PDB-6nei: Scoulerine 9-O-methyltransferase from Thalictrum flavum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nei

タイトル

Scoulerine 9-O-methyltransferase from Thalictrum flavum

要素

(S)-scoulerine 9-O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Scoulerine / Methyltransferase / Benzylisoquinoline Alkaloid / Plant natural products

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-scoulerine 9-O-methyltransferase / (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase activity / : / O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Valentic, T.R. / Smolke, C.D. / Payne, J.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional characterization of the scoulerine 9-O methyltransferase from Thalictrum flavum.
著者: Valentic, T.R. / Smolke, C.S. / Payne, J.T.

履歴

登録	2018年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年4月8日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / computing / diffrn_radiation / exptl_crystal_grow / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine_hist / reflns / struct / struct_keywords / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _diffrn_radiation.monochromator / _exptl_crystal_grow.pdbx_details ..._diffrn_radiation.monochromator / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _reflns.number_obs / _struct.title / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_num_residues 解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nei.cif.gz	175 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nei.ent.gz	124.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nei.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nei_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nei_full_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示
XML形式データ	6nei_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	6nei_validation.cif.gz	47.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/6nei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/6nei	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6negC 6nehC 6nejC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f8c-2 2d0i-2 3kbo-1 3kbo-2 6iv7-d 5w7s-1 5f8f-1 3hg7-2 5jsc-4 6lyi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase

B: (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase

ヘテロ分子

81.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.628, 92.439, 135.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	(S)-scoulerine 9-O-methyltransferase 分子量: 40798.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q5C9L2, (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate / Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103.5 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 A
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→38.14 Å / Num. obs: 91181 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 10145 / CC_1/2: 0.756 / R_pim(I) all: 0.404 / R_rim(I) all: 0.888 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Thalictrum flavum scoulerine-9-O-methyltransferase N191D F205S

解像度: 1.85→37.789 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2147	3405	4.84 %
R_work	0.1764	-	-
obs	0.1782	70279	99.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→37.789 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5297	0	10	609	5916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	5435
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.555	7364
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.491	3832
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	837
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	948

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.8764	0.3346	128	0.2719	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8764-1.9044	0.4796	122	0.4252	2599	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9044-1.9342	0.4445	134	0.3501	2729	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9342-1.9659	0.3291	143	0.2993	2649	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9659-1.9998	0.2356	130	0.1956	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9998-2.0362	0.2324	146	0.1838	2742	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0362-2.0753	0.223	134	0.1734	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0753-2.1177	0.2192	150	0.1742	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1177-2.1637	0.228	137	0.1784	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1637-2.2141	0.238	147	0.1874	2741	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2141-2.2694	0.2879	141	0.2465	2763	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2694-2.3308	0.2559	125	0.1882	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3308-2.3993	0.2052	146	0.1709	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3993-2.4768	0.2189	137	0.1683	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4768-2.5653	0.2162	178	0.1711	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5653-2.668	0.2109	152	0.1709	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.7893	0.2117	149	0.1741	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7893-2.9364	0.2158	148	0.1706	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9364-3.1202	0.2415	135	0.1708	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1202-3.361	0.2131	158	0.1594	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.361-3.699	0.1999	145	0.156	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.699-4.2336	0.1448	149	0.1379	2812	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2336-5.3315	0.1658	137	0.1434	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3315-37.7965	0.2047	134	0.1828	3024	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1304	1.1799	-2.8969	3.2803	-0.5804	2.2753	0.2622	-0.5337	0.3529	0.4246	-0.0872	0.1192	0.1877	-0.2551	-0.2968	0.2309	-0.0527	-0.0164	0.3964	0.0114	0.127	18.2984	22.2873	13.0779
2	0.1833	-0.6436	-0.7409	3.6136	2.4571	3.7144	-0.0471	0.1596	0.0291	0.1738	-0.0991	0.3104	0.014	-0.0535	0.0186	0.1749	0.0318	-0.0098	0.2672	-0.0369	0.1988	-0.2132	-0.0137	12.7472
3	1.7002	-0.0775	0.0382	2.8013	1.1211	4.8973	-0.0081	0.1423	0.1927	-0.1382	-0.0799	0.1399	-0.0655	0.0072	0.0264	0.1615	0.0044	-0.038	0.189	-0.0404	0.1863	1.8669	-6.3055	-3.5429
4	1.2508	-0.3355	-1.1059	1.6986	1.4834	4.796	-0.0895	-0.027	-0.1178	0.1714	0.0882	0.0185	0.6352	0.4061	0.0349	0.2926	0.089	-0.0338	0.2506	0.0307	0.2235	4.9915	-12.9597	16.5655
5	7.0353	-1.0407	-1.785	4.5963	1.8188	4.9412	-0.3277	0.0189	-0.5365	0.5801	0.1587	0.3619	0.7372	-0.4316	0.177	0.4227	-0.0208	0.0771	0.2919	0.0778	0.3935	-3.7572	-18.6053	30.4788
6	2.7344	-1.4608	-2.4151	2.2379	0.6858	3.0479	-0.245	0.5979	-0.513	-0.0769	0.0667	0.3029	0.214	-0.3835	0.1982	0.3051	0.0159	0.0274	0.2551	0.0105	0.2532	12.836	-22.9724	15.9714
7	3.505	-0.8791	-1.2592	4.5543	0.1205	4.3124	-0.089	0.1795	-0.235	0.0454	0.0016	0.0011	0.1822	-0.0029	0.202	0.2462	0.0473	0.024	0.2633	-0.0254	0.1729	26.7684	-30.5896	23.4861
8	3.8253	-0.6422	-2.99	2.0206	-0.1716	4.6288	-0.1796	0.4564	-0.635	0.0187	-0.1838	0.6211	0.7184	-0.389	0.3382	0.3396	-0.0318	0.0874	0.2293	-0.0957	0.3404	19.8974	-36.1373	21.6623
9	4.6183	-1.9936	-1.9492	3.5439	1.1769	3.4324	-0.3464	-0.0724	-0.4174	0.1266	0.0884	0.3407	0.2394	-0.1616	0.1835	0.2258	0.0122	0.0318	0.1899	-0.0009	0.1893	17.8926	-27.5653	32.8046
10	2.637	-1.1038	-0.73	2.7399	-0.0249	2.6849	0.0263	0.0251	0.1727	-0.0278	-0.0186	-0.0662	-0.1922	0.1022	0.0066	0.1766	0.0099	-0.0001	0.1655	-0.0125	0.1199	21.6409	-16.6119	31.0984
11	1.8102	-0.8998	-0.5572	2.2294	0.9234	2.6164	-0.0972	0.0011	0.0236	0.1869	0.0686	-0.0086	0.1059	-0.096	0.0116	0.1992	0.0138	0.0377	0.1456	0.0202	0.1723	0.6112	1.019	23.8489
12	2.2769	-0.6888	-0.1515	1.0389	0.2911	1.0282	0.0245	-0.057	-0.0603	0.1138	-0.0307	-0.0421	0.0728	0.0314	0.0084	0.143	-0.0134	-0.0171	0.1484	0.0134	0.1578	-16.6553	18.2513	5.6917

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -9 through 8 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 9 through 30 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 93 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 94 through 132 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 133 through 154 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 155 through 179 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 180 through 197 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 198 through 234 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 235 through 257 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 258 through 349 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 6 through 156 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 157 through 350 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)