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- PDB-6n2n: Crystal structure of 2-oxoglutarate:ferredoxin oxidoreductase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n2n
タイトルCrystal structure of 2-oxoglutarate:ferredoxin oxidoreductase from Magnetococcus marinus
要素
  • Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase, beta subunit
  • Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / thiamine pyrophosphate / [4Fe-4S] cluster / carbon fixation / reductive tricarboxylic acid cycle / rTCA / 2-oxoglutarate:ferredoxin oxidoreductase / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors / thiamine pyrophosphate binding / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, beta subunit / Pyruvate ferredoxin oxidoreductase beta subunit, C-terminal / Pyruvate ferredoxin oxidoreductase beta subunit C terminal / 2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, alpha subunit / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, thiamine diP-bdg / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, central domain / Pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase, catalytic domain ...2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, beta subunit / Pyruvate ferredoxin oxidoreductase beta subunit, C-terminal / Pyruvate ferredoxin oxidoreductase beta subunit C terminal / 2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, alpha subunit / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, thiamine diP-bdg / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, central domain / Pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase, catalytic domain / Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / THIAMINE DIPHOSPHATE / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain protein / Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase, beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetococcus marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.937 Å
データ登録者Chen, P.Y.-T. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM126982 米国
引用ジャーナル: Joule / 年: 2019
タイトル: A reverse TCA cycle 2-oxoacid:ferredoxin oxidoreductase that makes C-C bonds from CO2.
著者: Chen, P.Y. / Li, B. / Drennan, C.L. / Elliott, S.J.
履歴
登録2018年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain protein
B: Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase, beta subunit
C: Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain protein
D: Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase, beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,71914
ポリマ－187,7324
非ポリマー1,98710
水27,1491507
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23440 Å2
ΔGint-293 kcal/mol
Surface area54620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.282, 123.161, 162.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain protein


分子量: 62159.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetococcus marinus (strain ATCC BAA-1437 / JCM 17883 / MC-1) (バクテリア)
株: ATCC BAA-1437 / JCM 17883 / MC-1 / 遺伝子: Mmc1_1749 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0L8G4
#2: タンパク質 Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase, beta subunit


分子量: 31706.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetococcus marinus (strain ATCC BAA-1437 / JCM 17883 / MC-1) (バクテリア)
株: ATCC BAA-1437 / JCM 17883 / MC-1 / 遺伝子: Mmc1_1750 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0L8G5

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非ポリマー , 5種, 1517分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C12H19N4O7P2S
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 14% (w/v) PEG 8000, 0.21-0.28 M (NH4)2SO4, and 0.10 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.937→100 Å / Num. obs: 125663 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.937→2.01 Å / Num. unique obs: 11651 / CC1/2: 0.735

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WBX, 5C4I, 3G2E

4wbx

5c4i

3g2e


解像度: 1.937→98.152 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2049 6279 5 %
Rwork0.168 --
obs0.1698 125566 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.937→98.152 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13116 0 90 1507 14713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7118333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1388102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481979
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9367-1.95870.30481680.27013200X-RAY DIFFRACTION78
1.9587-1.98180.29441920.27313639X-RAY DIFFRACTION91
1.9818-2.00590.29842040.24733873X-RAY DIFFRACTION96
2.0059-2.03130.30992090.23163971X-RAY DIFFRACTION99
2.0313-2.05810.26612080.22923947X-RAY DIFFRACTION97
2.0581-2.08630.27072090.22173981X-RAY DIFFRACTION99
2.0863-2.11610.2932080.21493954X-RAY DIFFRACTION98
2.1161-2.14760.2692100.20963986X-RAY DIFFRACTION98
2.1476-2.18120.25582100.19863987X-RAY DIFFRACTION99
2.1812-2.2170.24342090.1943994X-RAY DIFFRACTION98
2.217-2.25520.25262100.19063981X-RAY DIFFRACTION99
2.2552-2.29620.23872100.19213974X-RAY DIFFRACTION98
2.2962-2.34040.21642090.18483962X-RAY DIFFRACTION98
2.3404-2.38820.22982020.18073861X-RAY DIFFRACTION94
2.3882-2.44010.24482100.17223980X-RAY DIFFRACTION99
2.4401-2.49690.2252110.17334019X-RAY DIFFRACTION98
2.4969-2.55930.24842110.17544001X-RAY DIFFRACTION98
2.5593-2.62850.21392130.1744035X-RAY DIFFRACTION99
2.6285-2.70590.21882110.1764025X-RAY DIFFRACTION99
2.7059-2.79320.21332130.17514048X-RAY DIFFRACTION99
2.7932-2.8930.23592130.17384037X-RAY DIFFRACTION99
2.893-3.00890.21252130.17234048X-RAY DIFFRACTION99
3.0089-3.14580.20782060.16563915X-RAY DIFFRACTION96
3.1458-3.31170.18362150.16224094X-RAY DIFFRACTION100
3.3117-3.51920.18742160.15094097X-RAY DIFFRACTION100
3.5192-3.79090.1562150.1394090X-RAY DIFFRACTION100
3.7909-4.17240.14452190.13474149X-RAY DIFFRACTION100
4.1724-4.77620.1562090.12793980X-RAY DIFFRACTION96
4.7762-6.01740.1832210.1524189X-RAY DIFFRACTION100
6.0174-98.27810.19562250.16754270X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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