ソフトウェア 名称 バージョン 分類 HKL-3000データ削減 REFMAC5.8.0232精密化 PDB_EXTRACT3.24 データ抽出 HKL-3000データスケーリング HKL-3000位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 5GGW解像度 : 1.6→47.64 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.976 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.971 / SU B : 2.437 / SU ML : 0.041 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.064 / ESU R Free : 0.063 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1557 5620 5 % RANDOM Rwork 0.1375 - - - obs 0.1384 107309 99.61 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 73.31 Å2 / Biso mean : 20.122 Å2 / Biso min : 11.84 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.03 Å2 0.02 Å2 -0 Å2 2- - 0.03 Å2 0 Å2 3- - - -0.11 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.6→47.64 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 5602 0 38 631 6271 Biso mean - - 40.89 35.45 - 残基数 - - - - 717
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.011 0.013 6236 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.017 5831 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.672 1.649 8586 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.497 1.573 13681 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.601 5 846 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg33.364 23.624 298 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.188 15 1070 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg12.695 15 26 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.089 0.2 825 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.01 0.02 7049 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 1253
LS精密化 シェル 解像度 : 1.602→1.644 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.262 395 - Rwork 0.24 7552 - all - 7947 - obs - - 95.46 %
精密化 TLS S11 : 0.0162 Å ° / T33 : 0.0017 Å2 / 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (23 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.6829 -0.0544 -0.0581 0.2496 0.0073 0.0309 0.016 0.012 -0.0048 -0.0097 0.008 0.0197 -0.008 -0.0064 0.0186 0.0006 -0.0041 0.0365 0.0024 -0.4662 45.858 46.055 2 0.6972 0.0733 -0.0635 0.2241 -0.0522 0.095 -0.0084 0.0131 0.0035 -0.0162 -0.0147 0.0246 0.0114 0 0.013 -0.002 -0.0015 0.0339 0.0016 -1.1199 45.8961 0.2322
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A18 - 504 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B21 - 504