PDB-6n74: Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 R271E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n74

タイトル

Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 R271E

要素

ATP synthase SpaL/MxiB

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.852 Å

データ登録者

Morales, Y. / Johnson, S.J. / Demler, H.J. / Dickenson, N.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Interfacial amino acids support Spa47 oligomerization and shigella type three secretion system activation.
著者: Demler, H.J. / Case, H.B. / Morales, Y. / Bernard, A.R. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E.

履歴

登録	2018年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n74.cif.gz	281.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n74.ent.gz	228.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n74	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n6lC 6n6mC 6n6zC 6n70C 6n71C 6n72C 6n73C 6n75C 6n76C 5swjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n6m-2 6n72-1 6n76-1 6n6z-2 6n73-1 6n72-2 6n76-2 6n71-2 2wzn-d 6n71-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (6) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (6) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: ATP synthase SpaL/MxiB

B: ATP synthase SpaL/MxiB

ヘテロ分子

78.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP synthase SpaL/MxiB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP synthase SpaL/MxiB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.153, 153.770, 54.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.050, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ATP synthase SpaL/MxiB 分子量: 39096.379 Da / 分子数: 2 / 変異: delta 1-79, R271E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.87 % / Mosaicity: 0.609 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: Tris, Ammonium Acetate, Lithium Sulfate, PEG 4000, MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
詳細: Rh coated flat bent mirror , toroidal focusing post monochromator

放射

モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 57246 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.557 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 394559

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.92	6.8	1.239	5715	0.547	0.51	1.343	0.431	98.9
1.92-1.99	7	0.849	5703	0.739	0.343	0.917	0.455	99.1
1.99-2.08	6.8	0.573	5706	0.868	0.234	0.62	0.466	99
2.08-2.19	6.4	0.391	5683	0.92	0.165	0.426	0.502	97.9
2.19-2.33	7.1	0.282	5711	0.957	0.114	0.305	0.534	99.5
2.33-2.51	7.1	0.208	5717	0.976	0.084	0.225	0.543	99.3
2.51-2.76	6.8	0.142	5739	0.987	0.058	0.154	0.588	98.9
2.76-3.16	7	0.094	5741	0.994	0.038	0.101	0.671	99.2
3.16-3.99	7	0.063	5753	0.997	0.026	0.068	0.734	99.2
3.99-50	7	0.048	5778	0.998	0.019	0.052	0.629	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

開始モデル: 5SWJ

5swj

解像度: 1.852→42.726 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2081	1993	3.48 %
R_work	0.1733	-	-
obs	0.1745	57190	98.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.72 Å² / B_iso mean: 43.8183 Å² / B_iso min: 19.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.852→42.726 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5203	0	10	421	5634
B_iso mean	-	-	93.51	46.22	-
残基数	-	-	-	-	665

