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- PDB-6n1c: Crystal structure of Inorganic pyrophosphatase from Legionella pn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n1c
タイトルCrystal structure of Inorganic pyrophosphatase from Legionella pneumophila Philadelphia 1
要素Inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Characterization of a family I inorganic pyrophosphatase from Legionella pneumophila Philadelphia 1.
著者: Moorefield, J. / Konuk, Y. / Norman, J.O. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mayclin, S.J. / Staker, B.L. / Craig, J.K. / Barett, K.F. / Barrett, L.K. / Van Voorhis, W.C. / ...著者: Moorefield, J. / Konuk, Y. / Norman, J.O. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mayclin, S.J. / Staker, B.L. / Craig, J.K. / Barett, K.F. / Barrett, L.K. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. / McLaughlin, K.J.
履歴
登録2018年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase
D: Inorganic pyrophosphatase
E: Inorganic pyrophosphatase
F: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,94920
ポリマ－126,7336
非ポリマー1,21614
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15800 Å2
ΔGint-249 kcal/mol
Surface area37610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.080, 119.940, 74.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 11 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 11 and (name N or name...
31(chain C and (resid 11 or resid 13 through 40...
41(chain D and ((resid 11 and (name N or name...
51(chain E and ((resid 11 and (name N or name...
61(chain F and ((resid 11 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 11 and (name N or name...A11
121(chain A and ((resid 11 and (name N or name...A4 - 178
131(chain A and ((resid 11 and (name N or name...A4 - 178
141(chain A and ((resid 11 and (name N or name...A4 - 178
151(chain A and ((resid 11 and (name N or name...A4 - 178
211(chain B and ((resid 11 and (name N or name...B11
221(chain B and ((resid 11 and (name N or name...B5 - 202
231(chain B and ((resid 11 and (name N or name...B5 - 202
241(chain B and ((resid 11 and (name N or name...B5 - 202
251(chain B and ((resid 11 and (name N or name...B5 - 202
311(chain C and (resid 11 or resid 13 through 40...C11
321(chain C and (resid 11 or resid 13 through 40...C13 - 40
331(chain C and (resid 11 or resid 13 through 40...C42 - 45
341(chain C and (resid 11 or resid 13 through 40...C11 - 177
351(chain C and (resid 11 or resid 13 through 40...C11 - 177
361(chain C and (resid 11 or resid 13 through 40...C119
371(chain C and (resid 11 or resid 13 through 40...C11 - 177
381(chain C and (resid 11 or resid 13 through 40...C11 - 177
391(chain C and (resid 11 or resid 13 through 40...C11 - 177
411(chain D and ((resid 11 and (name N or name...D11
421(chain D and ((resid 11 and (name N or name...D6 - 176
431(chain D and ((resid 11 and (name N or name...D6 - 176
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511(chain E and ((resid 11 and (name N or name...E11
521(chain E and ((resid 11 and (name N or name...E4 - 177
531(chain E and ((resid 11 and (name N or name...E4 - 177
541(chain E and ((resid 11 and (name N or name...E4 - 177
551(chain E and ((resid 11 and (name N or name...E4 - 177
611(chain F and ((resid 11 and (name N or name...F11
621(chain F and ((resid 11 and (name N or name...F6 - 203
631(chain F and ((resid 11 and (name N or name...F6 - 203
641(chain F and ((resid 11 and (name N or name...F6 - 203
651(chain F and ((resid 11 and (name N or name...F6 - 203

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPase


分子量: 21122.242 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: ppa, lpg2764 / プラスミド: LepnA.00023.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZRW2, inorganic diphosphatase

-
非ポリマー , 5種, 494分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Molecular dimensions Morpheus screen, H12: 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD: 20mM of each sodium L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine HCl, DL-serine: 100mM Bicine/Trizma base ...詳細: Molecular dimensions Morpheus screen, H12: 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD: 20mM of each sodium L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine HCl, DL-serine: 100mM Bicine/Trizma base pH 8.5: LepnA.00023.a.B1.PS38421 at 21.3mg/ml: cryo: direct: tray 299905h12: puck hgu1-7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月11日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.967 Å / Num. obs: 71673 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.018 % / Biso Wilson estimate: 43.609 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 19.31
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.053.9940.6232.2552770.7850.71399.9
2.05-2.114.4090.4963.0851670.8720.56199.9
2.11-2.174.8140.3914.1349950.9250.43899.8
2.17-2.245.0860.2945.6448800.9570.32799.5
2.24-2.315.3940.2486.8247330.9720.27599.4
2.31-2.395.890.2088.4645570.9810.22899.4
2.39-2.486.6450.17210.7144160.9890.18799.4
2.48-2.586.8560.15711.4942380.9910.1799.5
2.58-2.76.8760.13213.3540430.9940.14399.5
2.7-2.836.9060.09617.3839000.9960.10399.6
2.83-2.986.920.06922.8236950.9980.07599.3
2.98-3.166.9330.05926.2534860.9980.06399.6
3.16-3.386.9240.04732.1133420.9990.05199.7
3.38-3.656.8540.03939.2330400.9990.04299.5
3.65-46.7160.03545.5128440.9990.03899.4
4-4.476.6960.0350.6625410.9990.03299.5
4.47-5.166.6680.02854.1622730.9990.0399.5
5.16-6.326.6990.02852.6719180.9990.03199.5
6.32-8.946.6930.02656.9315030.9990.02999.7
8.94-40.9676.2910.02460.18250.9990.02697.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3304)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
ARP/wARPモデル構築
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4xel as per Morda

