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- PDB-6nfe: Crystal Structure of Ribose-phosphate Pyrophosphokinase from Legi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nfe
タイトルCrystal Structure of Ribose-phosphate Pyrophosphokinase from Legionella pneumophila with bound AMP, ADP, and Ribose-5-Phosphate
要素Ribose-phosphate pyrophosphokinase
キーワードLIGASE / SSGCID / phosphorylation / AMP / ADP / Ribose-5-Phosphate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / nucleotide biosynthetic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / nucleoside metabolic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase, conserved site / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase signature. / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, bacterial-type / Phosphoribosyl synthetase-associated domain / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain ...Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase, conserved site / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase signature. / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, bacterial-type / Phosphoribosyl synthetase-associated domain / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / ETHANOL / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Ribose-phosphate Pyrophosphokinase from Legionella pneumophila with bound AMP, ADP, and Ribose-5-Phosphate
著者: Bolejack, M.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,22922
ポリマ－70,3992
非ポリマー2,83020
水9,440524
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area27200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.000, 109.000, 97.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Ribose-phosphate pyrophosphokinase / RPPK / 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate / Phosphoribosyl diphosphate synthase / ...RPPK / 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate / Phosphoribosyl diphosphate synthase / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase / PRPPase


分子量: 35199.676 Da / 分子数: 2 / 断片: LepnA.00035.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: prsA, prs, C3927_02005, NCTC12024_00599 / プラスミド: LepnA.00035.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A2S6FBX1, UniProt: Q5ZY30*PLUS, ribose-phosphate diphosphokinase
#4: 糖 ChemComp-HSX / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose / α-D-リボフラノ-ス5-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
a-D-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 542分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: LepnA.00035.a.B1.PS38405 at 19.13 mg/ml was incubated with 4 mM ribose-5-phosphate, 4 mM ATP, and 4 mM MgCl2 then was mixed 1:1 JCSG+(b6): 40% (v/v) reagent alcohol, 100 mM sodium phosphate ...詳細: LepnA.00035.a.B1.PS38405 at 19.13 mg/ml was incubated with 4 mM ribose-5-phosphate, 4 mM ATP, and 4 mM MgCl2 then was mixed 1:1 JCSG+(b6): 40% (v/v) reagent alcohol, 100 mM sodium phosphate dibasic/citric acid pH 4.2. Tray: 298764b6, puck: uya9-9.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月12日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→43.245 Å / Num. obs: 67559 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.462 % / Biso Wilson estimate: 26.218 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 18.78 / Num. measured all: 504098
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.87.4620.4555.3837107497549730.9160.491100
1.8-1.847.4570.3716.435982482648250.9380.401100
1.84-1.97.4760.297.9234995468446810.9620.31399.9
1.9-1.967.4690.2329.5933918454345410.9750.251100
1.96-2.027.4750.19111.133292445444540.9810.207100
2.02-2.097.5030.15713.1231976426442620.9880.169100
2.09-2.177.5010.12415.8731070414241420.9920.133100
2.17-2.267.5160.10417.9429997399239910.9940.112100
2.26-2.367.5060.09119.9528771383538330.9940.09999.9
2.36-2.477.5080.08221.3827470366036590.9950.088100
2.47-2.617.5160.07423.426079347034700.9960.08100
2.61-2.777.5050.06825.4124856331233120.9960.074100
2.77-2.967.4840.06327.723252311031070.9970.06899.9
2.96-3.27.4890.05729.8221718290129000.9970.061100
3.2-3.57.4530.05132.4920018268826860.9980.05599.9
3.5-3.917.4240.04934.2118189245124500.9980.053100
3.91-4.527.3830.04635.9915954216621610.9980.04999.8
4.52-5.537.3560.04536.3113498183718350.9980.04999.9
5.53-7.837.230.04734.8610426145014420.9970.05199.4
7.83-43.2456.6230.04635.4355308568350.9980.0597.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S2U

