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万見
- PDB-6n5b: Broadly protective antibodies directed to a subdominant influenza... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n5b
タイトルBroadly protective antibodies directed to a subdominant influenza hemagglutinin epitope
要素
  • Hemagglutinin
  • antibody heavy chain
  • antibody light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza / antibody / complex / hemagglutinin / immunogen design / glycan / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Bajic, G. / Maron, M.J. / Schmidt, A.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI089618 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: Influenza Antigen Engineering Focuses Immune Responses to a Subdominant but Broadly Protective Viral Epitope.
著者: Bajic, G. / Maron, M.J. / Adachi, Y. / Onodera, T. / McCarthy, K.R. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Takahashi, Y. / Kelsoe, G. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G.
履歴
登録2018年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: antibody heavy chain
L: antibody light chain
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6904
ポリマ－71,4693
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area28070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.002, 124.002, 90.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 antibody heavy chain


分子量: 24139.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 antibody light chain


分子量: 22637.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 24692.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#4: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 12% PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46.124 Å / Num. obs: 10398 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.158 % / Biso Wilson estimate: 114.572 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 83144 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allCC1/2
3-3.085.2196.1460.136080118211656.84998.6
3.08-3.175.3854.3850.236203115511524.87399.7
3.17-3.265.2782.770.456038114811443.08599.70.142
3.26-3.365.2192.2030.595657109010842.45999.40.16
3.36-3.475.1011.4580.945422106810631.6399.50.363
3.47-3.594.8671.0571.324925101710121.18799.50.524
3.59-3.724.9240.8341.73487510019900.93598.90.574
3.72-3.885.3720.6552.4450609509420.72799.20.723
3.88-4.055.3620.4673.3849289259190.51999.40.863
4.05-4.255.270.295.2646438888810.32399.20.94
4.25-4.485.2820.2176.8844328488390.24198.90.968
4.48-4.755.1580.1589.2940497967850.17698.60.977
4.75-5.084.970.13910.2136787477400.15699.10.982
5.08-5.484.6980.11611.1232326996880.1398.40.986
5.48-6.015.230.11512.333216506350.12897.70.986
6.01-6.715.3960.09614.3431465925830.10698.50.992
6.71-7.755.3280.0718.327495285160.07897.70.996
7.75-9.54.880.04725.3321574534420.05397.60.998
9.5-13.434.6790.03731.0415913573400.04295.20.998
13.43-46.1244.8140.02835.129582151990.03292.60.999

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.5→46.124 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2784 540 5.27 %
Rwork0.2355 --
obs0.2377 10239 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 274.04 Å2 / Biso mean: 134.9668 Å2 / Biso min: 82.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→46.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5029 0 14 0 5043
Biso mean--154.21 --
残基数----654
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5001-3.85220.38631340.31342397253199
3.8522-4.40920.30651280.24522416254499
4.4092-5.55360.26311430.21412399254299
5.5536-46.12760.25671350.22782487262297
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 207.0924 Å / Origin y: 208.4011 Å / Origin z: 0.0458 Å
111213212223313233
T1.1461 Å2-0.0288 Å20.059 Å2-0.9706 Å20.11 Å2--0.9159 Å2
L2.3893 °2-2.4562 °2-1.0178 °2-3.946 °21.598 °2--0.9659 °2
S0.2808 Å °-0.0546 Å °0.147 Å °-0.3538 Å °-0.0556 Å °-0.2142 Å °0.0216 Å °-0.0177 Å °-0.2221 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 218
2X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 211
3X-RAY DIFFRACTION1allB51 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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