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- PDB-6nfa: Vav1 inhibited by an allosteric inhibitor: Vav1 inhibitors block ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nfa
タイトルVav1 inhibited by an allosteric inhibitor: Vav1 inhibitors block GEF activity
要素Proto-oncogene vav
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / GEF / Rac / Vav1 / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / phosphorylation-dependent protein binding / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Azathioprine ADME / CD28 dependent Vav1 pathway / regulation of GTPase activity / natural killer cell mediated cytotoxicity / small GTPase-mediated signal transduction ...immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / phosphorylation-dependent protein binding / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Azathioprine ADME / CD28 dependent Vav1 pathway / regulation of GTPase activity / natural killer cell mediated cytotoxicity / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / regulation of cell size / Fc-epsilon receptor signaling pathway / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / T cell differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Erythropoietin activates RAS / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / RAC1 GTPase cycle / neutrophil chemotaxis / phosphotyrosine residue binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / reactive oxygen species metabolic process / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / guanyl-nucleotide exchange factor activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / integrin-mediated signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of signaling by CBL / Signaling by SCF-KIT / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell junction / cellular response to xenobiotic stimulus / cell migration / G alpha (12/13) signalling events / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site ...VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Calponin homology domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9K1 / Proto-oncogene vav
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Knapp, M.S. / Elling, R.A. / Ornelas, E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Allosteric Inhibitors of VAV1 Block Guanine Nucleotide Exchange Activity
著者: Gerspacher, M. / Skaanderup, P.R.
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene vav
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1704
ポリマ－49,6801
非ポリマー4903
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.880, 67.641, 179.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene vav / Vav1 vav guanine nucleotide exchange factor 1


分子量: 49679.875 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 170-575 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VAV1, VAV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15498
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-9K1 / (2S)-2-{[3-(4-methylphenyl)imidazo[1,2-a]pyrazin-8-yl]amino}-3-(pyridin-3-yl)propan-1-ol


分子量: 359.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N5O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 16-22% v/v ethylene glycol, 0.1 M Tris, pH 7.3, 15% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月28日
放射モノクロメーター: Liquid Nitrogen cooled Dual Crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→89.77 Å / Num. obs: 13081 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 50.58 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.219 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 176945 / Scaling rejects: 22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.8314.30.852427817020.9430.2330.8825.6100
8.96-89.7710.70.06447024380.9990.020.06726.999.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6NEW

6new


解像度: 2.7→63.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU R Cruickshank DPI: 3.881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.328 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.325
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 568 4.36 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.19 13027 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 153.77 Å2 / Biso mean: 53.78 Å2 / Biso min: 11.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2825 Å20 Å20 Å2
2--8.0524 Å20 Å2
3----9.335 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→63.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 29 76 3243
Biso mean--26.99 41.51 -
残基数----386
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1187SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes466HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3224HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion404SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3453SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3224HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4330HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.68
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3079 111 4.25 %
Rwork0.1952 2501 -
all0.1999 2612 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.0555 Å / Origin y: 8.2462 Å / Origin z: -24.156 Å
111213212223313233
T-0.0571 Å2-0.1086 Å20.0116 Å2--0.1389 Å2-0.0092 Å2---0.1734 Å2
L0.4214 °20.1686 °20.0096 °2-2.1013 °2-0.0681 °2--1.1882 °2
S0.1096 Å °-0.1211 Å °0.0095 Å °0.4365 Å °-0.1622 Å °0.0466 Å °0.2733 Å °-0.1017 Å °0.0526 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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