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- PDB-6nd4: Conformational switches control early maturation of the eukaryoti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nd4
タイトルConformational switches control early maturation of the eukaryotic small ribosomal subunit
要素
  • 18S rRNA 5' domain start
  • 5'ETS rRNA
  • Bud21
  • Imp3
  • Mpp10
  • Nop1.1
  • Nop56
  • Nop58
  • Rrp9
  • Snu13
  • Sof1
  • U3 snoRNA
  • Unidentified fragment
  • Utp1
  • Utp10
  • Utp12
  • Utp13
  • Utp15
  • Utp17
  • Utp18
  • Utp21
  • Utp24
  • Utp4
  • Utp5
  • Utp6
  • Utp7
  • Utp8
  • Utp9
キーワードRIBOSOME / Ribosome assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA fragment catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / t-UTP complex / Mpp10 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA modification / histone H2AQ104 methyltransferase activity / septum digestion after cytokinesis / tRNA re-export from nucleus ...RNA fragment catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / t-UTP complex / Mpp10 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA modification / histone H2AQ104 methyltransferase activity / septum digestion after cytokinesis / tRNA re-export from nucleus / snRNA binding / RNA folding chaperone / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methyltransferase activity / rDNA heterochromatin / regulation of transcription by RNA polymerase I / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4/U6 snRNP / positive regulation of rRNA processing / tRNA export from nucleus / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / U4 snRNA binding / O-methyltransferase activity / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / rRNA methylation / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / snoRNA binding / preribosome, small subunit precursor / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / establishment of cell polarity / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / RNA endonuclease activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / spliceosomal complex / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / peroxisome / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / tRNA binding / rRNA binding / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / : / Utp8, N-terminal beta propeller / Utp8, C-terminal / U3 snoRNA associated / U3 snoRNA associated / WD repeat-containing protein 75 second beta-propeller / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / : ...U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / : / Utp8, N-terminal beta propeller / Utp8, C-terminal / U3 snoRNA associated / U3 snoRNA associated / WD repeat-containing protein 75 second beta-propeller / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Sof1-like protein / BING4, C-terminal domain / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / : / : / Sof1-like domain / BING4CT (NUC141) domain / BING4CT (NUC141) domain / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal / UTP15 C terminal / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Fcf1 / Nucleolar protein 58/56, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / NOP5NT (NUC127) domain / WDR3 second beta-propeller domain / WDR3 first beta-propeller domain / BP28, C-terminal domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / : / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / HEATR1-like, HEAT repeats / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13, C-terminal / Periodic tryptophan protein 2 / Utp13 specific WD40 associated domain / Small-subunit processome, Utp12 / Dip2/Utp12 Family / : / Small-subunit processome, Utp21 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / Mpp10 protein / Utp21 specific WD40 associated putative domain / WDR36/Utp21 second beta-propeller domain / WDR36/Utp21 first beta-propeller / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / PRP39 N-terminal HAT repeat / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Large family of predicted nucleotide-binding domains / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / PIN domain / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / PIN-like domain superfamily / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Armadillo-like helical / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4/S9 / S4 RNA-binding domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Periodic tryptophan protein 2 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Protein SOF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Periodic tryptophan protein 2 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Protein SOF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / NET1-associated nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / rRNA-processing protein FCF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / Nucleolar protein 56 / Nucleolar protein 58
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Hunziker, M. / Barandun, J. / Klinge, S.
資金援助 米国, スイス, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the Director1DP2GM123459 米国
Swiss National Science Foundation155515 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Conformational switches control early maturation of the eukaryotic small ribosomal subunit.
著者: Mirjam Hunziker / Jonas Barandun / Olga Buzovetsky / Caitlin Steckler / Henrik Molina / Sebastian Klinge /
要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis is initiated with the transcription of pre-ribosomal RNA at the 5' external transcribed spacer, which directs the early association of assembly factors but is absent ...Eukaryotic ribosome biogenesis is initiated with the transcription of pre-ribosomal RNA at the 5' external transcribed spacer, which directs the early association of assembly factors but is absent from the mature ribosome. The subsequent co-transcriptional association of ribosome assembly factors with pre-ribosomal RNA results in the formation of the small subunit processome. Here we show that stable rRNA domains of the small ribosomal subunit can independently recruit their own biogenesis factors in vivo. The final assembly and compaction of the small subunit processome requires the presence of the 5' external transcribed spacer RNA and all ribosomal RNA domains. Additionally, our cryo-electron microscopy structure of the earliest nucleolar pre-ribosomal assembly - the 5' external transcribed spacer ribonucleoprotein - provides a mechanism for how conformational changes in multi-protein complexes can be employed to regulate the accessibility of binding sites and therefore define the chronology of maturation events during early stages of ribosome assembly.
履歴
登録2018年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entry_details
Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_entry_details.sequence_details
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02019年12月18日Group: Other / Polymer sequence / カテゴリ: atom_sites / entity_poly
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0441
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: 5'ETS rRNA
1: 18S rRNA 5' domain start
2: U3 snoRNA
H: Utp17
I: Utp8
J: Utp15
K: Utp9
L: Utp5
M: Utp10
N: Utp4
O: Utp1
P: Utp6
Q: Utp12
R: Utp13
S: Utp18
T: Utp21
U: Sof1
W: Utp7
Z: Imp3
A: Mpp10
D: Bud21
a: Nop56
b: Nop58
c: Nop1.1
d: Nop1.1
e: Snu13
f: Snu13
g: Rrp9
l: Utp24
x: Unidentified fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,867,66330
ポリマ－1,867,66330
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation, microscopy, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 012

