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万見
- PDB-6n56: Crystal structure of fumarate reductase, flavo protein subunit, f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n56
タイトルCrystal structure of fumarate reductase, flavo protein subunit, from Helicobacter pylori G27
要素Fumarate reductase, flavo protein subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Helicobacter pylori / Fumarate reductase / flavo protein subunit / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate dehydrogenase / oxidoreductase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
succinate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of fumarate reductase, flavo protein subunit, from Helicobacter pylori G27
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarate reductase, flavo protein subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3141
ポリマ－81,3141
非ポリマー00
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.890, 63.890, 354.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Fumarate reductase, flavo protein subunit


分子量: 81313.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌)
株: G27 / 遺伝子: frdA, HPG27_176 / プラスミド: HepyC.18004.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B5Z9W3, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20.9 mg/mL HepyC.18004.a.B1.PS38425 against Molecular dimensions Morpheus screen, D9 (10% PEG20000, 20% PEG550 MME, 20 mM 1,6-hexanediol, 20 mM 1-butanol, 20 mM (RS)-1,2- propanediol 2- ...詳細: 20.9 mg/mL HepyC.18004.a.B1.PS38425 against Molecular dimensions Morpheus screen, D9 (10% PEG20000, 20% PEG550 MME, 20 mM 1,6-hexanediol, 20 mM 1-butanol, 20 mM (RS)-1,2- propanediol 2-propanol, 20 nM 1,4-butanediol, 20 mM 1,3-propanediol, 100 mM Bicine/Trizma base, pH 8.5), direct cryoprotection, tray 300244d9, puck ipi5-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月28日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→47.464 Å / Num. obs: 31955 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.087 % / Biso Wilson estimate: 51.147 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 23.75 / Num. measured all: 386236 / Scaling rejects: 193
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.4112.4750.5954.7722890.9490.619100
2.41-2.4812.4880.4845.7722560.9660.504100
2.48-2.5512.5090.4196.5822310.9710.437100
2.55-2.6312.4380.3398.0921020.980.353100
2.63-2.7112.3880.2859.5420710.9890.297100
2.71-2.8112.4480.22811.8420250.9910.237100
2.81-2.9112.4150.18514.0619630.9940.19399.7
2.91-3.0312.3080.13818.0518630.9960.14499.7
3.03-3.1712.2950.10922.5817770.9970.11499.7
3.17-3.3212.160.08527.7917450.9980.08999.7
3.32-3.512.0450.0732.8516500.9980.07399.6
3.5-3.7211.8630.06235.6715560.9990.06599.6
3.72-3.9711.810.05240.7514930.9990.05499.6
3.97-4.2911.6520.04347.0413900.9990.04599
4.29-4.711.540.04148.1412660.9990.04398.9
4.7-5.2511.680.03949.2511740.9990.04198.7
5.25-6.0711.590.0447.6110350.9990.04298.3
6.07-7.4311.3090.03949.849050.9990.04197.4
7.43-10.5110.5560.03653.747270.9990.03896.8
10.51-47.4648.7830.03749.664370.9980.0490.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
ARP/wARPモデル構築
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2BS2 as per MoRDa

2bs2


解像度: 2.35→47.464 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.74
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2224 2028 6.35 %0
Rwork0.1711 ---
obs0.1744 31914 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 134.2 Å2 / Biso mean: 52.5503 Å2 / Biso min: 3.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→47.464 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4812 0 0 215 5027
Biso mean---44.76 -
残基数----632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8146652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.582951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005874
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3501-2.40890.24751420.185320572199100
2.4089-2.4740.27611320.194521162248100
2.474-2.54680.26181660.197420692235100
2.5468-2.6290.23681180.192920932211100
2.629-2.7230.26951390.197720932232100
2.723-2.8320.28741540.205121092263100
2.832-2.96090.2941470.211421002247100
2.9609-3.11690.28051350.19721242259100
3.1169-3.31220.24291500.190521162266100
3.3122-3.56780.21381460.17921592305100
3.5678-3.92670.22591460.157821412287100
3.9267-4.49460.15381430.12972171231499
4.4946-5.66120.17151360.14932209234599
5.6612-47.47390.2261740.1742329250398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5315-0.2761.4714.2203-0.41745.38930.142-0.7383-0.58080.62840.2106-0.20770.8423-0.1514-0.32280.49810.0230.00260.48380.05640.41440.5540.0259136.821
22.73280.33680.91410.7619-0.09613.3332-0.06030.2342-0.0911-0.10120.08340.0570.0704-0.3946-0.02710.35640.00990.0050.2719-0.06210.289-3.2967.1527109.2631
33.4518-0.18370.27460.9439-0.32442.9569-0.03880.3614-0.1249-0.36760.115-0.02930.2770.16330.01830.3914-0.0378-0.00140.2718-0.03960.27610.09579.6341103.5786
42.5933-0.7061-0.05563.37940.72671.64510.0641-0.0028-1.0471-0.3559-0.0062-0.25430.37160.3676-0.03460.46110.03090.09650.36160.01440.699724.7451-10.2633111.5165
51.45220.1926-0.21130.88350.01822.1215-0.08640.01260.1308-0.12660.1049-0.108-0.1280.1116-0.01380.3752-0.0119-0.01330.2614-0.02840.352913.375616.3727111.1999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 653 through 707 )A653 - 707
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1 through 198 )A1 - 198
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 199 through 277 )A199 - 277
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 278 through 408 )A278 - 408
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 409 through 652 )A409 - 652

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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