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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n7p | |||||||||||||||
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タイトル | S. cerevisiae spliceosomal E complex (UBC4) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / pre-mRNA splicing / spliceosome / E complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / Processing of Intronless Pre-mRNAs / nuclear cap binding complex / positive regulation of RNA binding / RNA cap binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / primary miRNA processing / regulation of mRNA processing / mRNA splice site recognition ...: / : / Processing of Intronless Pre-mRNAs / nuclear cap binding complex / positive regulation of RNA binding / RNA cap binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / primary miRNA processing / regulation of mRNA processing / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / mRNA 3'-end processing / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / poly(U) RNA binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U4 snRNP / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / U2 snRNP / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U1 snRNP / response to osmotic stress / pre-mRNA 5'-splice site binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U2-type prespliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA 5'-splice site recognition / 7-methylguanosine mRNA capping / mRNA transport / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA transcription by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Liu, S. / Li, X. / Zhou, Z.H. / Zhao, R. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: A unified mechanism for intron and exon definition and back-splicing. 著者: Xueni Li / Shiheng Liu / Lingdi Zhang / Aaron Issaian / Ryan C Hill / Sara Espinosa / Shasha Shi / Yanxiang Cui / Kalli Kappel / Rhiju Das / Kirk C Hansen / Z Hong Zhou / Rui Zhao / 要旨: The molecular mechanisms of exon definition and back-splicing are fundamental unanswered questions in pre-mRNA splicing. Here we report cryo-electron microscopy structures of the yeast spliceosomal E ...The molecular mechanisms of exon definition and back-splicing are fundamental unanswered questions in pre-mRNA splicing. Here we report cryo-electron microscopy structures of the yeast spliceosomal E complex assembled on introns, providing a view of the earliest event in the splicing cycle that commits pre-mRNAs to splicing. The E complex architecture suggests that the same spliceosome can assemble across an exon, and that it either remodels to span an intron for canonical linear splicing (typically on short exons) or catalyses back-splicing to generate circular RNA (on long exons). The model is supported by our experiments, which show that an E complex assembled on the middle exon of yeast EFM5 or HMRA1 can be chased into circular RNA when the exon is sufficiently long. This simple model unifies intron definition, exon definition, and back-splicing through the same spliceosome in all eukaryotes and should inspire experiments in many other systems to understand the mechanism and regulation of these processes. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 6n7p.cif.gz | 1015.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6n7p.ent.gz | 754.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6n7p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 6n7p_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6n7p_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6n7p_validation.xml.gz | 117 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6n7p_validation.cif.gz | 194.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n7p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-U1 small nuclear ribonucleoprotein ... , 5種, 5分子 ABCDH
#1: タンパク質 | 分子量: 34506.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q00916 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27106.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05900 |
#3: タンパク質 | 分子量: 40413.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32605 |
#4: タンパク質 | 分子量: 65222.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03776 |
#8: タンパク質 | 分子量: 10485.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53207 |
-Pre-mRNA-processing ... , 2種, 2分子 EJ
#5: タンパク質 | 分子量: 74834.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39682 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 69176.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33203 |
-タンパク質 , 4種, 4分子 FGIK
#6: タンパク質 | 分子量: 57010.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q00539 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 56575.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03782 |
#9: タンパク質 | 分子量: 30245.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07508 |
#11: タンパク質 | 分子量: 22426.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40018 |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 LMNOPQ
#12: タンパク質 | 分子量: 16296.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02260 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 12876.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06217 |
#14: タンパク質 | 分子量: 11240.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43321 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10385.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12330 |
#16: タンパク質 | 分子量: 9669.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P54999 |
#17: タンパク質 | 分子量: 8490.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40204 |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 Rr
#18: RNA鎖 | 分子量: 182114.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1039023756 |
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#19: RNA鎖 | 分子量: 81030.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
-Nuclear cap-binding protein ... , 2種, 2分子 XY
#20: タンパク質 | 分子量: 100115.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34160 |
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#21: タンパク質 | 分子量: 23803.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08920 |
-非ポリマー , 1種, 3分子
#22: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Saccharomyces cerevisiae spliceosomal E complex (EBC4) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124825 / 対称性のタイプ: POINT |