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万見
- PDB-6n29: Crystal structure of monomeric von Willebrand Factor D`D3 assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n29
タイトルCrystal structure of monomeric von Willebrand Factor D`D3 assembly
要素von Willebrand factor
キーワードBLOOD CLOTTING / von Willebrand Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen ...Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / positive regulation of intracellular signal transduction / immunoglobulin binding / Integrin cell surface interactions / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / response to wounding / integrin binding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / blood coagulation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / : / protease binding / cell adhesion / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain ...von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / von Willebrand factor type C domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor type A domain / Laminin / Laminin / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / von Willebrand factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dong, X. / Arndt, J.W. / Springer, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)CA-31798 米国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2019
タイトル: The von Willebrand factor D'D3 assembly and structural principles for factor VIII binding and concatemer biogenesis.
著者: Dong, X. / Leksa, N.C. / Chhabra, E.S. / Arndt, J.W. / Lu, Q. / Knockenhauer, K.E. / Peters, R.T. / Springer, T.A.
履歴
登録2018年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / reflns_shell
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von Willebrand factor
B: von Willebrand factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,09812
ポリマ－106,6602
非ポリマー1,43910
水1,802100
1
A: von Willebrand factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1807
ポリマ－53,3301
非ポリマー8506
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: von Willebrand factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9185
ポリマ－53,3301
非ポリマー5894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.690, 174.690, 104.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 von Willebrand factor / vWF


分子量: 53329.832 Da / 分子数: 2 / 変異: Q852R, C1009A, C1142A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VWF, F8VWF / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04275
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.13 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5.5% (w/v) PEG8000, 10% (w/v) PEG1000, 0.2 M calcium acetate and 0.1 M Tris-acetate, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 55726 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 14.1 % / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 5.19 / Mean I/σ(I) obs: 0.41 / Num. unique obs: 3570 / CC1/2: 0.114 / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.45 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 2101 3.78 %
Rwork0.2018 --
obs0.2033 55604 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7261 0 87 100 7448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70710315
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4934717
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4999-2.55810.38051210.37043071X-RAY DIFFRACTION87
2.5581-2.62210.40431370.36933471X-RAY DIFFRACTION97
2.6221-2.69290.43221370.39413498X-RAY DIFFRACTION99
2.6929-2.77220.39291410.36633575X-RAY DIFFRACTION100
2.7722-2.86160.37011390.32393571X-RAY DIFFRACTION100
2.8616-2.96390.3781420.29163575X-RAY DIFFRACTION100
2.9639-3.08260.30611400.26973582X-RAY DIFFRACTION100
3.0826-3.22280.2781400.25453571X-RAY DIFFRACTION100
3.2228-3.39270.2831420.23753604X-RAY DIFFRACTION100
3.3927-3.60520.24611410.2193617X-RAY DIFFRACTION100
3.6052-3.88350.22491430.19623620X-RAY DIFFRACTION100
3.8835-4.27410.2231420.17423622X-RAY DIFFRACTION100
4.2741-4.8920.1751430.13833649X-RAY DIFFRACTION100
4.892-6.16140.20591450.16723708X-RAY DIFFRACTION100
6.1614-48.45940.21571480.17353769X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68090.16880.77548.69883.82387.03450.6878-1.4909-0.28991.24410.0039-0.74610.4464-0.5634-0.65791.08140.209-0.0631.21970.03970.8974-40.5056138.453187.5186
29.3617-6.6103-6.37924.78925.08838.7990.59232.14690.0894-0.2626-1.52171.06-0.9481-2.14340.73740.88190.28070.10141.2446-0.04951.3145-19.4258127.96871.9812
33.88270.2385-2.0164.3503-0.13748.5857-0.0234-0.2713-0.34550.48020.1331-0.12651.13960.5784-0.08420.57080.1028-0.00980.4944-0.08480.54139.8833110.005570.7286
43.0187-0.4521.07483.4924-1.06477.19950.1524-0.17740.17630.24790.2084-0.4186-0.64570.6967-0.33410.5473-0.03970.1090.733-0.15010.631410.7442124.814488.2632
56.35061.9582-1.43311.7075-0.63716.24470.1257-0.43660.6049-0.26440.2004-0.4253-1.49390.581-0.2821.0177-0.24570.27550.7046-0.19990.944718.8281136.397662.0787
69.52783.28270.53833.96133.48683.9831-0.07440.3398-0.1444-1.1750.1931-0.5964-0.70110.517-0.12910.74980.0440.13770.77760.05160.601313.193119.996440.9849
76.9892-1.2629-3.88099.36122.80926.90530.14880.76660.9549-1.21580.18010.0481-0.5604-0.3834-0.28651.04610.36260.21781.11020.29531.051549.5446.598917.5401
88.4029-6.9369-3.37087.08823.76345.9048-1.3984-0.3703-0.97511.34080.3782-0.49621.02140.98410.84111.11450.31250.09970.79560.02361.270137.30467.616931.4601
93.7253-0.19280.52774.15062.3846.50160.02640.1560.0075-0.2675-0.06120.3078-0.5471-0.42480.03580.4460.04780.0470.4165-0.05130.455721.593198.13230.8184
105.3473-0.9899-0.12994.0783-0.59354.36920.30730.46730.3097-0.53160.1678-0.4822-0.34640.7142-0.4530.7251-0.06960.120.6156-0.15060.56338.185597.332415.052
113.77413.53990.59718.6852.79456.38070.2717-0.1665-0.15650.24540.0809-1.2294-0.42831.0533-0.3650.6359-0.1241-0.07220.8656-0.11240.893147.7415104.562242.2006
127.04315.8947-5.56286.689-5.5084.95690.1859-0.5420.45240.60310.0820.3771-0.83480.4883-0.36181.20850.07360.00110.698-0.09370.674430.684699.560861.9688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 764:828
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 829:864
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 865:1037
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 1038:1126
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 1127:1197
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resseq 1198:1252
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resseq 764:828
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resseq 829:864
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and resseq 865:1037
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resseq 1038:1126
11X-RAY DIFFRACTION11chain B and resseq 1127:1197
12X-RAY DIFFRACTION12chain B and resseq 1198:1252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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