PDB-6n2g: Crystal structure of Caenorhabditis elegans NAP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n2g

タイトル

Crystal structure of Caenorhabditis elegans NAP1

要素

Nucleosome Assembly Protein

キーワード

CHAPERONE / Nucleosome assembly / Histone binding

機能・相同性

機能・相同性情報

somatic cell DNA recombination / cholesterol binding / nucleosome assembly / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin binding / chromatin / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.003 Å

データ登録者

Bhattacharyya, S. / DArcy, S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Characterization of Caenorhabditis elegans Nucleosome Assembly Protein 1 Uncovers the Role of Acidic Tails in Histone Binding.
著者: Sarkar, P. / Zhang, N. / Bhattacharyya, S. / Salvador, K. / D'Arcy, S.

履歴

登録	2018年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb6n2g.ent.gz	358.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n2g_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n2g_full_validation.pdf.gz	467 KB	表示
XML形式データ	6n2g_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	6n2g_validation.cif.gz	51.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/6n2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/6n2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1x7w-d 2bfb-d 2zze-1 4jeh-d 1x7y-d 2fgz-d 6jmg-d 2hrz-1 2zzg-2 3qsy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleosome Assembly Protein

B: Nucleosome Assembly Protein

C: Nucleosome Assembly Protein

D: Nucleosome Assembly Protein

143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleosome Assembly Protein

D: Nucleosome Assembly Protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
71.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nucleosome Assembly Protein

C: Nucleosome Assembly Protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.597, 154.868, 92.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 13 through 250 or (resid 251...
2	1	(chain B and (resid 13 through 91 or (resid 92...
3	1	(chain C and (resid 13 through 91 or (resid 92...
4	1	(chain D and (resid 13 through 91 or (resid 92...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LYS	LYS	(chain A and (resid 13 through 250 or (resid 251...	A	A	13 - 250	13 - 250
1	2	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain A and (resid 13 through 250 or (resid 251...	A	A	251	251
1	3	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain A and (resid 13 through 250 or (resid 251...	A	A	10 - 298	10 - 298
1	4	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain A and (resid 13 through 250 or (resid 251...	A	A	10 - 298	10 - 298
1	5	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain A and (resid 13 through 250 or (resid 251...	A	A	10 - 298	10 - 298
1	6	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain A and (resid 13 through 250 or (resid 251...	A	A	10 - 298	10 - 298
2	1	SER	SER	GLY	GLY	(chain B and (resid 13 through 91 or (resid 92...	B	B	13 - 91	13 - 91
2	2	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain B and (resid 13 through 91 or (resid 92...	B	B	92	92
2	3	SER	SER	GLN	GLN	(chain B and (resid 13 through 91 or (resid 92...	B	B	13 - 293	13 - 293
2	4	SER	SER	GLN	GLN	(chain B and (resid 13 through 91 or (resid 92...	B	B	13 - 293	13 - 293
2	5	SER	SER	GLN	GLN	(chain B and (resid 13 through 91 or (resid 92...	B	B	13 - 293	13 - 293
2	6	SER	SER	GLN	GLN	(chain B and (resid 13 through 91 or (resid 92...	B	B	13 - 293	13 - 293
3	1	SER	SER	GLY	GLY	(chain C and (resid 13 through 91 or (resid 92...	C	C	13 - 91	13 - 91
3	2	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain C and (resid 13 through 91 or (resid 92...	C	C	92	92
3	3	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain C and (resid 13 through 91 or (resid 92...	C	C	10 - 298	10 - 298
3	4	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain C and (resid 13 through 91 or (resid 92...	C	C	10 - 298	10 - 298
3	5	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain C and (resid 13 through 91 or (resid 92...	C	C	10 - 298	10 - 298
3	6	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain C and (resid 13 through 91 or (resid 92...	C	C	10 - 298	10 - 298
4	1	SER	SER	GLY	GLY	(chain D and (resid 13 through 91 or (resid 92...	D	D	13 - 91	13 - 91
4	2	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain D and (resid 13 through 91 or (resid 92...	D	D	92	92
4	3	SER	SER	GLN	GLN	(chain D and (resid 13 through 91 or (resid 92...	D	D	13 - 293	13 - 293
4	4	SER	SER	GLN	GLN	(chain D and (resid 13 through 91 or (resid 92...	D	D	13 - 293	13 - 293
4	5	SER	SER	GLN	GLN	(chain D and (resid 13 through 91 or (resid 92...	D	D	13 - 293	13 - 293
4	6	SER	SER	GLN	GLN	(chain D and (resid 13 through 91 or (resid 92...	D	D	13 - 293	13 - 293