#1: RNA鎖 5'ETS rRNA


分子量: 220317.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
#2: RNA鎖 18S rRNA 5' domain start


分子量: 3727.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
#3: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 46932.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)

+
タンパク質 , 24種, 26分子 HIJKLMNOPQRSTUWZADabcdefgl

#4: タンパク質 Utp17


分子量: 96363.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q02931*PLUS
#5: タンパク質 Utp8


分子量: 49062.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P53276*PLUS
#6: タンパク質 Utp15 / U3 snoRNA-associated protein 15 / U three protein 15 / U3 protein 15 required for transcription / t-UTP15


分子量: 57765.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q04305
#7: タンパク質 Utp9


分子量: 19935.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P38882*PLUS
#8: タンパク質 Utp5 / U3 snoRNA-associated protein 5 / U three protein 5 / U3 protein 5 required for transcription / t-UTP5


分子量: 72079.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q04177
#9: タンパク質 Utp10 / U3 snoRNA-associated protein 10 / U three protein 10 / U3 protein 10 required for transcription / t-UTP10


分子量: 200298.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P42945
#10: タンパク質 Utp4


分子量: 81782.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q06679*PLUS
#11: タンパク質 Utp1 / U three protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 1 / U3 snoRNA-associated protein 1


分子量: 104097.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P25635
#12: タンパク質 Utp6


分子量: 46820.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q02354*PLUS
#13: タンパク質 Utp12


分子量: 102690.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q12220*PLUS
#14: タンパク質 Utp13


分子量: 68142.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q05946*PLUS
#15: タンパク質 Utp18 / U3 snoRNA-associated protein 18 / U three protein 18


分子量: 66494.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P40362
#16: タンパク質 Utp21 / U3 snoRNA-associated protein 21 / U three protein 21


分子量: 104927.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q06078
#17: タンパク質 Sof1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein SOF1 / U3 snoRNA-associated protein SOF1


分子量: 56888.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P33750
#18: タンパク質 Utp7 / U3 snoRNA-associated protein 7 / U three protein 7


分子量: 62418.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P40055
#19: タンパク質 Imp3 / U3 snoRNP protein IMP3 / Interacting with MPP10 protein 3


