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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nhs | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Beta Lactamase Class D YbXI from Nostoc | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / beta lactamase class D / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the Beta Lactamase Class D YbXI from Nostoc Authors: Kim, Y. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 115.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 94.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 30101.469 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / Gene: all2480 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.05M Bis-Tris pH 6.5, 45%(v/v) PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 20709 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 23.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 45.5 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 23.8 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 1000 / CC1/2: 0.895 / % possible all: 98.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→38.134 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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