4xel


解像度: 2→40.967 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.18
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2321 1980 2.76 %0
Rwork0.1934 ---
obs0.1945 71619 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.38 Å2 / Biso mean: 49.0626 Å2 / Biso min: 20.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→40.967 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7826 0 80 480 8386
Biso mean--61.22 46.77 -
残基数----1029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8811213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3214888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071435
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4229X-RAY DIFFRACTION8.287TORSIONAL
12B4229X-RAY DIFFRACTION8.287TORSIONAL
13C4229X-RAY DIFFRACTION8.287TORSIONAL
14D4229X-RAY DIFFRACTION8.287TORSIONAL
15E4229X-RAY DIFFRACTION8.287TORSIONAL
16F4229X-RAY DIFFRACTION8.287TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.2991230.260249565079100
2.05-2.10550.27561420.251649645106100
2.1055-2.16740.32631450.238649685113100
2.1674-2.23740.28341230.222949825105100
2.2374-2.31730.26531220.219750005122100
2.3173-2.41010.26491350.21749485083100
2.4101-2.51980.3191480.22074956510499
2.5198-2.65260.31121410.24054955509699
2.6526-2.81880.23331430.228449545097100
2.8188-3.03630.24741610.21574957511899
3.0363-3.34180.2681390.202349925131100
3.3418-3.8250.20851480.181749735121100
3.825-4.81790.17731670.149149695136100
4.8179-40.97540.21411430.171550655208100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5295-2.7881-0.67326.1218-0.36712.6360.54-0.11780.79890.4025-0.3618-0.6911-1.1350.5824-0.12030.7836-0.16490.1890.7413-0.10680.468316.162434.380750.7932
25.4178-2.2693-2.5297.66093.38323.59030.10190.0438-0.22810.35740.1525-0.64240.35290.133-0.27160.1969-0.008-0.02670.217-0.00170.366925.21325.421735.3976
31.75311.0354-0.05922.93160.65442.88230.08450.10630.09310.2031-0.15210.24870.1901-0.21030.07540.1653-0.0110.06050.23180.0080.226513.021128.908734.2326
43.0919-0.23960.042.1703-0.00466.24140.53-0.649-0.1011.0317-0.25570.7690.6988-0.7732-0.27160.5114-0.12970.13260.30540.02810.33748.76224.191146.8031
52222-6.078920.5902-1.93542.66441.1895-1.30591.1677-2.282-3.99760.71610.86910.0795-0.21120.9563-0.23460.429420.49440.763224.2258
61.2189-0.1150.66915.88593.37242.3737-0.08240.19470.1826-1.0665-0.31790.1401-0.49790.4662-0.00421.3303-0.17260.0830.8784-0.30980.308928.475326.9412-9.7944
72.1857-0.957-1.38481.8221.72131.7604-0.10350.18450.0301-0.86080.04360.276-0.3585-0.08730.08060.5311-0.0461-0.07240.4091-0.08050.245218.426134.10647.6624
82.4524-2.6482-0.9524.2976-1.1053.5715-0.28311.1547-0.1574-0.81010.29540.7441-0.0715-0.5361-0.06690.927-0.1603-0.29280.7854-0.03770.376815.372529.018-6.2391
91.23850.7266-0.82412.20790.35892.2902-0.32130.4522-0.5517-0.64720.24140.09910.0746-0.26720.00050.4802-0.0939-0.02340.4886-0.15140.278420.546221.30753.3573
102.81752.3741-1.71235.2866-3.36712.171-0.12210.60450.2804-0.29650.1748-0.1226-1.27640.4726-0.07661.013-0.30550.02390.48060.05420.19641.819853.44882.2124
116.07720.11370.92416.5392-1.13975.6214-0.19120.7688-0.0097-1.22280.18910.14480.31050.107-0.07240.5749-0.20950.11550.4403-0.03540.385836.737738.83254.2955
121.94151.4497-0.12021.0411-0.05780.0663-0.36560.5217-0.5279-0.66310.3769-0.4626-0.05350.1193-0.03630.453-0.11760.13690.4075-0.10780.333841.198336.52346.6858
133.94192.1259-2.28454.71932.73089.3292-0.08561.001-0.4741-1.41710.0775-0.80210.37990.48070.06631.0331-0.27980.22090.9011-0.09260.396745.474546.6625-6.2009
141.56870.2455-0.53050.0633-0.23252.4725-0.32560.83110.07-1.0460.4218-0.2014-0.72630.6101-0.19240.7236-0.33050.27690.5743-0.10610.224745.962448.72946.7783
152.86841.5952-0.03414.1725-0.03440.92130.02350.19490.5043-0.44940.371-0.3816-0.81340.7332-0.34920.7504-0.30440.12020.5987-0.1170.37451.525856.747415.3278
161.7185-1.9468-1.24093.65740.23971.8918-0.03740.5758-0.4768-0.99270.3722-0.9234-0.21830.6255-0.18290.3522-0.02850.16310.6332-0.17620.612252.624336.176910.3179
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18228.58972-7.221120.6933-2.8624.22141.8584-0.4516-1.6857-2.32910.6562-0.25991.03060.2328-0.19280.6578-0.15440.731938.151244.877822.2334
190.4501-0.35120.11771.34130.15274.9151-0.3108-0.08020.1208-0.3255-0.1404-0.0323-0.4701-0.22420.17081.0185-0.037-0.50470.65470.13360.92024.896252.81844.1854