分子量: 21928.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P32899
#20: タンパク質 Mpp10 / U3 snoRNA-associated protein MPP10 / M phase phosphoprotein 10


分子量: 67042.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P47083
#21: タンパク質 Bud21 / U three protein 16 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / U3 snoRNA-associated protein 16


分子量: 24431.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q08492
#22: タンパク質 Nop56


分子量: 55307.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q12460*PLUS
#23: タンパク質 Nop58


分子量: 53133.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q12499*PLUS
#24: タンパク質 Nop1.1 / Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA- ...Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA-associated protein NOP1


分子量: 34525.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P15646, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#25: タンパク質 Snu13 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein 1


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P39990
#26: タンパク質 Rrp9


分子量: 65146.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q06506
#27: タンパク質 Utp24 / FAF1-copurifying factor 1


分子量: 21650.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q05498

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 x

#28: タンパク質・ペプチド Unidentified fragment


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)

-
詳細

配列の詳細The complete sample sequence of 5'ETS rRNA is AUGCGAAAGCAGUUGAAGACAAGUUCGAAAAGAGUUUGGAAACGAAUUCG ...The complete sample sequence of 5'ETS rRNA is AUGCGAAAGCAGUUGAAGACAAGUUCGAAAAGAGUUUGGAAACGAAUUCG AGUAGGCUUGUCGUUCGUUAUGUUUUUGUAAAUGGCCUCGUCAAACGGUG GAGAGAGUCGCUAGGUGAUCGUCAGAUCUGCCUAGUCUCUAUACAGCGUG UUUAAUUGACAUGGGUUGAUGCGUAUUGAGAGAUACAAUUUGGGAAGAAA UUCCCAGAGUGUGUUUCUUUUGCGUUUAACCUGAACAGUCUCAUCGUGGG CAUCUUGCGAUUCCAUUGGUGAGCAGCGAAGGAUUUGGUGGAUUACUAGC UAAUAGCAAUCUAUUUCAAAGAAUUCAAACUUGGGGGAAUGCCUUGUUGA AUAGCCGGUCGCAAGACUGUGAUUCUUCAAGUGUAACCUCCUCUCAAAUC AGCGAUAUCAAACGUACCAUUCCGUGAAACACCGGGGUAUCUGUUUGGUG GAACCUGAUUAGAGGAAACUCAAAGAGUGCUAUGGUAUGGUGACGGAGUG CGCUGGUCAAGAGUGUAAAAGCUUUUUGAACAGAGAGCAUUUCCGGCAGC AGAGAGACCUGAAAAAGCAAUUUUUCUGGAAUUUCAGCUGUUUCCAAACU CAAUAAGUAUCUUCUAGCAAGAGGGAAUAGGUGGGAAAAAAAAAAAGAGA UUUCGGUUUCUUUCUUUUUUACUGCUUGUUGCUUCUUCUUUUAAGAUAGU The complete sample sequence of Utp 17 is MTQSLGIEQYKLSVVSGGKPALNNLSSVTGNKNIARLSQDQRNYIIPFNNQIKVYSVET RQCVKTLKFANNSLLSGIFLQEEENNESIVKILLGDITVPQQEDAHLITVFTNNGHVIV LNYKGKLVESPKHFKISLADEKLANVFHSEGNYRILTTFKDPSQKAHNSLQSYRLYALT FDDAKKQFEVAHQAEWHNVILSNISSNGKLLAHMCKDVSTKDHEHKSISVVSLFDDSVN LSFPLGSILSSQTQSLSYNTRYVSSMAIDNMGQQLAVGFASGVISIVSLADLQIRLLKW HIDSVLSLSFSHDGSYLLSGGWEKVMSLWQLETNSQQFLPRLNGIIIDCQVLGPQGNYY