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万見
- PDB-6nem: 3-hydroxy-5-[(naphthalen-1-yl)methyl]-6-[4-(1H-tetrazol-5-yl)phen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nem
タイトル3-hydroxy-5-[(naphthalen-1-yl)methyl]-6-[4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]pyridin-2(1H)-one bound to influenza 2009 pH1N1 endonuclease
要素Polymerase acidic protein
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR / Influenza endonuclease inhibitor chelator / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KKS / : / Protein PA-X
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bauman, J.D. / Arnold, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI119321 米国
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2019
タイトル: Aryl and Arylalkyl Substituted 3-Hydroxypyridin-2(1H)-ones: Synthesis and Evaluation as Inhibitors of Influenza A Endonuclease.
著者: Sagong, H.Y. / Bauman, J.D. / Nogales, A. / Martinez-Sobrido, L. / Arnold, E. / LaVoie, E.J.
履歴
登録2018年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.title ..._citation.journal_abbrev / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1626
ポリマ－28,5051
非ポリマー6565
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10750 Å2
2
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子

A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,32312
ポリマ－57,0112
非ポリマー1,31310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.505, 100.996, 66.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

MN

21A-513-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein


分子量: 28505.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C6H0Y9
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-KKS / 3-hydroxy-5-[(naphthalen-1-yl)methyl]-6-[4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]pyridin-2(1H)-one


分子量: 395.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H17N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: Crystals were formed by mixing in a 1:1 ratio the purified endonuclease protein (5 mg/ml) with crystallization buffer containing 200 mM MES pH 6.7, 27% PEG8000, 200 mM ammonium sulfate, 1 mM ...詳細: Crystals were formed by mixing in a 1:1 ratio the purified endonuclease protein (5 mg/ml) with crystallization buffer containing 200 mM MES pH 6.7, 27% PEG8000, 200 mM ammonium sulfate, 1 mM manganese chloride, 10 mM magnesium acetate, 10 mM taurine, and 50 mM sodium fluoride. Crystals matured to full size in one to two weeks at 20 degrees C.
Temp details: 20 degree room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 41538 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.09 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 155304
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.95-1.983.60.79920551.0081100
1.98-2.023.60.63220951.0471100
2.02-2.063.60.53920641.0311100
2.06-2.13.60.44621001.0811100
2.1-2.153.60.35120791.0911100
2.15-2.23.70.28321161.11100
2.2-2.253.70.23920491.1021100
2.25-2.313.70.22920751.1491100
2.31-2.383.70.19720771.1461100
2.38-2.463.70.16920631.1191100
2.46-2.543.80.13520861.1411100
2.54-2.653.80.11820751.0851100
2.65-2.773.80.09821011.1131100
2.77-2.913.90.0820691.091100
2.91-3.13.90.06220551.051100
3.1-3.333.90.05321141.0561100
3.33-3.673.90.04220771.2641100
3.67-4.23.90.03720751.071100
4.2-5.293.80.03420731.074199.8
5.29-503.70.03620400.962197.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M5R

4m5r


解像度: 1.95→40.151 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 2091 5.04 %
Rwork0.1774 --
obs0.1787 41516 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.94 Å2 / Biso mean: 54.4845 Å2 / Biso min: 21.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→40.151 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1646 0 55 119 1820
Biso mean--44.73 52.71 -
残基数----198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0982342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4351038
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9434-1.98860.28551340.27472465259993
1.9886-2.03830.26711390.250426602799100
2.0383-2.09340.20981440.233926362780100
2.0934-2.1550.27511380.213726432781100
2.155-2.22450.22321400.187926252765100
2.2245-2.3040.2381380.186926692807100
2.304-2.39630.20331390.18326352774100
2.3963-2.50530.21841410.171626102751100
2.5053-2.63740.17831410.168526452786100
2.6374-2.80260.20271410.172426532794100
2.8026-3.01890.21851410.16726562797100
3.0189-3.32260.19551430.186626402783100
3.3226-3.80310.17931420.163426432785100
3.8031-4.79020.16871380.148126412779100
4.7902-40.15960.22171320.18572604273698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.31181.7366-1.86373.0814-1.33472.963-0.44420.63660.0116-0.51720.14230.00480.03750.15670.2870.3416-0.1505-0.03540.35090.01370.2720.319818.3133-15.7962
23.5375-1.26520.98264.6623-1.77957.17290.3041-0.619-0.49160.4414-0.2614-0.07530.67850.0888-0.04950.3986-0.1212-0.06670.31740.07570.298810.18155.3240.751
35.47841.993-0.57497.5424-0.74115.79660.0448-0.16230.6889-0.0989-0.11340.6416-0.4864-0.58520.09470.21190.015-0.04070.2696-0.03610.32925.112720.9702-2.472
45.72962.8625-3.12513.3693-1.14626.67980.0198-0.10150.6348-0.0185-0.10350.3479-0.63390.19610.02130.3615-0.162-0.07940.261-0.03020.313317.932125.3516-1.6806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -4 through 49 )A-4 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 98 )A50 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 138 )A99 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 139 through 195 )A139 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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