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- PDB-6n8p: Crystal structure of the human cell polarity protein Lethal Giant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n8p
タイトルCrystal structure of the human cell polarity protein Lethal Giant Larvae 2 (Lgl2). Unphosphorylated, crystal form 1.
要素Lethal(2) giant larvae protein homolog 2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Lgl / Polarity / beta propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of spindle orientation / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / L-leucine transport / myosin II binding / regulation of Notch signaling pathway / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Golgi to plasma membrane transport / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / cortical actin cytoskeleton organization ...establishment of spindle orientation / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / L-leucine transport / myosin II binding / regulation of Notch signaling pathway / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Golgi to plasma membrane transport / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / cortical actin cytoskeleton organization / labyrinthine layer blood vessel development / cortical actin cytoskeleton / exocytosis / GTPase activator activity / post-embryonic development / adherens junction / PDZ domain binding / multicellular organism growth / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lethal(2) giant larvae protein / Lethal giant larvae homologue 2 / LLGL2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / WD40 repeats ...Lethal(2) giant larvae protein / Lethal giant larvae homologue 2 / LLGL2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LLGL scribble cell polarity complex component 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.193 Å
データ登録者Almagor, L. / Weis, W.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH58570 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the aPKC regulatory switch mechanism of the human cell polarity protein lethal giant larvae 2.
著者: Almagor, L. / Ufimtsev, I.S. / Ayer, A. / Li, J. / Weis, W.I.
履歴
登録2018年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal(2) giant larvae protein homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,3112
ポリマ－109,2751
非ポリマー351
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area34920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)78.699, 118.489, 126.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lethal(2) giant larvae protein homolog 2 / HGL


分子量: 109275.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LLGL2 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6P1M3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 19.8 % PEG 3350, 0.29 M Na2SO4, 0.1 M bis-tris propane pH 7.5, 3% methanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0055 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0055 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→39.35 Å / Num. obs: 20282 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.972 / Rmerge(I) obs: 0.419 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.19→3.41 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 2.097 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3625 / CC1/2: 0.495 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化解像度: 3.193→39.349 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 1989 9.84 %
Rwork0.2036 --
obs0.2081 20221 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.193→39.349 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6452 0 1 0 6453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4799030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1263921
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421009
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041173
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1934-3.27320.38341410.32661269X-RAY DIFFRACTION98
3.2732-3.36170.33041370.26731267X-RAY DIFFRACTION100
3.3617-3.46050.31661470.25811291X-RAY DIFFRACTION100
3.4605-3.57220.31981230.24731295X-RAY DIFFRACTION100
3.5722-3.69970.26161550.23541266X-RAY DIFFRACTION100
3.6997-3.84780.31681320.22171299X-RAY DIFFRACTION100
3.8478-4.02270.2741500.21441276X-RAY DIFFRACTION100
4.0227-4.23460.22551390.19021305X-RAY DIFFRACTION100
4.2346-4.49950.20941490.16721278X-RAY DIFFRACTION100
4.4995-4.84640.19231310.16271309X-RAY DIFFRACTION100
4.8464-5.3330.23311460.16281315X-RAY DIFFRACTION100
5.333-6.10220.24251380.19351324X-RAY DIFFRACTION100
6.1022-7.67880.25651410.20911332X-RAY DIFFRACTION100
7.6788-39.35250.20191600.18821406X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9696-0.09280.4312.48221.27142.42050.0043-0.2291-0.17640.0223-0.05770.4793-0.017-0.33390.07140.4169-0.00890.07680.52760.02220.6054-0.245264.538962.2552
23.15920.4176-0.98862.6656-1.44623.0189-0.1151-0.55070.1230.52850.04060.1681-0.36840.32650.05960.44440.0179-0.02550.4662-0.06340.402314.867282.884973.7856
30.750.46081.02980.58520.96972.4609-0.07760.0604-0.0399-0.2076-0.0345-0.0013-0.1170.15330.09890.47180.010.01060.5622-0.01580.475713.106771.927737.7569
41.10550.9582-0.31891.89850.01661.3263-0.11740.21220.1376-0.2730.07570.1438-0.2596-0.1870.02690.56320.0171-0.09620.6073-0.00530.5071-2.70166.09427.3713
51.73680.70732.49050.2821.00543.5558-0.0207-0.47590.04980.3369-0.01640.23760.1605-0.6676-0.00030.5594-0.0739-0.03510.76880.00910.6934-9.387655.544130.3379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 159 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 160 through 291 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 292 through 523 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 524 through 822 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 823 through 926 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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