PDB-6neg: N191D, F205S mutant of scoulerine-9-O methyltransferase from Thal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6neg

タイトル

N191D, F205S mutant of scoulerine-9-O methyltransferase from Thalictrum flavum complexed with S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

要素

(S)-scoulerine 9-O-methyltransferase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Scoulerine / Methyltransferase / Benzylisoquinoline Alkaloid / Plant natural products

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-scoulerine 9-O-methyltransferase / (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Valentic, T.R. / Smolke, C.D. / Payne, J.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional characterization of the scoulerine 9-O methyltransferase from Thalictrum flavum.
著者: Valentic, T.R. / Smolke, C.S. / Payne, J.T.

履歴

登録	2018年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6neg.cif.gz	293.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6neg.ent.gz	235 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6neg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6neg_validation.pdf.gz	988.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6neg_full_validation.pdf.gz	994.4 KB	表示
XML形式データ	6neg_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	6neg_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/6neg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/6neg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nehC 6neiC 6nejC 3reoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u1q-2 6i5q-2 1q2x-d 1kyw-1 2cuk-1 2gcg-2 4lce-1 6i6k-d 4lcj-2 3tky-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase

B: (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase

ヘテロ分子

82.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.600, 84.240, 67.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	(S)-scoulerine 9-O-methyltransferase 分子量: 40739.621 Da / 分子数: 2 / 変異: N191D, F205S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q5C9L2, (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化	温度: 273.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% PEG 3,350 and 0.22 M AMSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 104.3 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.180763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.180763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→84.24 Å / Num. obs: 51180 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 3604 / CC_1/2: 0.907 / R_pim(I) all: 0.328 / R_rim(I) all: 0.622 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3reo

3reo

解像度: 1.95→52.476 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	2000	3.91 %
R_work	0.1739	-	-
obs	0.1749	51149	96.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→52.476 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5280	0	52	404	5736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5448
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.896	7390
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.363	1982
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	846
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	948

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9988	0.2606	139	0.2404	3517	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9988-2.0528	0.2649	146	0.2172	3487	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0528-2.1132	0.2334	146	0.2022	3502	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1132-2.1814	0.1904	141	0.183	3492	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1814-2.2594	0.2214	145	0.1883	3511	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2594-2.3499	0.2239	132	0.1809	3275	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3499-2.4568	0.1979	131	0.1775	3329	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4568-2.5863	0.2162	147	0.1739	3571	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5863-2.7484	0.2026	142	0.1747	3615	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7484-2.9606	0.2073	146	0.1822	3607	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9606-3.2584	0.1979	151	0.1813	3607	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2584-3.7298	0.1936	147	0.1684	3591	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7298-4.6987	0.1833	132	0.1483	3339	X-RAY DIFFRACTION	90
4.6987-52.495	0.181	155	0.1671	3706	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1028	0.0286	0.2747	0.3504	0.2431	1.5422	0.0713	0.0606	-0.0696	-0.0096	-0.064	0.0312	0.0419	-0.1998	-0.0149	0.2537	0.017	-0.0037	0.2183	0.0146	0.24	14.4728	2.6984	13.7309
2	0.9107	0.0531	0.6067	0.0415	0.1138	0.4424	-0.3167	0.1431	0.9111	0.1727	0.0127	0.1153	-0.4656	0.3441	-0.0305	0.4069	0.0516	0.0029	0.3724	0.062	0.4574	13.5255	22.1283	34.9982
3	1.5834	0.2005	-0.1243	1.3775	0.0254	1.8757	0.0343	0.0436	-0.0516	0.062	0.0807	0.0875	-0.0551	-0.2188	-0.0666	0.1977	0.0303	0.0021	0.2438	0.0315	0.2388	2.5652	3.9702	42.3596
4	1.371	0.3629	0.3084	0.3361	0.0729	1.6339	0.0553	-0.1744	-0.0966	0.0364	-0.1038	-0.061	-0.0614	0.1246	0.001	0.2226	0.015	-0.0019	0.2053	0.016	0.2438	29.9254	6.9293	29.3327
5	2.0863	1.4834	0.9861	1.032	0.6915	0.4644	-0.1752	-0.5328	0.7969	-0.0477	-0.2347	0.4258	-0.1337	-0.4757	0.0204	0.4242	0.0513	0.0319	0.3647	-0.0438	0.3921	21.9503	23.6832	6.9695
6	1.4519	0.5074	-0.1326	1.4677	-0.335	1.9914	0.0391	-0.0788	0.0281	0.0213	-0.0746	-0.2701	-0.2206	0.328	-0.0091	0.2589	-0.0397	0.0157	0.2532	0.0012	0.2535	46.1298	17.4513	4.5197
7	1.4655	0.2387	-0.1006	1.1574	-0.4581	1.974	0.0229	0.0704	-0.1297	-0.1406	0.0075	-0.0232	0.0944	0.0184	0.0281	0.2601	0.0229	-0.004	0.2226	-0.0135	0.2234	35.2617	7.7463	-2.6973

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 132 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 133 through 154 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 155 through 351 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 7 through 132 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 133 through 154 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 155 through 245 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 246 through 350 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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