206.9573-0.07251.10030.33890.35260.8605-0.22460.62970.2075-1.12230.11810.306-0.2399-0.02110.04360.67990.0048-0.16080.30690.00110.329623.980252.334610.263
213.50190.50330.87070.41530.27792.42760.09330.30950.1414-0.615-0.09690.0677-0.5031-0.02630.02610.53560.0185-0.10440.2401-0.00240.257626.906155.245615.7231
222.2336-1.65060.14492.1196-0.20313.4517-0.10090.23050.6315-1.1353-0.24970.1712-0.66320.07850.28420.65430.0022-0.23040.3279-0.01390.416516.506454.380810.3077
231.45351.59560.18923.93582.15681.75450.16350.12210.2706-1.0182-0.25091.1262-0.6584-0.33680.3190.66130.1306-0.32690.3199-0.04660.44212.993459.69715.6542
241.3546-1.3947-0.76671.63121.35062.16080.01550.24810.0142-0.3868-0.71131.4733-0.1064-0.5790.49520.35510.0696-0.19670.5464-0.15291.00573.904944.960418.1092
251.63930.64870.52985.24490.97411.7024-0.0851-0.31720.0897-0.5738-0.22260.6677-0.3922-0.16030.21110.45710.0659-0.07540.2843-0.03230.32418.860960.17124.9414
261.1320.04240.8902-0.0112-0.06891.4635-0.15620.2170.6583-1.1306-0.08961.2163-0.5073-0.15280.07561.01460.1846-0.55870.42210.06120.87278.896764.146310.8239
278.16391.70080.87272.4718-0.3043.120.0129-0.4997-0.63220.6072-0.0089-0.822-0.04840.2084-0.05420.319-0.0361-0.10580.2321-0.00430.41635.256343.115141.8772
282.57160.10610.26323.2863-0.21941.3977-0.0169-0.2305-0.0180.24720.0339-0.5213-0.20680.1261-0.00230.2252-0.047-0.05760.236-0.04480.316339.45153.721339.8489
295.72982.77461.73992.01771.99012.4664-0.0641-0.14561.2654-0.9175-0.4761-0.2305-0.35170.00230.3890.83890.1828-0.09670.4190.17831.326439.35669.705637.5401
300.3701-0.0029-0.79022.57090.2231.710.16760.014-0.44520.27650.1673-0.63720.07740.4648-0.26880.27180.0329-0.12460.3156-0.05310.806745.223328.065232.0661
311.7510.3259-0.58811.49750.36741.0339-0.00650.1142-0.61520.08510.0531-0.85540.10520.3290.00550.2960.0459-0.07530.3115-0.03820.869546.681618.119825.9143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 15 )A4 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 45 )A16 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 46 through 150 )A46 - 150
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 151 through 178 )A151 - 178
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 301 through 301 )A301
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 5 through 15 )B5 - 15
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 16 through 58 )B16 - 58
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 59 through 70 )B59 - 70
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 71 through 175 )B71 - 175
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 11 through 22 )C11 - 22
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 23 through 39 )C23 - 39
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 40 through 58 )C40 - 58
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 59 through 70 )C59 - 70
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 71 through 115 )C71 - 115
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 116 through 128 )C116 - 128
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 129 through 150 )C129 - 150
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 151 through 177 )C151 - 177
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 301 through 301 )C301
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 6 through 15 )D6 - 15
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 16 through 39 )D16 - 39
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 40 through 58 )D40 - 58
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 59 through 84 )D59 - 84
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 85 through 110 )D85 - 110
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 111 through 123 )D111 - 123
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 124 through 150 )D124 - 150
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 151 through 176 )D151 - 176
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 4 through 45 )E4 - 45
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 46 through 177 )E46 - 177
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 6 through 15 )F6 - 15
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 16 through 70 )F16 - 70
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 71 through 176 )F71 - 176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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