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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n8f | |||||||||
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タイトル | RNA Duplex containing the internal loop 5'-GCUU/3'-UUCG | |||||||||
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![]() | RNA / Duplex / Internal loop / Bifurcated GU / UC pairs | |||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10)![]() | |||||||||
生物種 | unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | |||||||||
![]() | Berger, K.D. / Kennedy, S.D. / Turner, D.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Reveals That GU Base Pairs Flanking Internal Loops Can Adopt Diverse Structures. 著者: Berger, K.D. / Kennedy, S.D. / Turner, D.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 300.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 251.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 336.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6n8hC ![]() 6n8iC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3787.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3821.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1 mM RNA (5'-R(*CP*GP*CP*AP*GP*CP*UP*UP*AP*CP*GP*C)-3'), 1 mM RNA (5'-R(*GP*CP*GP*UP*GP*CP*UP*UP*UP*GP*CP*G)-3'), 90% H2O/10% D2O Label: Natural Abundance / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 130 Na+ mM / Label: Natural abundance / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |