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- PDB-6n54: Crystal structure of human uridine-cytidine kinase 2 complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n54
タイトルCrystal structure of human uridine-cytidine kinase 2 complexed with 2'-azidocytidine monophosphate
要素Uridine-cytidine kinase 2
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Uridine-cytidine kinase 2 / UCK2 / Kinase / Complex / Azide
機能・相同性
機能・相同性情報


uridine/cytidine kinase / CTP salvage / ribosylnicotinamide kinase activity / uridine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / UMP salvage / phosphorylation / ATP binding / identical protein binding ...uridine/cytidine kinase / CTP salvage / ribosylnicotinamide kinase activity / uridine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / UMP salvage / phosphorylation / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine kinase-like / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KEA / PHOSPHATE ION / Uridine-cytidine kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.424 Å
データ登録者Cuthbert, B.J. / Nainar, S. / Spitale, R.C. / Goulding, C.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)1R21MH113062 米国
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2020
タイトル: An optimized chemical-genetic method for cell-specific metabolic labeling of RNA.
著者: Nainar, S. / Cuthbert, B.J. / Lim, N.M. / England, W.E. / Ke, K. / Sophal, K. / Quechol, R. / Mobley, D.L. / Goulding, C.W. / Spitale, R.C.
履歴
登録2018年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine-cytidine kinase 2
B: Uridine-cytidine kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,62015
ポリマ－57,0412
非ポリマー1,58013
水2,612145
1
A: Uridine-cytidine kinase 2
B: Uridine-cytidine kinase 2
ヘテロ分子

A: Uridine-cytidine kinase 2
B: Uridine-cytidine kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,24030
ポリマ－114,0814
非ポリマー3,15926
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area10600 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area36310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.329, 141.263, 247.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-442-

HOH

21A-460-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uridine-cytidine kinase 2 / UCK 2 / Cytidine monophosphokinase 2 / Testis-specific protein TSA903 / Uridine monophosphokinase 2


分子量: 28520.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UCK2, UMPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZX2, uridine/cytidine kinase

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非ポリマー , 5種, 158分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-KEA / 2'-azido-2'-deoxycytidine 5'-(dihydrogen phosphate) / 2'-azidocytidine monophosphate


分子量: 348.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N6O7P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Na/K phosphate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 198 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 29839 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.097 / Χ2: 1.764 / Net I/σ(I): 31.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 1456 / CC1/2: 0.724 / Rpim(I) all: 0.437 / Χ2: 0.589 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UEI

1uei


解像度: 2.424→46.583 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 2000 6.71 %
Rwork0.1888 --
obs0.1914 29824 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.424→46.583 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3286 0 100 145 3531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5174639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.8492034
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4239-2.48450.31791160.27121601X-RAY DIFFRACTION80
2.4845-2.55170.29571440.24532005X-RAY DIFFRACTION100
2.5517-2.62680.26511410.22751981X-RAY DIFFRACTION100
2.6268-2.71150.26421440.22561992X-RAY DIFFRACTION100
2.7115-2.80840.2591440.22332007X-RAY DIFFRACTION100
2.8084-2.92090.27921430.23171995X-RAY DIFFRACTION100
2.9209-3.05380.28641440.22981994X-RAY DIFFRACTION100
3.0538-3.21470.26871450.21422020X-RAY DIFFRACTION100
3.2147-3.41610.25661430.20631990X-RAY DIFFRACTION100
3.4161-3.67980.22741460.1792024X-RAY DIFFRACTION100
3.6798-4.04990.19421440.17412009X-RAY DIFFRACTION100
4.0499-4.63550.20521460.14822045X-RAY DIFFRACTION100
4.6355-5.83840.21721470.17412040X-RAY DIFFRACTION100
5.8384-46.59170.18761530.18112121X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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