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- PDB-6nf0: Nocturnin with bound NADPH substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nf0
タイトルNocturnin with bound NADPH substrate
要素Nocturnin
キーワードHYDROLASE / Circadian clock / metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


nocturnin / NADP phosphatase activity / NADPH phosphatase activity / poly(A)-specific ribonuclease activity / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / NADP metabolic process / P-body assembly / mRNA stabilization / regulation of embryonic development / negative regulation of osteoblast differentiation ...nocturnin / NADP phosphatase activity / NADPH phosphatase activity / poly(A)-specific ribonuclease activity / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / NADP metabolic process / P-body assembly / mRNA stabilization / regulation of embryonic development / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / P-body / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / 3'-5'-RNA exonuclease activity / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / negative regulation of gene expression / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nocturnin, deadenylase domain / : / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Nocturnin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Estrella, M.A. / Du, J. / Korennykh, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM110161 米国
Other private1013579 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The metabolites NADP+and NADPH are the targets of the circadian protein Nocturnin (Curled).
著者: Estrella, M.A. / Du, J. / Chen, L. / Rath, S. / Prangley, E. / Chitrakar, A. / Aoki, T. / Schedl, P. / Rabinowitz, J. / Korennykh, A.
履歴
登録2018年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nocturnin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2763
ポリマ－35,4901
非ポリマー7852
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Enzymatic assays.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.888, 62.888, 153.597
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Nocturnin / Carbon catabolite repression 4-like protein / Circadian deadenylase NOC


分子量: 35490.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOCT, CCR4, CCRN4L, NOC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UK39, poly(A)-specific ribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Co-crystals were grown using the hanging drop vapor diffusion method by mixing the crystallization complex 1:1 with reservoir solution (100 mM HEPES pH 7.5, 10% (v/v) Isopropanol, 50 mM ...詳細: Co-crystals were grown using the hanging drop vapor diffusion method by mixing the crystallization complex 1:1 with reservoir solution (100 mM HEPES pH 7.5, 10% (v/v) Isopropanol, 50 mM Sodium Acetate, and 12% (w/v) PEG 4,000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→29.1 Å / Num. obs: 10499 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 12.65 % / CC1/2: 0.9992 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 14.277
反射 シェル解像度: 2.053→2.335 Å / 冗長度: 11.88 % / Rmerge(I) obs: 1.471 / Num. unique obs: 580 / CC1/2: 0.7604 / Rpim(I) all: 0.443 / Rrim(I) all: 1.538 / % possible all: 82.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MAL

6mal


解像度: 2.7→29.099 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 417 4.92 %
Rwork0.2063 --
obs0.2092 8470 93.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.099 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 49 18 2429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8023381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5982046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-3.09040.27381140.23282236X-RAY DIFFRACTION81
3.0904-3.89210.32591340.20712843X-RAY DIFFRACTION100
3.8921-29.10110.23071690.19762974X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.3453 Å / Origin y: -29.8296 Å / Origin z: -9.5235 Å
111213212223313233
T0.1956 Å20.0419 Å20.0725 Å2-0.2028 Å2-0.0188 Å2--0.0601 Å2
L3.5448 °2-0.7894 °20.4388 °2-3.9838 °20.1507 °2--7.9647 °2
S-0.1988 Å °-0.0776 Å °-0.1251 Å °-0.0696 Å °0.0209 Å °-0.2538 Å °0.2847 Å °0.7918 Å °0.0718 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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