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- PDB-6n56: Crystal structure of fumarate reductase, flavo protein subunit, f... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6n56 | ||||||
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Title | Crystal structure of fumarate reductase, flavo protein subunit, from Helicobacter pylori G27 | ||||||
![]() | Fumarate reductase, flavo protein subunit | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Helicobacter pylori / Fumarate reductase / flavo protein subunit / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of fumarate reductase, flavo protein subunit, from Helicobacter pylori G27 Authors: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 265.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 209.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 424.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 428.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2bs2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 81313.719 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: G27 / Gene: frdA, HPG27_176 / Plasmid: HepyC.18004.a.B1 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: B5Z9W3, Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 20.9 mg/mL HepyC.18004.a.B1.PS38425 against Molecular dimensions Morpheus screen, D9 (10% PEG20000, 20% PEG550 MME, 20 mM 1,6-hexanediol, 20 mM 1-butanol, 20 mM (RS)-1,2- propanediol 2- ...Details: 20.9 mg/mL HepyC.18004.a.B1.PS38425 against Molecular dimensions Morpheus screen, D9 (10% PEG20000, 20% PEG550 MME, 20 mM 1,6-hexanediol, 20 mM 1-butanol, 20 mM (RS)-1,2- propanediol 2-propanol, 20 nM 1,4-butanediol, 20 mM 1,3-propanediol, 100 mM Bicine/Trizma base, pH 8.5), direct cryoprotection, tray 300244d9, puck ipi5-8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 28, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→47.464 Å / Num. obs: 31955 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 12.087 % / Biso Wilson estimate: 51.147 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 23.75 / Num. measured all: 386236 / Scaling rejects: 193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry 2BS2 as per MoRDa Resolution: 2.35→47.464 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.74
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 134.2 Å2 / Biso mean: 52.5503 Å2 / Biso min: 3.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→47.464 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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