[日本語] English
万見
- PDB-6nhs: Crystal Structure of the Beta Lactamase Class D YbXI from Nostoc -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nhs
タイトルCrystal Structure of the Beta Lactamase Class D YbXI from Nostoc
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta lactamase class D / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, Y. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Beta Lactamase Class D YbXI from Nostoc
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2018年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,68613
ポリマ－30,1011
非ポリマー58512
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10980 Å2
2
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子

A: Beta-lactamase
ヘテロ分子

A: Beta-lactamase
ヘテロ分子

A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,74552
ポリマ－120,4064
非ポリマー2,33948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/31
Buried area10190 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area39260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.502, 116.502, 74.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

CL

21A-416-

HOH

31A-478-

HOH

41A-498-

HOH

51A-522-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 30101.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: all2480 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YU74
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.05M Bis-Tris pH 6.5, 45%(v/v) PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20709 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 23.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 45.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 23.8 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 1000 / CC1/2: 0.895 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→38.134 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2015 990 4.79 %
Rwork0.1631 --
obs0.1649 20664 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.134 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1966 0 34 124 2124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052073
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.672796
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2721225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9967-2.1020.21121290.18662717X-RAY DIFFRACTION98
2.102-2.23370.2141480.162746X-RAY DIFFRACTION99
2.2337-2.40610.21391440.16812752X-RAY DIFFRACTION99
2.4061-2.64820.19421430.16922781X-RAY DIFFRACTION99
2.6482-3.03130.20711340.16772808X-RAY DIFFRACTION99
3.0313-3.81850.18341510.162848X-RAY DIFFRACTION100
3.8185-38.14120.20951410.1583022X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.091-0.1641-0.98341.58870.87182.66480.03960.027-0.6264-0.1950.19490.370.9202-0.1707-0.12030.6434-0.0846-0.27390.36570.13250.568725.24127.0927-2.9959
20.7048-0.11680.32681.7075-0.94321.21180.0782-0.1523-0.1032-0.0282-0.0476-0.13240.06950.09170.01620.2686-0.0627-0.05640.25430.05490.254335.051231.3599-2.608
31.1229-0.61570.20321.7791-0.07640.83770.0059-0.4077-0.32890.17980.17570.21990.1395-0.2369-0.15810.283-0.0569-0.05760.33440.11080.254126.277628.8186.2711
44.69942.15640.40261.76821.19561.34670.3311-0.1222-0.2509-0.3108-0.10530.35410.1906-0.3031-0.13480.3843-0.0788-0.20930.29930.12770.369616.471226.1774-7.2501
53.1745-0.0760.51050.58290.53981.20880.125-0.10990.0092-0.44420.00060.18140.1321-0.0246-0.07170.4028-0.0506-0.150.28540.1280.329125.141222.9755-6.7741
62.8125-0.7214-0.17470.33850.143.61640.22770.34960.16720.02030.16180.1284-0.19760.0838-0.33460.46940.0337-0.00990.43890.04580.509344.732816.2667-8.0218
71.61120.5420.38371.1236-0.34580.97360.0104-0.08340.1141-0.36660.1810.28070.2469-0.1218-0.08110.3452-0.0728-0.14350.2820.12650.354225.780320.0538-3.0227
83.0485-0.1847-0.23171.9002-0.36271.9377-0.1083-0.1984-0.4223-0.18170.24850.2040.5099-0.226-0.22090.3863-0.0914-0.17140.29110.10.380725.371415.936-2.4819
92.70910.37930.70191.6884-0.08460.20290.11090.5088-0.3185-0.81380.13820.29950.5038-0.1958-0.15850.6229-0.1064-0.28550.33030.12760.477623.211513.11-9.2269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 45 through 65 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 180 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 181 through 212 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 213 through 221 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 222 through 231 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 232 through 236 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 237 through 247 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 248 through 262 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 263 through 283 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る