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- PDB-6n5k: Structure of Human pir-miRNA-449c Apical Loop and One-base-pair F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n5k
タイトルStructure of Human pir-miRNA-449c Apical Loop and One-base-pair Fused to the YdaO Riboswitch Scaffold
要素RNA (125-MER)
キーワードRNA / microRNA / RNA processing / Protein-RNA interaction
機能・相同性Chem-2BA / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.098 Å
データ登録者Shoffner, G.M. / Peng, Z. / Guo, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1616265 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Three-dimensional structures of pri-miRNA apical junctions and loops revealed by scaffold-directed crystallography
著者: Shoffner, G.M. / Peng, Z. / Guo, F.
履歴
登録2018年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (125-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0577
ポリマ－40,5561
非ポリマー1,5016
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.960, 113.960, 114.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 RNA (125-MER)


分子量: 40555.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)

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非ポリマー , 5種, 12分子

#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.82 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Magnesium chloride, Cyclic di-AMP, Potassium Chloride, HEPEs
Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月12日
放射モノクロメーター: 0.9791 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.098→74.847 Å / Num. obs: 16089 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.8 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 3.098→3.18 Å / 冗長度: 39.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 16089 / CC1/2: 0.866 / Rpim(I) all: 0.444 / Rrim(I) all: 2.33 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QK8

4qk8


解像度: 3.098→74.847 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1864 1607 10.01 %
Rwork0.1769 --
obs0.1778 16046 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 312.56 Å2 / Biso mean: 123.8776 Å2 / Biso min: 69.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.098→74.847 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2681 96 6 2783
Biso mean--86.96 85.71 -
残基数----125
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0981-3.19810.421430.385612851428100
3.1981-3.31240.27311460.271313081454100
3.3124-3.44510.26641430.23581280142399
3.4451-3.60190.2591420.238112841426100
3.6019-3.79170.20791450.21771305145099
3.7917-4.02930.20681450.201712981443100
4.0293-4.34040.21341440.176712971441100
4.3404-4.77710.19021470.159513191466100
4.7771-5.46820.14911470.15913281475100
5.4682-6.88860.16281480.153513301478100
6.8886-74.86860.15061570.148214051562100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46190.65690.30970.4542-0.06050.55780.08790.01670.92510.1641-0.01421.1536-0.9265-1.1447-01.13210.1010.11421.3642-0.12361.5554-73.074516.3911-16.978
2-0.378-0.148-0.05721.9749-0.84030.91930.0971-0.01590.05840.2458-0.1315-0.1398-0.04720.0289-00.8596-0.12310.01740.7815-0.04120.8637-45.759910.4962-8.3192
3-0.0020.1927-0.07850.09061.286-0.38370.02660.00250.03930.01080.2425-0.2731-0.3660.567600.9637-0.18370.07330.9983-0.05711.0168-40.969326.9852-14.8767
43.2993-1.7648-1.77230.2699-0.95982.7590.5665-0.19060.7066-0.2743-0.2656-0.545-1.05590.8921-01.1327-0.33410.29341.06580.09961.0437-35.556229.2043-34.4029
50.1704-1.4695-0.05651.231-0.98550.40710.38370.3840.0278-0.6838-0.3187-0.0557-0.0653-0.24401.10560.21250.10871.0049-0.03940.8817-47.3336-0.298-46.3659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1resid 11:230
2X-RAY DIFFRACTION2resid 24:36 or resid 97:1070
3X-RAY DIFFRACTION3resid 40:49 or resid 88:960
4X-RAY DIFFRACTION4resid 50:74 or resid 82:870
5X-RAY DIFFRACTION5resid 76:81 or resid 118:1250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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