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- PDB-6ndd: RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN WITH MANG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ndd
タイトルRHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN WITH MANGANESE BOUND
要素
  • (Snaclec rhodocetin subunit ...) x 2
  • Integrin alpha-2
キーワードCELL ADHESION/TOXIN / C-TYPE LECTIN / INTEGRIN / VENOM / COAGULATION / CELL ADHESION / MANGANESE / CELL ADHESION-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


disruption of cell wall in another organism / collagen receptor activity / substrate-dependent cell migration / positive regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of cell projection organization / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / response to parathyroid hormone / hypotonic response / response to L-ascorbic acid ...disruption of cell wall in another organism / collagen receptor activity / substrate-dependent cell migration / positive regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of cell projection organization / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / response to parathyroid hormone / hypotonic response / response to L-ascorbic acid / oligosaccharide binding / skin morphogenesis / CHL1 interactions / Laminin interactions / basal part of cell / positive regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of phagocytosis, engulfment / collagen-activated signaling pathway / peptidoglycan binding / mammary gland development / Platelet Adhesion to exposed collagen / hepatocyte differentiation / mesodermal cell differentiation / focal adhesion assembly / heparan sulfate proteoglycan binding / response to muscle activity / integrin complex / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / MET activates PTK2 signaling / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / cell-substrate adhesion / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of smooth muscle cell migration / response to amine / positive regulation of cell adhesion / ECM proteoglycans / positive regulation of collagen biosynthetic process / Integrin cell surface interactions / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / axon terminus / laminin binding / collagen binding / cell-matrix adhesion / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of translation / integrin-mediated signaling pathway / female pregnancy / animal organ morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to peptide hormone / cell-cell adhesion / cellular response to mechanical stimulus / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / blood coagulation / integrin binding / virus receptor activity / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / toxin activity / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / von Willebrand factor, type A domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. ...: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / von Willebrand factor, type A domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / von Willebrand factor type A domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / AMMONIUM ION / Snaclec rhodocetin subunit gamma / Snaclec rhodocetin subunit delta / Integrin alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Calloselasma rhodostoma (ヘビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Stetefeld, J. / McDougall, M.D. / Loewen, P.C.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN WITH MANGANESE BOUND
著者: Stetefeld, J. / McDougall, M.D. / Loewen, P.C.
履歴
登録2018年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Snaclec rhodocetin subunit gamma
B: Snaclec rhodocetin subunit delta
C: Integrin alpha-2
D: Snaclec rhodocetin subunit gamma
E: Snaclec rhodocetin subunit delta
F: Integrin alpha-2
G: Snaclec rhodocetin subunit gamma
H: Snaclec rhodocetin subunit delta
I: Integrin alpha-2
J: Snaclec rhodocetin subunit gamma
K: Snaclec rhodocetin subunit delta
L: Integrin alpha-2
M: Snaclec rhodocetin subunit gamma
N: Snaclec rhodocetin subunit delta
O: Integrin alpha-2
P: Snaclec rhodocetin subunit gamma
Q: Snaclec rhodocetin subunit delta
R: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)328,37755
ポリマ－326,13118
非ポリマー2,24637
水1267
1
A: Snaclec rhodocetin subunit gamma
B: Snaclec rhodocetin subunit delta
C: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7579
ポリマ－54,3553
非ポリマー4026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Snaclec rhodocetin subunit gamma
E: Snaclec rhodocetin subunit delta
F: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,77510
ポリマ－54,3553
非ポリマー4207
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Snaclec rhodocetin subunit gamma
H: Snaclec rhodocetin subunit delta
I: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6969
ポリマ－54,3553
非ポリマー3416
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Snaclec rhodocetin subunit gamma
K: Snaclec rhodocetin subunit delta
L: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,73210
ポリマ－54,3553
非ポリマー3767
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
M: Snaclec rhodocetin subunit gamma
N: Snaclec rhodocetin subunit delta
O: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6618
ポリマ－54,3553
非ポリマー3065
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
P: Snaclec rhodocetin subunit gamma
Q: Snaclec rhodocetin subunit delta
R: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7579
ポリマ－54,3553
非ポリマー4026
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.712, 130.712, 251.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

-
Snaclec rhodocetin subunit ... , 2種, 12分子 ADGJMPBEHKNQ

#1: タンパク質
Snaclec rhodocetin subunit gamma


分子量: 15741.510 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: D2YW39
#2: タンパク質
Snaclec rhodocetin subunit delta


分子量: 14875.982 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: D2YW40

-
タンパク質 , 1種, 6分子 CFILOR

#3: タンパク質
Integrin alpha-2 / CD49 antigen-like family member B / Collagen receptor / Platelet membrane glycoprotein Ia / GPIa / ...CD49 antigen-like family member B / Collagen receptor / Platelet membrane glycoprotein Ia / GPIa / VLA-2 subunit alpha


分子量: 23737.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA2, CD49B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17301

-
非ポリマー , 6種, 44分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.04 % / Mosaicity: 0.21 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M TRIS, 2.65 M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月27日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→130.712 Å / Num. obs: 79819 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5 % / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.125 / Rsym value: 0.113 / Net I/av σ(I): 6.5 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 401086
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
3.05-3.215.10.5161.5116970.2460.5740.516100
3.21-3.415.10.3412.3110310.1630.380.341100
3.41-3.655.10.2173.6104080.1040.2410.21799.9
3.65-3.945.10.1525.196630.0730.1690.15299.9
3.94-4.3150.1057.388490.0510.1180.10599.6
4.31-4.824.90.083980150.0410.0930.08399.4
4.82-5.5750.0769.870690.0370.0850.07699.6
5.57-6.825.10.07210.460070.0340.080.07299.8
6.82-9.644.90.04414.446010.0210.0490.04498.6
9.64-47.9694.50.03418.824790.0160.0380.03495.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5THP

5thp


解像度: 3.05→48.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 22.191 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.453 / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2735 3888 4.9 %RANDOM
Rwork0.2169 ---
obs0.2197 75867 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 192.21 Å2 / Biso mean: 59.586 Å2 / Biso min: 18.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21486 0 97 7 21590
Biso mean--80.05 30.58 -
残基数----2664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01322128
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01819668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.63729994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1781.57945618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.48852646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.78422.4631218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.783153708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.89915132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.22766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0224744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025028
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.129 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 287 -
Rwork0.292 5640 -
all-5927 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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