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- PDB-6n9h: De novo designed homo-trimeric amantadine-binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n9h
タイトルDe novo designed homo-trimeric amantadine-binding protein
要素amantadine-binding protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / helical bundle / trimer / amantadine-binding protein
機能・相同性(3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-amine
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.039 Å
データ登録者Park, J. / Baker, D.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: De novo design of a homo-trimeric amantadine-binding protein.
著者: Park, J. / Selvaraj, B. / McShan, A.C. / Boyken, S.E. / Wei, K.Y. / Oberdorfer, G. / DeGrado, W. / Sgourakis, N.G. / Cuneo, M.J. / Myles, D.A. / Baker, D.
履歴
登録2018年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: amantadine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3143
ポリマ－9,1401
非ポリマー1742
水2,108117
1
A: amantadine-binding protein
ヘテロ分子

A: amantadine-binding protein
ヘテロ分子

A: amantadine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9419
ポリマ－27,4193
非ポリマー5236
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area11880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.986, 49.986, 67.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

308

21A-101-

308

31A-102-

NA

41A-310-

HOH

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要素

#1: タンパク質 amantadine-binding protein / ABP


分子量: 9139.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-308 / (3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-amine / Amantadine / アマンタジン


分子量: 151.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細Structure contains cationic amantadinium (ligand 308).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M citric acid, pH 4.0, 20% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月11日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.039→23.431 Å / Num. obs: 45841 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.9 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 62.1
反射 シェル解像度: 1.0392→1.0651 Å / Rmerge(I) obs: 0.263 / Num. unique obs: 2897

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIXdev_1616精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: De novo design model ABP

解像度: 1.039→23.431 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2139 1993 4.67 %
Rwork0.1964 --
obs0.1972 42644 92.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.039→23.431 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数607 0 12 117 736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.371842
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.851253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0392-1.06510.2211850.23271818X-RAY DIFFRACTION58
1.0651-1.09390.20591010.20992146X-RAY DIFFRACTION69
1.0939-1.12610.19321340.19372605X-RAY DIFFRACTION84
1.1261-1.16250.20481410.19792932X-RAY DIFFRACTION94
1.1625-1.2040.20951500.19873050X-RAY DIFFRACTION98
1.204-1.25220.20711470.20123086X-RAY DIFFRACTION99
1.2522-1.30920.18811560.20223111X-RAY DIFFRACTION100
1.3092-1.37820.22051510.2033105X-RAY DIFFRACTION100
1.3782-1.46460.23411520.19933125X-RAY DIFFRACTION100
1.4646-1.57760.21691540.193120X-RAY DIFFRACTION100
1.5776-1.73640.19851510.19863126X-RAY DIFFRACTION100
1.7364-1.98750.22071550.20653126X-RAY DIFFRACTION100
1.9875-2.50360.20671540.19083141X-RAY DIFFRACTION100
2.5036-23.43710.21891620.1953160X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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