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- PDB-6n5e: Broadly protective antibodies directed to a subdominant influenza... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n5e
タイトルBroadly protective antibodies directed to a subdominant influenza hemagglutinin epitope
要素
  • FL-1066 heavy chain
  • FL-1066 light chain
  • Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza / antibody / complex / hemagglutinin / immunogen design / glycan / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bajic, G. / Schmidt, A.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI089618 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: Influenza Antigen Engineering Focuses Immune Responses to a Subdominant but Broadly Protective Viral Epitope.
著者: Bajic, G. / Maron, M.J. / Adachi, Y. / Onodera, T. / McCarthy, K.R. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Takahashi, Y. / Kelsoe, G. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G.
履歴
登録2018年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年11月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
H: FL-1066 heavy chain
E: FL-1066 heavy chain
G: FL-1066 heavy chain
I: FL-1066 light chain
F: FL-1066 light chain
D: FL-1066 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,30614
ポリマ－239,1849
非ポリマー2,1225
水00
1
A: Hemagglutinin
E: FL-1066 heavy chain
D: FL-1066 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5775
ポリマ－79,7283
非ポリマー8492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area32720 Å2
手法PISA
2
B: Hemagglutinin
G: FL-1066 heavy chain
F: FL-1066 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1534
ポリマ－79,7283
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area32290 Å2
手法PISA
3
C: Hemagglutinin
H: FL-1066 heavy chain
I: FL-1066 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5775
ポリマ－79,7283
非ポリマー8492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area32190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.560, 153.560, 91.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 31150.033 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03437
#2: 抗体 FL-1066 heavy chain


分子量: 25659.709 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 FL-1066 light chain


分子量: 22918.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, 20% w/v PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.49
反射解像度: 3→44.329 Å / Num. obs: 48395 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.436 % / Biso Wilson estimate: 55.673 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.321 / Rrim(I) all: 0.35 / Χ2: 0.898 / Net I/σ(I): 7.28 / Num. measured all: 311466 / Scaling rejects: 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3-3.36.4821.761.36120350.3151.91299.6
3.3-3.56.4470.8572.7458930.6710.93299.8
3.5-3.86.430.5853.8766800.8010.63699.8
3.8-46.430.3895.7933810.9210.42399.8
4-56.3840.2059.6799530.9810.22499.9
5-66.2940.16611.1744010.9860.18199.9
6-106.550.09317.2547700.9980.101100
10-206.5340.03836.1311370.9990.04199.6
20-306.0870.03239.911150.9990.035100
30-505.40.02343.443010.02588.2
44.329-500

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1HA0, 6N5B, & 4HKX

1ha0

6n5b

4hkx


解像度: 3→44.329 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 29.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2872 2304 4.76 %
Rwork0.2495 --
obs0.257 48395 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.5 Å2 / Biso mean: 55.2792 Å2 / Biso min: 27.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→44.329 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16241 0 140 0 16381
Biso mean--65.62 --
残基数----2133
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0034-3.06870.31261640.30852858302294
3.0687-3.140.34481140.30732893300796
3.14-3.21850.30561640.29952805296994
3.2185-3.30540.29871730.2942862303594
3.3054-3.40250.30971240.29112866299096
3.4025-3.51220.35471360.28722917305396
3.5122-3.63760.32641500.27892828297895
3.6376-3.7830.29611380.25962857299595
3.783-3.95480.26821350.25762912304795
3.9548-4.16290.30471530.24192875302895
4.1629-4.4230.2471400.22542851299195
4.423-4.76350.24281620.21792821298395
4.7635-5.24080.2741140.21842920303496
5.2408-5.99450.26261220.23142897301996
5.9945-7.53490.31331410.25582861300295
7.5349-31.26190.31751730.26042855302894

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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