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万見
- PDB-6n12: Structure of GTPase Domain of Human Septin 7 at High Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n12
タイトルStructure of GTPase Domain of Human Septin 7 at High Resolution
要素Septin-7
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton component septin GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / non-motile cilium / cell division site / axoneme / cleavage furrow ...regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / non-motile cilium / cell division site / axoneme / cleavage furrow / cilium assembly / stress fiber / MAPK6/MAPK4 signaling / kinetochore / spindle / microtubule cytoskeleton / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Septin 7 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Septin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Brognara, G. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/15546-1 ブラジル
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Revisiting SEPT7 and the slippage of beta-strands in the septin family.
著者: Brognara, G. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
履歴
登録2018年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-7
B: Septin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4506
ポリマ－65,5152
非ポリマー9354
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area23720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.815, 82.815, 209.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Septin-7 / CDC10 protein homolog


分子量: 32757.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT7, CDC10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q16181
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol 0.03 M of each CaCl2 and MgCl2, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→69.68 Å / Num. obs: 39079 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 48.79 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 2.26 / Num. unique obs: 2845 / CC1/2: 0.529 / Rpim(I) all: 0.509 / % possible all: 98.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6N06

6n06


解像度: 2.23→40.618 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.49
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2164 1977 5.07 %Random selection
Rwork0.1813 ---
obs0.183 38992 99.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.01 Å2 / Biso mean: 68.1032 Å2 / Biso min: 36.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→40.618 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3924 0 58 179 4161
Biso mean--49.8 62.98 -
残基数----505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9425502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058629
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4522447
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.23-2.28580.3331170.29022611272898
2.2858-2.34760.30771400.2542631277198
2.3476-2.41670.28571750.24562593276898
2.4167-2.49470.25731370.22312634277198
2.4947-2.58380.26151470.20512648279599
2.5838-2.68720.2861230.20732602272599
2.6872-2.80950.24641530.22644279799
2.8095-2.95760.21761370.19392687282499
2.9576-3.14280.24011260.1942623274999
3.1428-3.38540.24941660.18552638280499
3.3854-3.72590.18691480.168526582806100
3.7259-4.26450.16491310.158626632794100
4.2645-5.37090.17641280.151926972825100
5.3709-40.62470.22221490.182686283599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.75610.77221.14994.7541.47291.7788-0.06050.01660.3130.15570.18260.1696-0.06670.172-0.12140.5002-0.16450.05670.42950.0110.440137.7553-1.275320.6235
21.35710.71080.52648.18620.99980.7682-0.18150.33560.0994-0.5080.4741-0.0105-0.23230.3273-0.3150.5336-0.21110.02380.5570.02320.400538.6972-5.01858.5027
33.6105-1.07611.49846.468-0.56992.97030.06150.2296-0.20930.09740.4668-1.1810.12320.6992-0.39430.5065-0.0458-0.12170.6908-0.24750.694951.0603-16.350713.1415
40.30810.80.3892.83761.58040.881-0.12510.15270.1054-0.85040.3756-0.3468-0.35480.3647-0.15910.7194-0.34710.02490.65870.0350.654644.28586.75310.1559
55.011-1.5258-2.8673.6831-1.40583.66640.14060.3904-0.38350.1210.1991-0.00830.43960.0747-0.33250.5798-0.0681-0.21630.3965-0.02890.405526.7423-35.9277.1114
64.9886-1.0607-0.9937.02821.19982.33250.04340.63380.3643-0.44680.1355-0.41150.04830.5975-0.24020.6877-0.1191-0.18340.7230.00310.489326.0366-30.6572-1.3165
74.25252.59670.59254.42241.19682.0622-0.07490.03320.2254-0.1320.21020.55840.42120.0043-0.14780.647-0.1567-0.13890.4260.16030.427514.9272-32.8566.8844
85.64062.6578-0.83493.3383-0.30660.1127-0.11240.33240.1761-0.09620.28720.36480.2120.0367-0.17820.6959-0.1383-0.11490.39190.09820.379716.8661-33.098213.2781
95.81941.74230.04483.52360.9621.08170.1503-0.52560.11910.67210.0625-0.00030.5770.0323-0.20770.8364-0.1047-0.18890.42060.05450.3829.4927-29.666222.8422
107.27821.0409-1.53683.4310.21582.77740.0582-0.0479-0.68760.38240.2332-0.78240.73070.3995-0.17940.77520.0554-0.31150.5416-0.11380.627936.6833-36.995715.5517
112.35453.52730.03247.02550.44444.44420.7603-0.35-0.97140.87120.032-0.9980.86660.4116-0.85330.92310.0602-0.27390.4448-0.06650.832138.2023-40.795614.8094
127.37592.5806-0.87692.95760.36422.93370.236-0.3484-0.15760.5518-0.2030.64630.5938-0.2111-0.12390.8631-0.2678-0.07550.47280.10790.58657.8933-41.424816.1832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 48 through 145 )A48 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 146 through 217 )A146 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 218 through 281 )A218 - 281
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 282 through 316 )A282 - 316
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 48 through 70 )B48 - 70
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 71 through 101 )B71 - 101
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 102 through 145 )B102 - 145
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 146 through 183 )B146 - 183
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 184 through 217 )B184 - 217
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 218 through 267 )B218 - 267
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 268 through 293 )B268 - 293
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 294 through 316 )B294 - 316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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