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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nda | ||||||
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タイトル | RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN AND CADMIUM | ||||||
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![]() | CELL ADHESION/TOXIN / C-TYPE LECTIN / INTEGRIN / VENOM / COAGULATION / CELL ADHESION / CADMIUM / CELL ADHESION-TOXIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() disruption of cell wall in another organism / collagen receptor activity / substrate-dependent cell migration / positive regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of cell projection organization / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / response to parathyroid hormone / hypotonic response / response to L-ascorbic acid ...disruption of cell wall in another organism / collagen receptor activity / substrate-dependent cell migration / positive regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of cell projection organization / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / response to parathyroid hormone / hypotonic response / response to L-ascorbic acid / oligosaccharide binding / skin morphogenesis / CHL1 interactions / Laminin interactions / basal part of cell / positive regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of phagocytosis, engulfment / collagen-activated signaling pathway / peptidoglycan binding / mammary gland development / Platelet Adhesion to exposed collagen / hepatocyte differentiation / mesodermal cell differentiation / focal adhesion assembly / heparan sulfate proteoglycan binding / response to muscle activity / integrin complex / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / MET activates PTK2 signaling / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / cell-substrate adhesion / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of smooth muscle cell migration / response to amine / positive regulation of cell adhesion / ECM proteoglycans / positive regulation of collagen biosynthetic process / Integrin cell surface interactions / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / axon terminus / laminin binding / collagen binding / cell-matrix adhesion / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of translation / integrin-mediated signaling pathway / female pregnancy / animal organ morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to peptide hormone / cell-cell adhesion / cellular response to mechanical stimulus / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / blood coagulation / integrin binding / virus receptor activity / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / toxin activity / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stetefeld, J. / McDougall, M.D. / Loewen, P.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN AND CADMIUM 著者: Stetefeld, J. / McDougall, M.D. / Loewen, P.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 539.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 443.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 591.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 647.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 94 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 127.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5thpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Snaclec rhodocetin subunit ... , 2種, 12分子 ADGJMPBEHKNQ
#1: タンパク質 | 分子量: 15741.510 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 14875.982 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 6分子 CFILOR
#3: タンパク質 | 分子量: 23737.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 44分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-CD / #6: 化合物 | ChemComp-NA / #7: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 化合物 | ChemComp-NH4 / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M TRIS, 2.65 M Ammonium SULPHATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月27日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.15→130.53 Å / Num. obs: 67910 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 4.4 % / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.121 / Rsym value: 0.107 / Net I/av σ(I): 6.6 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 296700 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5THP 解像度: 3.15→92.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / WRfactor Rfree: 0.2425 / WRfactor Rwork: 0.1966 / FOM work R set: 0.7914 / SU B: 22.861 / SU ML: 0.381 / SU Rfree: 0.5145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.514 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 177.61 Å2 / Biso mean: 51.751 Å2 / Biso min: 3.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.15→92.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.15→3.232 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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