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- PDB-6n8e: Crystal structure of holo-ObiF1, a five domain nonribosomal pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n8e
タイトルCrystal structure of holo-ObiF1, a five domain nonribosomal peptide synthetase from Burkholderia diffusa
要素holo-ObiF1
キーワードHYDROLASE / NRPS / beta-lactone / module / thioesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / catalytic activity / phosphopantetheine binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
MbtH-like domain / MbtH-like domain superfamily / MbtH-like protein / MbtH-like protein / Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / ANL, C-terminal domain ...MbtH-like domain / MbtH-like domain superfamily / MbtH-like protein / MbtH-like protein / Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / ANL, C-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Alpha/beta hydrolase family / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dimethyl hydrogen phosphate / 4-(4-nitrophenyl)-L-threonine / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / PHOSPHATE ION / holo-ObiF1
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia diffusa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kreitler, D.F. / Wencewicz, T.A. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116957 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The structural basis of N-acyl-alpha-amino-beta-lactone formation catalyzed by a nonribosomal peptide synthetase.
著者: Kreitler, D.F. / Gemmell, E.M. / Schaffer, J.E. / Wencewicz, T.A. / Gulick, A.M.
履歴
登録2018年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: holo-ObiF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,2667
ポリマ－152,3161
非ポリマー9506
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.325, 154.345, 183.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 holo-ObiF1


分子量: 152316.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia diffusa (バクテリア)
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5H1ZR44*PLUS

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非ポリマー , 6種, 17分子

#2: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-KFG / dimethyl hydrogen phosphate / りん酸ジメチル


分子量: 126.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7O4P
#4: 化合物 ChemComp-KFJ / 4-(4-nitrophenyl)-L-threonine


分子量: 240.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.54 % / 解説: 3D bricks with facets
結晶化温度: 287 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.8
詳細: well solution: 90 mM HEPES pH 6.8, 5% w/v 1,3-dimethylimidazolium dimethyl phosphate, 27% w/v PEG3350; protein sample: 25 mM HEPES pH 8.0, 25 mM NaCl, 0.4 mM TCEP, 5% v/v glycerol, 36.5 mg/mL ...詳細: well solution: 90 mM HEPES pH 6.8, 5% w/v 1,3-dimethylimidazolium dimethyl phosphate, 27% w/v PEG3350; protein sample: 25 mM HEPES pH 8.0, 25 mM NaCl, 0.4 mM TCEP, 5% v/v glycerol, 36.5 mg/mL holo-ObiF1; drop composition: 2 uL protein: 1 uL well solution under paraffin oil

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→39.7034 Å / Num. obs: 47131 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 64.97 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 4545 / CC1/2: 0.938 / Rpim(I) all: 0.171 / Rrim(I) all: 0.442 / Rsym value: 0.407 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U89, 5T3D, 3FLB

5u89

5t3d

3flb


解像度: 3→39.703 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 1998 4.25 %
Rwork0.2103 --
obs0.2116 47061 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 177.57 Å2 / Biso mean: 79.0011 Å2 / Biso min: 26.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→39.703 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9937 0 93 11 10041
Biso mean--88.93 33.5 -
残基数----1332
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3-3.0750.36931400.311331573297
3.075-3.15810.36791410.292731753316
3.1581-3.2510.32761420.266831923334
3.251-3.35590.24991410.255431703311
3.3559-3.47580.27821400.250931703310
3.4758-3.61480.26721400.236931783318
3.6148-3.77920.30031420.227131983340
3.7792-3.97830.22051410.209131833324
3.9783-4.22730.24711430.203732213364
4.2273-4.55330.21361430.181632203363
4.5533-5.01070.20341430.167532303373
5.0107-5.73390.22061440.192332533397
5.7339-7.2170.23971450.20732863431
7.217-39.70680.1771530.180934303583
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4259-0.20270.08252.3184-0.30971.87740.0358-0.0103-0.003-0.01870.0166-0.18960.02380.4046-0.0090.2849-0.0742-0.00480.498-0.01020.379-18.482-41.9077.755
21.109-0.1948-0.1031.02130.62732.29170.0248-0.02070.070.0895-0.00410.07830.1186-0.28470.00140.3765-0.1056-0.00170.4026-0.00740.4354-35.054-33.78522.54
31.6778-0.424-0.23342.35561.06961.5236-0.03-0.15020.21110.32080.1262-0.10360.24410.1187-0.10740.46980.015-0.01870.488-0.08330.4497-25.278-33.2139.511
41.9111-1.0396-0.75142.72511.13662.3755-0.1318-0.0066-0.120.48850.2768-0.18120.25920.1932-0.1170.57930.1233-0.09690.4712-0.15870.464-37.69612.60675.784
51.5988-0.1933-0.62413.43250.62581.90450.07850.27170.0031-0.25810.2391-0.81550.09330.5231-0.27680.58610.0936-0.04940.8556-0.30360.7157-20.3327.9360.843
61.2391-0.23390.39883.55432.18872.8573-0.2199-0.09720.30710.25550.2768-0.3458-0.02730.4956-0.07740.5440.0544-0.05060.5446-0.1780.61-29.138-11.6755.233
73.617-0.8188-1.86512.4130.51064.56420.4804-0.20110.983-0.1821-0.2129-0.2702-0.5591-0.3488-0.26350.433-0.01770.09490.4791-0.17280.7741.869-16.53821.075
82.8427-0.732-0.99181.70760.7072.53910.1386-0.91640.62340.24530.0289-0.1875-0.09440.4015-0.14730.389-0.10120.00310.825-0.14220.53711.548-25.08928.432
92.5097-0.3014-0.64691.5266-1.00022.0186-0.3381-0.29740.12240.42520.22320.28690.3953-0.41640.12370.7353-0.09410.12540.6254-0.20450.5756-45.122-19.58455.082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 4:169 )A4 - 169
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 170:379 )A170 - 379
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 380:453 )A380 - 453
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 454:616 )A454 - 616
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 617:776 )A617 - 776
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 777:870 )A777 - 870
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 1059:1131 )A1059 - 1131
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 1132:1303 )A1132 - 1303
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 1313:1370 )A1313 - 1370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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