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- PDB-6ne1: Designed repeat protein in complex with Fz4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ne1
タイトルDesigned repeat protein in complex with Fz4
要素
  • Frizzled-4
  • Pfs, NACHT and Ankyrin domain protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / Frizzled / Designed protein / BIOSYNTHETIC PROTEIN / BIOSYNTHETIC PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / progesterone secretion / retinal blood vessel morphogenesis / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior / Signaling by RNF43 mutants / WNT5A-dependent internalization of FZD4 ...cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / progesterone secretion / retinal blood vessel morphogenesis / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior / Signaling by RNF43 mutants / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / endothelial cell differentiation / Wnt-protein binding / positive regulation of dendrite morphogenesis / establishment of blood-brain barrier / Class B/2 (Secretin family receptors) / cytokine receptor activity / cytokine binding / negative regulation of cell-substrate adhesion / canonical Wnt signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / vasculogenesis / cellular response to retinoic acid / substrate adhesion-dependent cell spreading / Asymmetric localization of PCP proteins / cellular response to leukemia inhibitory factor / PDZ domain binding / sensory perception of sound / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway / neuron differentiation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cell-cell junction / Clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / Ca2+ pathway / angiogenesis / response to hypoxia / cell population proliferation / cilium / positive regulation of cell migration / protein heterodimerization activity / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain ...Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.011 Å
データ登録者Miao, Y. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)1R01DK115728 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Receptor subtype discrimination using extensive shape complementary designed interfaces.
著者: Dang, L.T. / Miao, Y. / Ha, A. / Yuki, K. / Park, K. / Janda, C.Y. / Jude, K.M. / Mohan, K. / Ha, N. / Vallon, M. / Yuan, J. / Vilches-Moure, J.G. / Kuo, C.J. / Garcia, K.C. / Baker, D.
履歴
登録2018年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-4
B: Pfs, NACHT and Ankyrin domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0104
ポリマ－33,5682
非ポリマー4422
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.846, 62.611, 86.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Frizzled-4 / hFz4 / FzE4


分子量: 13619.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9ULV1
#2: タンパク質 Pfs, NACHT and Ankyrin domain protein


分子量: 19947.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_1G01020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium chloride, pH 6.3 and 20% PEG3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→50 Å / Num. obs: 5867 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.01→3.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.687 / Num. unique obs: 542

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BPB

5bpb


解像度: 3.011→44.431 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2928 587 10.01 %
Rwork0.2339 --
obs0.2404 5864 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.011→44.431 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 0 28 6 2062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032099
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5962855
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6311273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004368
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0112-3.31420.37191380.31541244X-RAY DIFFRACTION96
3.3142-3.79350.33281450.25791304X-RAY DIFFRACTION100
3.7935-4.77850.29461490.22151335X-RAY DIFFRACTION100
4.7785-44.4360.25551550.21131394X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.43750.8958-0.81064.54540.36914.8219-0.0270.36390.3509-0.60180.1951-0.0929-0.1677-0.1534-0.18180.58710.02290.0390.4935-0.05460.4802-5.8528-9.917112.2949
23.0763-0.0262-0.29474.1590.99993.72180.066-0.2006-0.16960.1703-0.1806-0.20460.0869-0.41560.08420.3916-0.0047-0.00870.51660.03640.3555-16.3791-21.400728.5778
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 44 through 161)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 2 through 161)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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