PDB-6nb0: Crystal structure of Histidine kinase from Burkholderia phymatum ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nb0

タイトル

Crystal structure of Histidine kinase from Burkholderia phymatum STM815

要素

Histidine kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Burkholderia phymatum / Histidine kinase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / phosphorelay sensor kinase activity / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Histidine kinase

機能・相同性情報

生物種

Paraburkholderia phymatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Histidine kinase from Burkholderia phymatum STM815
著者: Abendroth, J. / Conrady, D.C. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nb0.cif.gz	105.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nb0.ent.gz	78 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nb0_validation.pdf.gz	437 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nb0_full_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示
XML形式データ	6nb0_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	6nb0_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/6nb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/6nb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1gc7-d 4nh3-d 6fox-1 4nh6-d 5nag-2 3kqn-d 6yjt-2 6juv-2 5y7a-d 3d4g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuphA.01664.a TargetTrack: BuphA.01664.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Histidine kinase

ヘテロ分子

31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidine kinase

ヘテロ分子

A: Histidine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.600, 77.600, 97.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Histidine kinase / BuphA.01664.a.A1 分子量: 30925.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paraburkholderia phymatum (strain DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815) (バクテリア) 株: DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815 / 遺伝子: Bphy_4385 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2JQF9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Rigaku Reagents Wizard 3/4 screen, condition C2: 24% PEG 1500, 20% glycerol + BuphA.01664.a.A1.PW32082 at 33.15mg/ml. Cryo: direct, tray: 224038 D2, puck mtz8-10. Phasing: Molecular ...詳細: Rigaku Reagents Wizard 3/4 screen, condition C2: 24% PEG 1500, 20% glycerol + BuphA.01664.a.A1.PW32082 at 33.15mg/ml. Cryo: direct, tray: 224038 D2, puck mtz8-10. Phasing: Molecular dimensions PACT screen condition d3: 24% PEG 1500, 100mM MMT buffer pH 6.0 + BuphA.01664.a.A1.PW32082 at 33.15mg/ml. The crystal was soaked for 20sec solution reservoir + 20% 2.5M Sodium iodide in ethylene glycol, and vitrified in liquid nitrogen. Tray 223760 d3

結晶

マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.05 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Rigaku Reagents Wizard 3/4 screen, condition C2: 24% PEG 1500, 20% glycerol + BuphA.01664.a.A1.PW32082 at 33.15mg/ml. Cryo: direct, tray: 224038 D2, puck mtz8-10. Phasing: Molecular ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→39.373 Å / Num. obs: 27087 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.488 % / B_iso Wilson estimate: 40.456 Å² / R_merge(I) obs: 0.03 / R_rim(I) all: 0.031 / Χ²: 0.957 / Net I/σ(I): 46.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	4.848	0.299	5.45	1946	0.335	98
1.95-2	6.51	0.312	6.15	1931	0.339	99.6
2-2.06	7.975	0.222	9.6	1862	0.238	99.9
2.06-2.12	8.877	0.18	12.41	1816	0.192	99.9
2.12-2.19	9.897	0.164	14.86	1771	0.173	99.6
2.19-2.27	10.687	0.114	23.6	1742	0.12	99.6
2.27-2.36	11.546	0.112	23.32	1629	0.118	98.6
2.36-2.45	12.806	0.089	29.85	1583	0.093	99.9
2.45-2.56	14.406	0.071	39	1527	0.074	99.5
2.56-2.69	14.387	0.06	44.56	1492	0.062	99.7
2.69-2.83	14.484	0.045	54.64	1390	0.047	99.4
2.83-3	14.487	0.039	60.47	1316	0.041	99.5
3-3.21	14.472	0.032	69.25	1276	0.034	99.6
3.21-3.47	14.552	0.027	84.26	1150	0.028	99.7
3.47-3.8	14.338	0.026	99.35	1078	0.027	99.3
3.8-4.25	14.319	0.02	113.21	986	0.021	99.3
4.25-4.91	14.123	0.017	135.57	875	0.018	99.8
4.91-6.01	14.09	0.018	126.46	759	0.019	99.7
6.01-8.5	13.608	0.017	131.71	602	0.017	100
8.5-39.373	12.084	0.014	150.56	356	0.015	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_3304	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定
PARROT		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→39.373 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.44

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2223	1345	4.97 %	0
R_work	0.1913	-	-	-
obs	0.1928	27051	99.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.38 Å² / B_iso mean: 45.2647 Å² / B_iso min: 19.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→39.373 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1583	0	6	206	1795
B_iso mean	-	-	56.08	49.23	-
残基数	-	-	-	-	219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.879	2317
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.688	1046
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	306

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9679	0.2448	127	0.2135	2489	2616	98
1.9679-2.0467	0.2523	115	0.2029	2578	2693	100
2.0467-2.1399	0.2328	128	0.2037	2541	2669	100
2.1399-2.2527	0.2228	152	0.2049	2514	2666	100
2.2527-2.3938	0.2279	135	0.1979	2546	2681	99
2.3938-2.5786	0.2001	138	0.1923	2564	2702	100
2.5786-2.838	0.2113	144	0.1805	2536	2680	100
2.838-3.2485	0.2062	134	0.1803	2598	2732	100
3.2485-4.0921	0.2189	129	0.179	2614	2743	99
4.0921-39.3816	0.2331	143	0.2002	2726	2869	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6756	2.5416	-0.3127	2.6681	-0.5347	2.1907	-0.161	0.1007	0.4446	0.2709	0.3199	0.6977	-0.0694	-0.5315	-0.1118	0.2944	0.0425	0.0848	0.3236	0.1311	0.4421	14.9109	4.769	14.5373
2	4.8214	1.4433	2.4626	1.51	0.2441	1.6421	0.1092	0.2752	-0.1459	-0.0019	-0.2585	-0.0683	-0.3125	-0.0618	-0.0226	1.3758	0.4658	0.2869	0.9531	0.0572	0.7176	10.6875	4.0204	25.2635
3	1.7455	0.6065	0.125	3.1561	0.7827	3.2324	-0.0534	-0.0075	0.0249	0.081	0.1431	-0.01	-0.1205	-0.1326	-0.0872	0.1777	0.0329	0.0079	0.184	0.019	0.1861	28.6799	14.9535	9.6678
4	7.7145	0.982	-0.0423	7.7999	0.748	7.8649	0.1992	0.1137	0.4478	0.2147	0.321	0.4259	-0.7361	-0.8166	-0.3072	0.2843	0.1021	0.0625	0.2087	0.0553	0.3185	22.028	21.8672	11.3002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 58 )	A	21 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 106 )	A	59 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 107 through 239 )	A	107 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 240 through 265 )	A	240 - 265

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