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- PDB-6ncu: Interleukin-37 residues 53-206- dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ncu
タイトルInterleukin-37 residues 53-206- dimer
要素Interleukin-37
キーワードCYTOKINE / inflammation / interleukin / innate immune system
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-18 signaling / interleukin-1 receptor binding / Interleukin-37 signaling / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide ...Interleukin-18 signaling / interleukin-1 receptor binding / Interleukin-37 signaling / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor antagonist/Interleukin-36 / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Eisenmesser, E.Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R03 CA219743 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Interleukin-37 monomer is the active form for reducing innate immunity.
著者: Eisenmesser, E.Z. / Gottschlich, A. / Redzic, J.S. / Paukovich, N. / Nix, J.C. / Azam, T. / Zhang, L. / Zhao, R. / Kieft, J.S. / The, E. / Meng, X. / Dinarello, C.A.
履歴
登録2018年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月22日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月24日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-37
B: Interleukin-37


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6262
ポリマ－34,6262
非ポリマー00
水00
1
A: Interleukin-37

B: Interleukin-37


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6262
ポリマ－34,6262
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z+1/31
2
B: Interleukin-37

A: Interleukin-37


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6262
ポリマ－34,6262
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x+y,-x,z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)67.510, 67.510, 142.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-37 / FIL1 zeta / IL-1X / Interleukin-1 family member 7 / IL-1F7 / Interleukin-1 homolog 4 / IL-1H4 / ...FIL1 zeta / IL-1X / Interleukin-1 family member 7 / IL-1F7 / Interleukin-1 homolog 4 / IL-1H4 / Interleukin-1 zeta / IL-1 zeta / Interleukin-1-related protein / IL-1RP1 / Interleukin-23 / IL-37


分子量: 17312.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL37, FIL1Z, IL1F7, IL1H4, IL1RP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZH6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: JCSG Core I (Qiagen) screen, condition 92: 0.1M Citric acid pH 2.5, 20%MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年7月9日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→54.103 Å / Num. obs: 5177 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 3.5→3.852 Å / Rmerge(I) obs: 4.555 / Num. unique all: 1382 / Num. unique obs: 1382

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3228精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HN1

5hn1


解像度: 3.5→54.103 Å / SU ML: 0.76 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 46.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3988 508 9.98 %
Rwork0.3398 --
obs0.3463 5091 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.22 Å2 / Biso mean: 108.7579 Å2 / Biso min: 88.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→54.103 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2385 0 0 0 2385
残基数----304
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5002-3.85240.4751230.399711111234100
3.8524-4.40960.46591200.381211301250100
4.4096-5.55480.37481290.333211421271100
5.5548-54.10940.37271360.31181200133699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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