PDB-6ne6: Crystal Structure of heterotrimeric G-protein alpha subunit Galph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ne6

タイトル

Crystal Structure of heterotrimeric G-protein alpha subunit Galpha7 from Naegleria fowleri

要素

G-protein alpha subunit Galpha7

キーワード

CELL CYCLE / SSGCID / guanine nucleotide binding / G protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of heterotrimeric G-protein alpha subunit Galpha7 from Naegleria fowleri
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ne6.cif.gz	160.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ne6.ent.gz	123.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ne6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ne6_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ne6_full_validation.pdf.gz	431 KB	表示
XML形式データ	6ne6_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	6ne6_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/6ne6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/6ne6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5do9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zs9-d 1jf9-d 6ndn-d 5y39-2 6kfz-d 4w4v-d 6kfy-d 5zso-d 1kmj-d 3fi3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-NafoA.01088.e

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: G-protein alpha subunit Galpha7

ヘテロ分子

38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.690, 68.310, 79.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	G-protein alpha subunit Galpha7 分子量: 38395.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア) 遺伝子: NF0037180 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.68 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: NafoA.01088.e.B1 and NafoA.19531.b.B2 were co-purified (PW38434) to 20.24 mg/ml in a buffer containing 25 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% Glycerol , 2 mM DTT, 0.025% Azide, 10mM MgCl2, 10mM ...詳細: NafoA.01088.e.B1 and NafoA.19531.b.B2 were co-purified (PW38434) to 20.24 mg/ml in a buffer containing 25 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% Glycerol , 2 mM DTT, 0.025% Azide, 10mM MgCl2, 10mM NaF, 30uM AlCl3, 5uM GDP, was mixed 1:1 with Wiz3/4(c8): 16% (w/v) PEG-800, 40 mM potassium phosphate monobasic, 20% (v/v) glycerol, cryoprotected with 20% ethylene glycol. Tray 299259c8, puck: rhn8-4

結晶

マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.68 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: NafoA.01088.e.B1 and NafoA.19531.b.B2 were co-purified (PW38434) to 20.24 mg/ml in a buffer containing 25 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% Glycerol , 2 mM DTT, 0.025% Azide, 10mM MgCl2, 10mM ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月5日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→48.256 Å / Num. obs: 37029 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.003 % / B_iso Wilson estimate: 19.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_rim(I) all: 0.05 / Χ²: 1.039 / Net I/σ(I): 23.09 / Num. measured all: 222267

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74	4.996	0.512	2.99	13464	2701	2695	0.858	0.572	99.8
1.74-1.79	5.9	0.419	4.22	15624	2648	2648	0.934	0.459	100
1.79-1.84	6.157	0.331	5.51	15774	2562	2562	0.958	0.361	100
1.84-1.9	6.165	0.251	7.38	15425	2503	2502	0.974	0.274	100
1.9-1.96	6.121	0.186	9.83	14775	2414	2414	0.985	0.203	100
1.96-2.03	6.171	0.148	12.21	14365	2329	2328	0.99	0.162	100
2.03-2.11	6.148	0.116	15.04	13894	2260	2260	0.994	0.127	100
2.11-2.19	6.168	0.094	18.25	13490	2189	2187	0.995	0.103	99.9
2.19-2.29	6.139	0.075	22.35	12874	2098	2097	0.997	0.082	100
2.29-2.4	6.141	0.065	25.08	12344	2012	2010	0.997	0.071	99.9
2.4-2.53	6.152	0.058	27.9	11751	1912	1910	0.998	0.063	99.9
2.53-2.69	6.127	0.05	31.77	11152	1821	1820	0.998	0.055	99.9
2.69-2.87	6.101	0.042	36.55	10396	1705	1704	0.999	0.045	99.9
2.87-3.1	6.076	0.036	40.91	9715	1600	1599	0.999	0.04	99.9
3.1-3.4	6.082	0.031	46.64	8923	1478	1467	0.999	0.034	99.3
3.4-3.8	6.023	0.025	53.22	8089	1352	1343	0.999	0.028	99.3
3.8-4.39	5.955	0.023	57.81	7092	1194	1191	0.999	0.025	99.7
4.39-5.38	5.926	0.022	58.75	6033	1022	1018	0.999	0.024	99.6
5.38-7.6	5.745	0.024	55.74	4688	821	816	0.999	0.026	99.4
7.6-48.256	5.238	0.022	58.88	2399	476	458	0.999	0.025	96.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5do9