4s2u


解像度: 1.75→43.245 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1764 1927 2.85 %
Rwork0.1518 --
obs0.1525 67554 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.36 Å2 / Biso mean: 25.2569 Å2 / Biso min: 8.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→43.245 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4468 0 204 535 5207
Biso mean--45 33.67 -
残基数----597
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.79380.23991360.209346374773100
1.7938-1.84230.21161570.180646304787100
1.8423-1.89650.1861170.161946604777100
1.8965-1.95770.17921140.153546444758100
1.9577-2.02770.19271380.157846844822100
2.0277-2.10890.19171360.155246314767100
2.1089-2.20480.15131250.147246744799100
2.2048-2.32110.17671570.146246804837100
2.3211-2.46650.19271550.153146264781100
2.4665-2.65690.1711960.148347424838100
2.6569-2.92420.17291670.1546574824100
2.9242-3.34720.16891420.151347114853100
3.3472-4.21660.14551380.135947544892100
4.2166-43.25780.18851490.15454897504699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4440.4730.49551.46070.60961.5162-0.0910.2165-0.1137-0.23910.06370.0143-0.09590.08220.03070.1546-0.00220.02130.13720.00120.097317.040944.57951.21
21.98950.18030.26081.27020.05771.4532-0.0220.21030.1437-0.1778-0.0433-0.0138-0.11910.11010.03130.1411-0.00610.00570.11890.00110.07915.254950.40944.3785
31.23710.32550.02671.83990.01451.0636-0.00690.07210.077-0.1023-0.04520.039-0.10890.06010.04270.12140.0054-0.00070.1145-0.00470.082412.328952.16069.3538
41.4385-0.1749-0.41721.26890.78413.60790.0748-0.2536-0.15060.2317-0.03230.04710.2249-0.19860.09430.1221-0.0042-0.00150.13570.03270.10252.932239.619126.0123
51.29880.1284-0.09833.38610.81631.18930.001-0.0055-0.0254-0.1418-0.04220.0661-0.0614-0.04350.03090.09850.01780.00920.10610.00290.08190.795545.002713.3862
60.83490.49390.12964.21381.40441.2867-0.17120.2031-0.4026-0.13030.09580.27980.252-0.30140.07660.1698-0.04190.04340.2237-0.08560.4223-1.673818.38255.4173
72.5158-1.34412.00215.2243-0.86527.4691-0.1747-0.01130.3063-0.2210.12110.06820.0341-0.590.06070.1591-0.03920.07160.2674-0.00580.4043-8.230121.216313.8775
81.1169-1.80310.09162.9890.14760.9585-0.4034-0.3104-0.72270.34290.0824-0.19540.6404-0.56570.00650.3577-0.11110.15390.22670.02060.5536-3.08213.830819.5873
90.50651.02610.34593.527-0.88622.04150.0435-0.6056-0.51040.4349-0.22030.36660.3285-0.42020.0750.274-0.06420.10250.25110.11470.38275.129817.618620.2201
101.80461.63720.89923.5597-0.7822.9504-0.0143-0.015-0.58850.3-0.00250.20520.46060.0667-0.00710.2080.02680.07650.1184-0.00690.28938.563519.012414.6055
113.08130.63870.77836.3566-2.26513.0575-0.0949-0.0835-0.61830.12950.02850.01530.24020.06060.06070.1330.02210.05980.116-0.00280.195114.043421.255510.1792
127.2351-7.42974.37258.8653-6.4916.21510.03610.25080.04840.0009-0.13860.0484-0.1519-0.16350.13870.1181-0.00710.00720.1349-0.0290.0964.8136.1357-0.8988
130.69670.26190.01991.08370.02370.56490.0093-0.15190.01380.1472-0.01250.0149-0.0041-0.03460.00650.13140.011-0.01730.14860.01540.075916.676953.633231.3141
144.0039-0.16790.94862.4096-1.08773.80370.1153-0.47460.03650.402-0.0858-0.3649-0.21080.4548-0.07240.2012-0.0513-0.06560.25310.00130.19744.690466.024536.0771
156.27330.60210.0685.1054-1.97571.95130.42010.40230.10370.1145-0.09930.4646-0.12650.0355-0.34050.22320.02470.0160.19480.00410.292942.129370.685223.9295
163.14690.6931-0.8091.2069-0.28951.34370.0251-0.0748-0.12630.0199-0.048-0.2459-0.0510.19780.02630.13570.0061-0.05370.19220.02980.152640.970657.293130.078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 39 )A2 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 62 )A40 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 89 )A63 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 90 through 108 )A90 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 109 through 148 )A109 - 148
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 149 through 170 )A149 - 170
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 171 through 195 )A171 - 195
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 196 through 220 )A196 - 220
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 221 through 238 )A221 - 238
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 239 through 262 )A239 - 262
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 263 through 286 )A263 - 286
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 287 through 305 )A287 - 305
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 2 through 148 )B2 - 148
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 149 through 170 )B149 - 170
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 171 through 206 )B171 - 206
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 207 through 305 )B207 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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