SLILQMTENNSNSDYQFLLLNASDLTSKLSINGPLPVFNSTIKHIQQPISAMNTKNSNS ITSLNHSKKKQSRKLIKSRRQDFTTNVEINPINKNLYFPHISAVQIFDFYKNEQVNYQY LTSGVNNSMGKVRFELNLQDPIITDLKFTKDGQWMITYEIEYPPNDLLSSKDLTHILKF WTKNDNETNWNLKTKVINPHGISVPITKILPSPRSVNNSQGCLTADNNGGLKFWSFDSH ESNWCLKKISLPNFNHFSNSVSLAWSQDGSLIFHGFDDKLQILDFDTFKKFESLENTKT VSEFTLDSEIQTVKLINDTNLIVATRTTLNAINLLRGQVINSFDLYPFVNGVYKNGHMD RLITCDERTGNIALVINQQLTDLDGVPTINYKSRIIIFDSDLSTKLGNFTHHEYISWIG WNYDTDFIFLDIESTLGVVGTTVNTQLSDEVNNEGILDGLVSNTITTSASNSDIFAEQL HKLSSRGKKSDTRDKNTNDNDEDEEDIALEFINGEKKDKLVNMNSFTSMFDNIQNVQMD TFFDRVMKVLT The complete sample sequence of Utp8 is MPSLSQPFRLATLPKIASLSNFSLQADYVQVADGTFNESTNNITLGISGSSISQYIINPT PKLTFDYPIPSTNIITACNAEKGQANIDGNIEASTDDEANNEKTINTQKKRNVEIWAFGL MVNKGNYTLNVITKALEDTTDTSNDHLSESDIDNKAYTGSDEFLSQYKIKAKAKVMSIKI DTKNSLVIAILQNGLIEIFDFKLTLLHSFDISYDNLKYAKWFTENGTEYVFVLCPLQDDK VCYKLLELTDCGSGESSPIKELSSTIIEGFSFENSKLCYQFGKLYKLNQGKIYIYSLPHC QLQQVIEFPMVDKLSPGDDLISFQPVSVNRVLLTVNNVIYLLDLLHCSTLSQRELTHVKT FQLLKSAVINSEKSHNSKTIAIGISTKNGPNPTSSLEIINIDVGTNTLKDSLGKSFQVGN NDSSVILKPLFDDKDINDKRVKCNDVSGDSSVPVLHCNEVIEKLSALQDNDITSFDDIFF KELKIKEEHYTEKDRYISDPGFLNKVLDLIFGKFSGNDYPKTLTFLLTHPLFPLSRTRNL LSLLRDQPRLFKQAIVTCPNLPLNELLEELFSIRNRELLLDISFRILQDFTRDSIKQEMK KLSKLDVQNFIEFITSGGEDSSPECFNPSQSTQLFQLLSLVLDSIGLFSLEGALLENLTL YIDKQVEIAERNTELWNLIDTKGFQHGFASSTFDNGTSQKRALPTYTMEYLDI The complete sample sequence of Utp9 is MGSSLDLVASFSHDSTRFAFQASVAQKNNVDIYPLNETKDYVVNSSLVSHIDYETNDMKV SDVIFFGWCSDLIDTQSSNIKRKLDEDEGTGESSEQRCENFFVNGFPDGRIVVYSSNGKD IVNIIKNKKEILGADTDESDIWILDSDKVVKKLQYNNSKPLKTFTLVDGKDDEIVHFQIL HQNGTLLVCIITKQMVYIVDPSKRRPSTKYSFEISDAVACEFSSDGKYLLIANNEELIAY 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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 5' ETS particle / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
緩衝液pH: 7.7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris(HOCH2)3CNH21
2150 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
45 mMbiotin1
55 mMputrescine1
61 mMspermidine1
70.03 %Triton X-1001
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 31.25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2750
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2RELION2.1粒子像選択
3RELION3粒子像選択
4SerialEM画像取得
6CTFFIND4.1.5CTF補正
7RELION3CTF補正
10Coot0.8.9モデルフィッティング
12PHENIXモデル精密化
13RELION2.1初期オイラー角割当
14RELION3最終オイラー角割当
15RELION3分類
16RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 275080
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52629 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5WLC

5wlc


Accession code: 5WLC / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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