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- PDB-6ndh: RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN AND ZINC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ndh
タイトルRHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN AND ZINC
要素
  • (Snaclec rhodocetin subunit ...) x 2
  • Integrin alpha-2
キーワードCELL ADHESION/TOXIN / C-TYPE LECTIN / INTEGRIN / VENOM / COAGULATION / CELL ADHESION / CELL ADHESION-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen receptor activity / substrate-dependent cell migration / positive regulation of cell projection organization / positive regulation of transmission of nerve impulse / response to parathyroid hormone / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / hypotonic response / response to L-ascorbic acid / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition ...collagen receptor activity / substrate-dependent cell migration / positive regulation of cell projection organization / positive regulation of transmission of nerve impulse / response to parathyroid hormone / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / hypotonic response / response to L-ascorbic acid / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / skin morphogenesis / CHL1 interactions / Laminin interactions / positive regulation of smooth muscle contraction / collagen-activated signaling pathway / basal part of cell / positive regulation of phagocytosis, engulfment / Platelet Adhesion to exposed collagen / hepatocyte differentiation / mammary gland development / focal adhesion assembly / heparan sulfate proteoglycan binding / mesodermal cell differentiation / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of positive chemotaxis / integrin complex / MET activates PTK2 signaling / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / positive regulation of smooth muscle cell migration / response to muscle activity / cell-substrate adhesion / response to amine / positive regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of epithelial cell migration / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / laminin binding / collagen binding / axon terminus / extracellular matrix organization / positive regulation of cell adhesion / cell-matrix adhesion / positive regulation of translation / animal organ morphogenesis / integrin-mediated signaling pathway / female pregnancy / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to estradiol stimulus / cell-cell adhesion / cellular response to mechanical stimulus / blood coagulation / integrin binding / amyloid-beta binding / virus receptor activity / toxin activity / response to hypoxia / cell adhesion / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / focal adhesion / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / : / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. ...: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / : / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / FG-GAP repeat / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Snaclec rhodocetin subunit gamma / Snaclec rhodocetin subunit delta / Integrin alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Calloselasma rhodostoma (ヘビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Stetefeld, J. / McDougall, M.D. / Loewen, P.C.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN WITH ZINC BOUND
著者: Stetefeld, J. / McDougall, M.D. / Loewen, P.C.
履歴
登録2018年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Snaclec rhodocetin subunit gamma
B: Snaclec rhodocetin subunit delta
C: Integrin alpha-2
D: Snaclec rhodocetin subunit gamma
E: Snaclec rhodocetin subunit delta
F: Integrin alpha-2
G: Snaclec rhodocetin subunit gamma
H: Snaclec rhodocetin subunit delta
I: Integrin alpha-2
J: Snaclec rhodocetin subunit gamma
K: Snaclec rhodocetin subunit delta
L: Integrin alpha-2
M: Snaclec rhodocetin subunit gamma
N: Snaclec rhodocetin subunit delta
O: Integrin alpha-2
P: Snaclec rhodocetin subunit gamma
Q: Snaclec rhodocetin subunit delta
R: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)328,44055
ポリマ－326,13118
非ポリマー2,30837
水1267
1
A: Snaclec rhodocetin subunit gamma
B: Snaclec rhodocetin subunit delta
C: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,80310
ポリマ－54,3553
非ポリマー4477
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
2
D: Snaclec rhodocetin subunit gamma
E: Snaclec rhodocetin subunit delta
F: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,78510
ポリマ－54,3553
非ポリマー4307
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6970 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
3
G: Snaclec rhodocetin subunit gamma
H: Snaclec rhodocetin subunit delta
I: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6718
ポリマ－54,3553
非ポリマー3165
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
4
J: Snaclec rhodocetin subunit gamma
K: Snaclec rhodocetin subunit delta
L: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,74210
ポリマ－54,3553
非ポリマー3877
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
5
M: Snaclec rhodocetin subunit gamma
N: Snaclec rhodocetin subunit delta
O: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6718
ポリマ－54,3553
非ポリマー3165
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
6
P: Snaclec rhodocetin subunit gamma
Q: Snaclec rhodocetin subunit delta
R: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7679
ポリマ－54,3553
非ポリマー4126
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.399, 131.399, 251.358
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

-
Snaclec rhodocetin subunit ... , 2種, 12分子 ADGJMPBEHKNQ

#1: タンパク質
Snaclec rhodocetin subunit gamma


分子量: 15741.510 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: D2YW39
#2: タンパク質
Snaclec rhodocetin subunit delta


分子量: 14875.982 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: D2YW40

-
タンパク質 , 1種, 6分子 CFILOR

#3: タンパク質
Integrin alpha-2 / CD49 antigen-like family member B / Collagen receptor / Platelet membrane glycoprotein Ia / GPIa / ...CD49 antigen-like family member B / Collagen receptor / Platelet membrane glycoprotein Ia / GPIa / VLA-2 subunit alpha


分子量: 23737.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA2, CD49B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17301

-
非ポリマー , 6種, 44分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.04 % / Mosaicity: 0.21 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M TRIS, 2.65 M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月27日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→131.399 Å / Num. obs: 92641 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.8 % / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 8.2 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.9-3.067.80.5521.4134150.210.590.55297.6
3.06-3.247.80.3252.4126270.1240.3480.32597.9
3.24-3.477.80.2043.8119950.0780.2180.20498.2
3.47-3.747.80.1216.4111740.0460.130.12198.5
3.74-4.17.80.0858.9103160.0330.0910.08598.8
4.1-4.597.70.0612.293500.0230.0640.0699
4.59-5.297.70.05313.682850.0210.0570.05399.3
5.29-6.487.70.05612.870160.0220.060.05699.5
6.48-9.177.60.0381754700.0150.040.03899.8
9.17-46.9537.20.02822.629930.0110.0310.02899.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5THP

5thp


解像度: 2.9→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 18.846 / SU ML: 0.352 / SU R Cruickshank DPI: 2.4092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.409 / ESU R Free: 0.418 / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2849 4534 4.9 %RANDOM
Rwork0.2282 ---
obs0.2311 88062 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 181.99 Å2 / Biso mean: 55.617 Å2 / Biso min: 20.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å20 Å2
2--1.09 Å20 Å2
3----2.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21486 0 97 7 21590
Biso mean--80.26 30.28 -
残基数----2664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01322128
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01819668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.371.63729994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1661.57945618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.27152646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.66522.4631218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.46153708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.28215132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.22766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0224744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025028
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 318 -
Rwork0.328 6469 -
all-6787 -
obs--97.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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