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- PDB-6ng3: Crystal structure of human CD160 and HVEM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ng3
タイトルCrystal structure of human CD160 and HVEM complex
要素CD160 antigen,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD160 / HVEM / BTLA / gD
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of natural killer cell mediated immune response to tumor cell / activating MHC class I receptor activity / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / negative regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of natural killer cell degranulation / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / MHC class I protein complex binding / mucosal immune response / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell cytokine production ...positive regulation of natural killer cell mediated immune response to tumor cell / activating MHC class I receptor activity / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / negative regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of natural killer cell degranulation / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / MHC class I protein complex binding / mucosal immune response / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / tumor necrosis factor receptor activity / MHC class I receptor activity / positive regulation of cytokine production involved in immune response / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / Costimulation by the CD28 family / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / cytokine binding / positive regulation of T cell migration / side of membrane / T cell costimulation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of angiogenesis / kinase binding / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / virus receptor activity / angiogenesis / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / ubiquitin protein ligase binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD160 ANTIGEN / Tumour necrosis factor receptor 14 / Tumor necrosis factor receptor 14/UL144, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CD160 antigen / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Liu, W. / Bonanno, J. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)S10 OD020068 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of CD160:HVEM Recognition.
著者: Liu, W. / Garrett, S.C. / Fedorov, E.V. / Ramagopal, U.A. / Garforth, S.J. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
履歴
登録2018年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD160 antigen,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5124
ポリマ－26,3151
非ポリマー1,1973
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.930, 87.930, 157.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 CD160 antigen,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14 / Natural killer cell receptor BY55 / Herpes virus entry mediator A / HveA / Tumor necrosis factor ...Natural killer cell receptor BY55 / Herpes virus entry mediator A / HveA / Tumor necrosis factor receptor-like 2 / TR2


分子量: 26314.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD160, BY55, TNFRSF14, HVEA, HVEM, UNQ329/PRO509 / 発現宿主: Drosophila acanthoptera (ハエ) / 参照: UniProt: O95971, UniProt: Q92956
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH7.0, 30% (V/V) Jeffamine ED-2001 pH7.0, and 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 7332 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.88→2.93 Å / Rmerge(I) obs: 1.552 / Num. unique obs: 364

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FHQ

4fhq


解像度: 2.88→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 18.046 / SU ML: 0.344 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.268 / ESU R Free: 0.388 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27363 344 4.7 %RANDOM
Rwork0.23415 ---
obs0.23614 6939 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.963 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.03 Å2-0 Å20 Å2
2--3.03 Å2-0 Å2
3----6.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.88→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1537 0 79 0 1616
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191655
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9132.0222241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02833531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4075198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66723.65163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.24615275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.3991511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02347
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.0826.988807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0536.986806
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.06310.4521000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.06510.4571001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4167.556848
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.4137.563849
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.10311.1411242
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.95854.8971647
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.95454.9451648
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.883→2.956 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 29 -
Rwork0.293 493 -
obs--98.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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