#1: タンパク質	Nucleosome Assembly Protein 分子量: 35706.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: nap-1, CELE_D2096.8, D2096.8 / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q19007

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.16 % / Mosaicity: 0.53 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Sodium HEPES pH 7.5 30% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.003→154.868 Å / Num. obs: 61500 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 56.33 Å² / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.125 / R_sym value: 0.115 / Net I/av σ(I): 6.1 / Net I/σ(I): 13.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
3.003-3.17	6.8	0.666	1.2	5141	0.27	0.72	0.666	97.4
3.17-3.36	7.4	0.356	2.2	5001	0.14	0.383	0.356	100
3.36-3.59	6.4	0.29	2.6	3255	0.124	0.316	0.29	69
3.59-3.88	6	0.223	2.7	3100	0.103	0.247	0.223	70.6
3.88-4.25	7	0.104	7.3	3253	0.043	0.113	0.104	79.9
4.25-4.75	7.3	0.081	9.3	3700	0.032	0.087	0.081	100
4.75-5.48	7.3	0.072	10.2	3295	0.029	0.078	0.072	100
5.48-6.71	7.2	0.077	9	2805	0.031	0.083	0.077	100
6.71-9.5	7	0.043	14.1	2209	0.017	0.046	0.043	100
9.5-19.796	6.6	0.028	16.3	1136	0.012	0.03	0.028	88.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.003→19.796 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.82 / 位相誤差: 27.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2553	3787	6.16 %
R_work	0.2407	-	-
obs	0.2416	61500	88.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.01 Å² / B_iso mean: 56.5533 Å² / B_iso min: 27.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.003→19.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8866	0	0	0	8866
残基数	-	-	-	-	1112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9052
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.721	12223
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1592
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.605	5491

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5333	X-RAY DIFFRACTION	10.107	TORSIONAL
1	2	B	5333	X-RAY DIFFRACTION	10.107	TORSIONAL
1	3	C	5333	X-RAY DIFFRACTION	10.107	TORSIONAL
1	4	D	5333	X-RAY DIFFRACTION	10.107	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.0027-3.0406	0.3434	194	0.3635	1972	2166	86
3.0406-3.0804	0.3209	179	0.3416	2403	2582	100
3.0804-3.1225	0.487	18	0.33	2537	2555	100
3.1225-3.1669	0.306	195	0.3208	2380	2575	100
3.1669-3.214	0.3353	194	0.3026	2371	2565	100
3.214-3.264	0.3538	192	0.2991	2367	2559	100
3.264-3.3173	0.2936	192	0.2998	2403	2595	100
3.3173-3.3742	10000000		0.2889	2541		100
3.3742-3.4352	0.3422	190	0.313	1194	1384	85
3.4352-3.5009	10000000		0.2945	797		82
3.5009-3.572	0.2718	196	0.2696	2372	2568	99
3.572-3.6492	0.3251	187	0.3024	1910	2097	91
3.6492-3.7335	10000000		0.2574	648		85
3.7335-3.8263	0.3291	187	0.2727	2365	2552	99
3.8263-3.9289	10000000		0.3036	969		86
3.9289-4.0436	0.276	190	0.2485	2041	2231	95
4.0436-4.1729	0.2227	185	0.222	2372	2557	99
4.1729-4.3206	10000000		0.2141	2547		100
4.3206-4.4917	0.2068	194	0.204	2357	2551	100
4.4917-4.6935	0.2405	183	0.2067	2383	2566	99
4.6935-4.9373	0.2071	185	0.196	2355	2540	100
4.9373-5.2413	0.2489	186	0.2101	2400	2586	100
5.2413-5.6373	0.242	192	0.2143	2342	2534	99
5.6373-6.1888	10000000		0.2232	2590		100
6.1888-7.0487	0.2325	190	0.2215	2366	2556	99
7.0487-8.7511	0.2085	184	0.19	2366	2550	100
8.7511-19.7968	0.1756	174	0.1851	2365	2539	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.5427 Å / Origin y: 32.7945 Å / Origin z: 0.3781 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3743 Å²	-0.0273 Å²	0.0072 Å²	-	0.3328 Å²	0.0259 Å²	-	-	0.3674 Å²
L	0.04 °²	-0.0456 °²	0.1035 °²	-	-0.042 °²	-0.0446 °²	-	-	0.42 °²
S	-0.0436 Å °	0.0334 Å °	0.0099 Å °	0.0391 Å °	-0.0077 Å °	0.0302 Å °	-0.1552 Å °	0.0147 Å °	0.0482 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	10 - 298
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	13 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	10 - 298
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	13 - 293

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