5do9

解像度: 1.7→48.256 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.73

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1947	2146	5.99 %	0
R_work	0.1609	-	-	-
obs	0.163	35817	96.55 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.9 Å² / B_iso mean: 24.1924 Å² / B_iso min: 5.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→48.256 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2636	0	30	334	3000
B_iso mean	-	-	41.38	34.74	-
残基数	-	-	-	-	327

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6999-1.7395	0.2485	96	0.225	2033	2129	88
1.7395-1.783	0.2782	127	0.2084	2107	2234	91
1.783-1.8312	0.2418	138	0.1887	2133	2271	94
1.8312-1.8851	0.2065	152	0.1743	2155	2307	95
1.8851-1.9459	0.2099	149	0.1607	2218	2367	97
1.9459-2.0155	0.1893	162	0.1598	2209	2371	97
2.0155-2.0962	0.1949	147	0.1602	2217	2364	97
2.0962-2.1916	0.2107	129	0.1571	2268	2397	98
2.1916-2.3071	0.1732	146	0.157	2262	2408	98
2.3071-2.4517	0.184	145	0.1525	2286	2431	98
2.4517-2.641	0.1897	153	0.1586	2307	2460	99
2.641-2.9067	0.2121	153	0.1552	2302	2455	99
2.9067-3.3272	0.2012	149	0.1587	2341	2490	99
3.3272-4.1916	0.1612	145	0.1451	2367	2512	99
4.1916-48.2751	0.2003	155	0.1686	2466	2621	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1439	-0.7207	-0.227	1.613	0.3626	1.4431	-0.0363	0.2402	-0.0247	-0.0647	0.0104	0.1065	0.0518	-0.0269	0.024	0.1151	-0.0113	0.0012	0.13	0.0204	0.1214	0.1387	38.3353	-3.812
2	1.9366	3.0125	3.7112	4.6964	5.7962	7.1347	-0.0928	0.0806	0.1061	-0.128	0.0119	0.0276	-0.241	0.1584	0.068	0.1345	0.0233	0.02	0.1475	0.0296	0.1478	23.5758	39.3262	8.4888
3	1.1835	-0.3876	1.2035	1.4549	-1.2011	3.0056	-0.0156	0.1055	0.1232	0.0154	-0.2771	-0.3101	0.0403	0.4737	0.1715	0.1523	-0.0142	0.002	0.2123	0.029	0.236	34.0654	41.9281	17.5709
4	1.2315	-0.0761	0.5177	1.6254	-0.0863	1.6662	0.0138	-0.0206	-0.0725	0.0263	-0.03	-0.014	0.1044	0.1244	-0.0078	0.1178	0.0072	-0.0069	0.1311	0.0268	0.129	24.3063	36.0468	15.7465
5	3.5932	-0.2406	1.8826	0.532	-0.0986	1.7489	0.0242	0.1226	-0.0884	-0.0171	-0.0242	0.0549	0.0625	0.0341	0.0189	0.1623	-0.0104	0.0129	0.1525	0.006	0.1467	6.5856	35.3267	-0.7778
6	1.9421	0.4808	1.0126	1.1267	1.2422	1.6095	-0.163	0.487	-0.0515	-0.2567	0.1103	-0.0122	-0.3001	0.4015	0.0427	0.2232	-0.0195	0.0077	0.2463	0.0356	0.2063	4.1116	49.148	2.302
7	1.1857	-0.1389	0.8786	1.8375	-0.6749	2.379	-0.0237	-0.0751	0.0287	0.1402	0.0051	0.1209	-0.1359	-0.1252	0.0207	0.1019	0.0158	0.0272	0.0993	0.0005	0.1272	-2.6351	48.9587	16.6186
8	9.4354	-8.5888	5.5664	8.8982	-4.6575	4.5818	0.1197	-0.1321	0.0497	-0.022	-0.0311	0.1881	0.1003	-0.2289	-0.1104	0.1428	-0.0357	0.0394	0.1442	0.0197	0.2368	-11.995	38.2488	3.6828

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 62 )	A	27 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 90 )	A	63 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 91 through 116 )	A	91 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 117 through 165 )	A	117 - 165
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 166 through 203 )	A	166 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 204 through 244 )	A	204 - 244
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 245 through 331 )	A	245 - 331
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 332 through 353 )	A	332 - 353

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)