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- PDB-6nal: Crystal Structure of Gram Negative Toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nal
タイトルCrystal Structure of Gram Negative Toxin
要素Thiol-activated cytolysinコレステロール依存性細胞溶解素
キーワードTOXIN (毒素) / CYTOLYSIN
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 3 / Thiol-activated cytolysin superfamily/Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain / Perfringolysin, domain 4 / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
イミダゾール / コレステロール依存性細胞溶解素 / コレステロール依存性細胞溶解素
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfobulbus propionicus
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Morton, C.J. / Lawrence, S.A. / Parker, M.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP160101874 オーストラリア
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: The Structural Basis for a Transition State That Regulates Pore Formation in a Bacterial Toxin.
著者: Wade, K.R. / Lawrence, S.L. / Farrand, A.J. / Hotze, E.M. / Kuiper, M.J. / Gorman, M.A. / Christie, M.P. / Panjikar, S. / Morton, C.J. / Parker, M.W. / Tweten, R.K.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol-activated cytolysin
B: Thiol-activated cytolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3545
ポリマ－106,0212
非ポリマー3323
水3,639202
1
A: Thiol-activated cytolysin
ヘテロ分子

B: Thiol-activated cytolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3545
ポリマ－106,0212
非ポリマー3323
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area42830 Å2
手法PISA
2
A: Thiol-activated cytolysin
ヘテロ分子

A: Thiol-activated cytolysin
ヘテロ分子

B: Thiol-activated cytolysin
ヘテロ分子

B: Thiol-activated cytolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,70710
ポリマ－212,0424
非ポリマー6656
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
Buried area14340 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area80210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.070, 85.430, 102.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Thiol-activated cytolysin / コレステロール依存性細胞溶解素


分子量: 53010.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfobulbus propionicus (strain ATCC 33891 / DSM 2032 / 1pr3) (バクテリア)
株: ATCC 33891 / DSM 2032 / 1pr3 / 遺伝子: Despr_1128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8RGW2, UniProt: A0A7U3YL07*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: PEG 6000, 10% Tacsimate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372, 0.97902, 0.97957
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.953721
20.979021
30.979571
反射解像度: 2.2→44.98 Å / Num. obs: 61001 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 35.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.31 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.314 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 2147128 / Scaling rejects: 2403
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.2-2.257.62.58944890.3581.0012.777100
9.83-44.9842.90.1197260.9980.0180.12199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3247精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→43.445 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2382 2609 4.91 %
Rwork0.1876 --
obs0.1901 53161 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 204.49 Å2 / Biso mean: 59.2977 Å2 / Biso min: 22.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→43.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7436 0 51 202 7689
Biso mean--61.11 48.23 -
残基数----947
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.34190.35421330.319826242757
2.3419-2.38690.38161210.294926692790
2.3869-2.43560.33941520.273426422794
2.4356-2.48860.32381560.262126032759
2.4886-2.54640.25041480.236426202768
2.5464-2.61010.29751330.216726562789
2.6101-2.68070.30591530.222126642817
2.6807-2.75950.28791450.220226472792
2.7595-2.84860.32681360.223926642800
2.8486-2.95040.30581260.223526652791
2.9504-3.06850.30261190.215226432762
3.0685-3.20810.2721200.204726862806
3.2081-3.37720.261340.200526422776
3.3772-3.58870.23591490.191526832832
3.5887-3.86560.26161420.19126342776
3.8656-4.25430.21831180.165827092827
4.2543-4.86920.18571360.138326812817
4.8692-6.13190.1681390.149726882827
6.1319-43.45250.16041490.14327322881

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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