[日本語] English
万見
- PDB-6nih: Crystal structure of human TLR1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nih
タイトルCrystal structure of human TLR1
要素Toll-like receptor 1,Variable lymphocyte receptor B
キーワードIMMUNE SYSTEM / Toll-like receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Beta defensins / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / lipopeptide binding / Toll-like receptor 2 binding / macrophage activation / Regulation of TLR by endogenous ligand ...Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Beta defensins / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / lipopeptide binding / Toll-like receptor 2 binding / macrophage activation / Regulation of TLR by endogenous ligand / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / MyD88 deficiency (TLR2/4) / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor signaling pathway / extracellular matrix / positive regulation of interleukin-8 production / microglial cell activation / positive regulation of interleukin-6 production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / ER-Phagosome pathway / receptor complex / immune response / inflammatory response / membrane raft / innate immune response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine rich repeat C-terminal domain / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll-like receptor / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal ...: / Leucine rich repeat C-terminal domain / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll-like receptor / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / Toll-like receptor 1 / Variable lymphocyte receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Eptatretus stoutii (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Su, L. / Zhang, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of TLR2/TLR1 Activation by the Synthetic Agonist Diprovocim.
著者: Su, L. / Wang, Y. / Wang, J. / Mifune, Y. / Morin, M.D. / Jones, B.T. / Moresco, E.M.Y. / Boger, D.L. / Beutler, B. / Zhang, H.
履歴
登録2018年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 1,Variable lymphocyte receptor B
B: Toll-like receptor 1,Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,2589
ポリマ－124,6942
非ポリマー2,5647
水3,891216
1
A: Toll-like receptor 1,Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4174
ポリマ－62,3471
非ポリマー1,0703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Toll-like receptor 1,Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8415
ポリマ－62,3471
非ポリマー1,4944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.028, 74.377, 106.076
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 26 through 93 or resid 95...
21(chain B and (resid 26 through 93 or resid 95...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLNGLN(chain A and (resid 26 through 93 or resid 95...AA26 - 9326 - 93
12LEULEUTHRTHR(chain A and (resid 26 through 93 or resid 95...AA95 - 14995 - 149
13LEULEUSERSER(chain A and (resid 26 through 93 or resid 95...AA151 - 247151 - 247
14LEULEUSERSER(chain A and (resid 26 through 93 or resid 95...AA249 - 279249 - 279
15VALVALVALVAL(chain A and (resid 26 through 93 or resid 95...AA281 - 339281 - 339
16METMETCYSCYS(chain A and (resid 26 through 93 or resid 95...AA341 - 543341 - 543
21GLUGLUGLNGLN(chain B and (resid 26 through 93 or resid 95...BB26 - 9326 - 93
22LEULEUTHRTHR(chain B and (resid 26 through 93 or resid 95...BB95 - 14995 - 149
23LEULEUSERSER(chain B and (resid 26 through 93 or resid 95...BB151 - 247151 - 247
24LEULEUSERSER(chain B and (resid 26 through 93 or resid 95...BB249 - 279249 - 279
25GLUGLUTHRTHR(chain B and (resid 26 through 93 or resid 95...BB26 - 54526 - 545

-
要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 1,Variable lymphocyte receptor B / Toll/interleukin-1 receptor-like protein / TIL


分子量: 62346.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Eptatretus stoutii (魚類)
遺伝子: TLR1, KIAA0012, VLRB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15399, UniProt: Q2YDZ3
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium citrate tribasic pH7.0, 0.1 M imidazole pH7.5 and 18% PEG1900 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 59039 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.946 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.297.41.44729210.7080.5481.5520.8398.8
2.29-2.337.71.28329420.790.4791.3730.81898.5
2.33-2.388.61.03229350.850.361.0950.82299.5
2.38-2.428.50.85529530.8950.30.9080.82599.5
2.42-2.488.60.76729500.9230.2680.8140.82899.6
2.48-2.538.50.65129000.9320.2290.6910.83599.4
2.53-2.68.50.54329730.9560.1920.5780.81699.2
2.6-2.678.40.45829320.9640.1630.4880.83199.1
2.67-2.758.20.35929370.9760.1290.3820.83999.2
2.75-2.837.60.31729090.980.1190.340.8597.9
2.83-2.948.90.2429270.990.0830.2550.88699.4
2.94-3.058.80.20629820.9910.0710.2180.92699.9
3.05-3.198.90.16629310.9930.0570.1751.02699.3
3.19-3.368.80.1329520.9950.0450.1381.14399.3
3.36-3.578.50.11429640.9950.040.1211.32299.1
3.57-3.858.30.129410.9960.0360.1061.598.7
3.85-4.2390.08829760.9970.030.0931.55999.8
4.23-4.858.90.08429800.9960.0290.0891.53899.1
4.85-6.18.40.07829890.9960.0280.0831.26398.6
6.1-508.70.06130450.9980.0220.0650.95698.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2z7x