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8525-1.8988	0.3463	139	0.2923	3721	3860	94
1.8988-1.9501	0.3204	138	0.2583	3974	4112	99
1.9501-2.0075	0.2755	143	0.2338	3958	4101	99
2.0075-2.0723	0.2358	138	0.2149	3926	4064	99
2.0723-2.1464	0.2519	146	0.2037	3909	4055	99
2.1464-2.2323	0.2264	146	0.1802	3930	4076	98
2.2323-2.3339	0.2098	142	0.1779	3991	4133	100
2.3339-2.4569	0.2325	149	0.1868	3982	4131	99
2.4569-2.6108	0.229	141	0.1834	3976	4117	99
2.6108-2.8124	0.2419	133	0.1861	3911	4044	99
2.8124-3.0953	0.2334	141	0.1845	3969	4110	99
3.0953-3.543	0.1882	144	0.1677	3987	4131	99
3.543-4.4631	0.1781	150	0.1433	3945	4095	98
4.4631-42.7372	0.1734	143	0.1506	4018	4161	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.324	-0.2937	0.3472	1.8179	-0.7885	1.3832	-0.0296	-0.1518	-0.0162	0.3071	-0.0069	-0.0588	-0.2373	0.1508	0.0768	0.2708	-0.043	-0.0174	0.2459	0.0257	0.2139	64.183	18.5828	-14.5906
2	1.953	-0.1235	0.3884	2.2209	-0.3013	2.2225	-0.1671	-0.1944	0.3333	0.4222	-0.0833	-0.1493	-0.5669	0.1033	0.0834	0.3939	-0.0514	-0.1054	0.245	0.0347	0.2851	69.9823	25.0503	-12.8948
3	1.4479	-1.5761	0.5567	2.673	-0.5484	0.2351	-0.0296	0.033	0.165	0.168	-0.0329	0.2247	-0.1248	-0.113	-0.0069	0.2427	0.0037	0.0138	0.2531	0.0081	0.277	49.5715	35.6241	-31.241
4	3.4419	0.1316	-0.1125	2.3104	-0.3565	1.7649	0.0966	0.163	0.2955	-0.415	0.0159	0.012	-0.0942	-0.0366	0.085	0.4186	0.0432	0.0496	0.394	0.0836	0.2922	65.4888	4.3342	-51.7787
5	1.6062	-0.1864	-0.339	1.7067	-0.7163	1.4546	-0.0419	0.1136	-0.0555	-0.2194	0.0232	0.0196	0.2031	0.0934	0.0342	0.2506	0.0043	0.0143	0.2268	0.0311	0.2179	59.8759	-7.2816	-32.5896
6	2.1996	-0.4813	0.0484	1.2735	-1.3099	1.3912	-0.2352	0.637	-0.6334	-0.5784	-0.0555	0.9794	0.5868	-0.1532	0.0733	0.4416	-0.0595	-0.0803	0.4375	-0.0973	0.5008	55.0482	-6.3364	-48.4693
7	2.0306	-0.2372	-0.1619	2.8433	-0.7655	1.7977	-0.0023	0.279	-0.1765	-0.6321	-0.0936	0.0317	0.3239	0.1895	0.0913	0.3673	0.0156	0.0376	0.2981	0.0472	0.2156	64.7716	-4.2564	-47.8422
8	1.3337	-0.6191	0.2831	3.8468	0.4987	1.8533	0.1153	0.2187	-0.2285	-0.818	-0.4506	0.0683	0.3904	0.0516	0.0026	0.4442	0.0642	0.1298	0.2794	0.0649	0.2814	67.2521	-11.985	-43.9487
9	1.8328	-0.2524	-0.3193	2.2849	0.0431	2.3209	-0.1624	-0.0149	-0.5786	-0.1444	0.0654	-0.1349	0.5205	0.1548	0.044	0.3275	0.0379	0.0918	0.2432	0.0663	0.384	66.8338	-14.8195	-35.8923
10	2.6402	-0.0578	-0.3191	2.6923	-0.489	2.1516	0.0271	0.0392	-0.3765	-0.2861	0.0101	0.1674	0.3495	-0.0912	-0.0418	0.324	-0.0368	0.0143	0.2504	0.0514	0.3366	53.7399	-16.7343	-28.4009
11	2.6878	3.1788	0.3681	8.7755	1.3047	1.2917	0.0426	-0.118	-0.4873	0.1116	-0.082	-0.41	0.0925	0.1267	-0.0901	0.2481	-0.012	0.0225	0.3473	0.0976	0.3467	46.8667	-19.8521	-17.3225
12	1.203	0.4834	-0.499	1.1321	-0.222	1.2016	-0.1154	0.096	-0.2356	-0.136	0.1589	0.2704	0.4832	-0.0981	-0.1573	0.2867	-0.0235	0.0012	0.3669	0.0546	0.4502	36.5881	-25.5192	-17.433
13	2.2794	-0.2449	0.7977	3.1632	0.0809	4.2753	-0.0101	-0.2648	0.114	0.0988	0.0752	0.5468	-0.0349	-0.6614	-0.0931	0.2099	-0.0104	0.0032	0.3044	0.0603	0.3565	42.5524	-6.4979	-25.1442

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 83 through 202 )	A	83 - 202
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 322 )	A	203 - 322
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 323 through 430 )	A	323 - 430
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 83 through 118 )	B	83 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 119 through 175 )	B	119 - 175
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 176 through 202 )	B	176 - 202
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 203 through 239 )	B	203 - 239
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 240 through 263 )	B	240 - 263
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 264 through 322 )	B	264 - 322
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 323 through 357 )	B	323 - 357
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 358 through 382 )	B	358 - 382
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 383 through 408 )	B	383 - 408
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 409 through 430 )	B	409 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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