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万見
- PDB-6nid: Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nid
タイトルCrystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain in complex with Neurexin-1 peptide
要素
  • Neurexin-1
  • Peripheral plasma membrane protein CASK
キーワードprotein binding/peptide / PDZ domain / MAGUK protein family / peripheral plasma membrane protein / protein binding / c-terminal peptide binding / Neurexin / protein binding-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic membrane assembly / GMP kinase activity / vocal learning / neuroligin family protein binding / neurexin family protein binding / positive regulation of synapse maturation ...negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic membrane assembly / GMP kinase activity / vocal learning / neuroligin family protein binding / neurexin family protein binding / positive regulation of synapse maturation / negative regulation of wound healing / neuron cell-cell adhesion / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of neurotransmitter secretion / vocalization behavior / nuclear lamina / acetylcholine receptor binding / neurotransmitter secretion / calcium ion import / Nephrin family interactions / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / positive regulation of synapse assembly / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / Neurexins and neuroligins / ciliary membrane / neuromuscular process controlling balance / Syndecan interactions / positive regulation of calcium ion import / regulation of synaptic vesicle exocytosis / adult behavior / basement membrane / Non-integrin membrane-ECM interactions / social behavior / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / axon guidance / learning / calcium channel regulator activity / cell projection / establishment of localization in cell / Schaffer collateral - CA1 synapse / nuclear matrix / cell-cell junction / intracellular protein localization / actin cytoskeleton / signaling receptor activity / presynaptic membrane / vesicle / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / cell adhesion / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / focal adhesion / neuronal cell body / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / nucleolus / cell surface / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CASK, SH3 domain / Syndecan/Neurexin domain / Syndecan domain / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / : ...CASK, SH3 domain / Syndecan/Neurexin domain / Syndecan domain / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / : / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / Pdz3 Domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / PDZ domain / EGF-like domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Roll / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peripheral plasma membrane protein CASK / Neurexin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Sun, Y.J. / Gakhar, L. / Fuentes, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association15GRNT25740021 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: CASK PDZ domain specificity
著者: Sun, Y.J. / Hou, T. / Fuentes, E.J.
履歴
登録2018年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peripheral plasma membrane protein CASK
B: Peripheral plasma membrane protein CASK
C: Peripheral plasma membrane protein CASK
D: Neurexin-1
E: Neurexin-1
F: Neurexin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3747
ポリマ－34,3126
非ポリマー621
水3,801211
1
A: Peripheral plasma membrane protein CASK
E: Neurexin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4372
ポリマ－11,4372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5650 Å2
手法PISA
2
B: Peripheral plasma membrane protein CASK
D: Neurexin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4993
ポリマ－11,4372
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5860 Å2
手法PISA
3
C: Peripheral plasma membrane protein CASK
F: Neurexin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4372
ポリマ－11,4372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.328, 51.177, 72.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peripheral plasma membrane protein CASK / hCASK / Calcium/calmodulin-dependent serine protein kinase / Protein lin-2 homolog


分子量: 10118.886 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: M 485 Expression artifact G 486 Expression artifact / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASK, LIN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O14936, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Neurexin-1 / Neurexin I-alpha / Neurexin-1-alpha


分子量: 1318.517 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULB1
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.01M tri-sodium citrate 33% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年5月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→51.18 Å / Num. obs: 21400 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2574 / CC1/2: 0.798 / Rpim(I) all: 0.361 / Rrim(I) all: 0.519 / % possible all: 80.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NH9

6nh9


解像度: 1.86→41.666 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 1041 4.87 %
Rwork0.1918 --
obs0.1942 21376 95.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→41.666 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2190 0 4 211 2405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6733086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8741912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.95810.34521070.24222393X-RAY DIFFRACTION79
1.9581-2.08080.24931470.20732849X-RAY DIFFRACTION95
2.0808-2.24140.26061560.19823020X-RAY DIFFRACTION100
2.2414-2.46690.26271700.2072982X-RAY DIFFRACTION100
2.4669-2.82380.27191490.20983022X-RAY DIFFRACTION100
2.8238-3.55750.21451500.18893018X-RAY DIFFRACTION99
3.5575-41.67610.20521620.16313051X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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