2z7x


解像度: 2.3→46.397 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 1958 4.81 %
Rwork0.2435 38761 -
obs0.2449 40719 74.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 183.68 Å2 / Biso mean: 50.5567 Å2 / Biso min: 6.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→46.397 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8336 0 318 216 8870
Biso mean--48.78 32.06 -
残基数----1039
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4954X-RAY DIFFRACTION9.217TORSIONAL
12B4954X-RAY DIFFRACTION9.217TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.35750.3715480.308593898626
2.3575-2.42120.3761570.3031148120531
2.4212-2.49250.3178740.29241460153440
2.4925-2.57290.2954930.29431834192750
2.5729-2.66490.30731110.29642207231860
2.6649-2.77150.35081330.29362622275571
2.7715-2.89770.3041530.29573029318282
2.8977-3.05040.31291700.29283371354192
3.0504-3.24150.30041850.27583661384698
3.2415-3.49170.30121840.2553637382199
3.4917-3.84290.24621840.22483666385099
3.8429-4.39860.26091900.201737323922100
4.3986-5.54030.22581840.19783663384798
5.5403-46.40670.24491920.22773793398599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0271.28030.80681.56540.48492.61250.1811-0.7915-0.5220.4583-0.2343-0.45470.04540.06150.0190.1879-0.097-0.08870.27440.02340.354683.6658-47.995140.4426
21.26610.7217-0.91730.9516-0.42180.729-0.12980.77890.006-0.20860.22570.15720.0568-0.30430.43150.0955-0.19270.02940.6034-0.1380.260975.1983-41.48923.3074
31.9376-1.73890.48156.1758-1.08243.5010.21651.1277-0.2809-1.213-0.0663-0.00330.399-0.4386-0.110.4869-0.22460.07951.1543-0.09090.375485.6732-41.64951.8113
41.9532-2.6326-3.10357.10962.73345.52040.19230.4769-0.1395-0.706-0.37260.23410.0345-0.41980.16840.3413-0.17540.02390.9285-0.10770.270393.219-35.27161.1476
50.7295-0.8330.49195.0614-0.46960.35260.24110.3697-0.0853-0.7219-0.3796-0.0206-0.03010.03320.1420.4121-0.0250.04490.60830.01620.223798.5577-33.46310.5697
61.7473-0.0863-0.06212.1076-0.0361.0682-0.06270.2135-0.0197-0.2754-0.1462-0.5377-0.00040.47710.18590.41580.00140.10970.63770.13690.3575115.3412-30.57444.8096
72.5448-1.4999-0.35045.891-0.67492.8334-0.1077-0.48830.2430.67250.1937-1.1058-0.23660.6707-0.09530.4865-0.1117-0.11841.05440.1430.5702127.8145-23.339319.5564
84.4604-1.25751.63592.96110.544.9356-0.0608-1.05220.09650.97360.1393-1.17230.11310.7701-0.02840.926-0.0901-0.32851.10530.17220.6942129.7808-25.163633.4527
90.56020.8141-0.0522.6717-0.10563.68630.1338-1.3194-0.34591.78350.238-0.96220.22490.316-0.38251.01160.0998-0.28041.72680.23950.8269127.8119-24.363342.669
101.4697-1.72910.08562.13130.24981.35950.04960.44130.4004-0.3630.1048-0.7033-0.09980.4853-0.17430.2706-0.03980.15270.6662-0.07880.2747104.87620.986913.908
111.51310.4155-1.67341.1803-0.34274.0990.15670.53890.0277-0.26660.15520.3678-0.1499-0.6051-0.17110.18240.0143-0.01360.2903-0.03740.185880.0469-4.432525.4064
122.15540.56780.25492.5501-0.60442.51620.0841-0.01370.01030.20.09480.2643-0.0274-0.3385-0.04460.1546-0.0570.01780.1187-0.04030.163878.0523-9.009639.8714
132.96690.92620.0121.5387-0.70144.11360.061-0.21060.32070.03980.02150.4434-0.4084-0.4841-0.04890.0877-0.01870.01250.2012-0.10650.210578.161-8.233149.9376
142.39690.2411-0.270.7301-0.03610.2719-0.0453-0.4135-0.50450.09250.0804-0.28780.09250.114-0.06390.1552-0.004-0.05520.066-0.02260.3878101.9012-18.278563.233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 61 )A25 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 195 )A62 - 195
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 196 through 241 )A196 - 241
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 242 through 270 )A242 - 270
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 271 through 305 )A271 - 305
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 306 through 416 )A306 - 416
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 417 through 471 )A417 - 471
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 472 through 511 )A472 - 511
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 512 through 543 )A512 - 543
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 26 through 159 )B26 - 159
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 160 through 270 )B160 - 270
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 271 through 309 )B271 - 309
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 310 through 344 )B310 - 344
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 345 through 545 )B345 - 545

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る