 115 through 135 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 136 through 173 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1 through 19 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 20 through 69 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 70 through 93 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 94 through 112 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 113 through 170 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 171 through 180 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid -1 through 43 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 44 through 69 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 70 through 93 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 94 through 135 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 136 through 172 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'X' and (resid 1 through 6 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)