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万見
- PDB-6nfw: Potyvirus viral protein genome linked (VPg) emulates the m7G cap ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nfw
タイトルPotyvirus viral protein genome linked (VPg) emulates the m7G cap to recruit the eukaryotic translation initiation factor eIF4E
要素VPg
キーワードVIRAL PROTEIN / Potyvirus
機能・相同性Potyvirus NIa protease (NIa-pro) domain / Potyvirus NIa protease (NIa-pro) domain profile. / cysteine-type peptidase activity / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / proteolysis / membrane / Polyprotein / VPg
機能・相同性情報
生物種Potato virus Y (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Borden, K. / Volpon, L. / Osborne, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural studies of the eIF4E-VPg complex reveal a direct competition for capped RNA: Implications for translation.
著者: Coutinho de Oliveira, L. / Volpon, L. / Rahardjo, A.K. / Osborne, M.J. / Culjkovic-Kraljacic, B. / Trahan, C. / Oeffinger, M. / Kwok, B.H. / Borden, K.L.B.
履歴
登録2018年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VPg


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6571
ポリマ－21,6571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15800 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 VPg


分子量: 21657.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Potato virus Y (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6YPB3, UniProt: A0A1B1UX10*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
171anisotropic12D 1H-15N HSQC
162anisotropic12D 1H-13C HSQC
183anisotropic12D 1H-13C HSQC
111anisotropic23D 1H-15N NOESY
121anisotropic23D 1H-13C NOESY
132anisotropic23D 1H-13C NOESY
143anisotropic24D methyl-methyl 13C-resolved HMQC-NOESY-HMQC
152anisotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1450 uM [U-13C; U-15N] PVY-VPg, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % v/v sodium azide, 100 uM DSS, 93% H2O/7% D2O15N13C PVY-VPg - H2O93% H2O/7% D2O
solution2450 uM [U-13C; U-15N] PVY-VPg, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % v/v sodium azide, 100 uM DSS, 100% D2O15N13C PVY-VPg - D2O100% D2O
solution3450 uM ILV labeled PVY-VPg, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % v/v sodium azide, 100 uM DSS, 93% H2O/10% D2OILV PVY-VPg - H2O93% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
450 uMPVY-VPg[U-13C; U-15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.02 % v/vsodium azidenatural abundance1
100 uMDSSnatural abundance1
450 uMPVY-VPg[U-13C; U-15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
0.02 % v/vsodium azidenatural abundance2
100 uMDSSnatural abundance2
450 uMPVY-VPgILV labeled3
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
150 mMsodium chloridenatural abundance3
1 mMDTTnatural abundance3
0.02 % v/vsodium azidenatural abundance3
100 uMDSSnatural abundance3
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: condition-1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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