PDB-6n0i: 2.60 Angstrom Resolution Crystal Structure of Elongation Factor G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n0i

タイトル

2.60 Angstrom Resolution Crystal Structure of Elongation Factor G 2 from Pseudomonas putida.

要素

Elongation factor G 2

キーワード

TRANSLATION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Elongation Factor G 2

機能・相同性

機能・相同性情報

translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Wawrzak, Z. / Cardona-Correa, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.60 Angstrom Resolution Crystal Structure of Elongation Factor G 2 from Pseudomonas putida.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Wawrzak, Z. / Cardona-Correa, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2018年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n0i.cif.gz	542.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n0i.ent.gz	450.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n0i_validation.pdf.gz	460.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n0i_full_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示
XML形式データ	6n0i_validation.xml.gz	48.3 KB	表示
CIF形式データ	6n0i_validation.cif.gz	65.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fn5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4q5i-d 5xdx-1 10335 11149 6zbb-d 5b1a-2 4fax-d 5x1f-2 3eog-d 3abk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07336

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (19) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (19) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (12) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (5) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Elongation factor G 2

B: Elongation factor G 2

ヘテロ分子

157 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology, 4fn5

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.434, 79.968, 183.516
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 701 / Label seq-ID: 4 - 704

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Elongation factor G 2 / EF-G 2 分子量: 78202.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440) (バクテリア) 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: fusB, fusA-2, PP_4111 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q88FI4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 9.5 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: PACT (C10), 0.2M Magnesium chloride, 0.1M HEPES (pH 7.0), 20% (w/v) PEG 6000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月20日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 44241 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 65.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.041 / R_sym value: 0.078 / Χ²: 1.009 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2141 / CC_1/2: 0.742 / R_pim(I) all: 0.427 / R_rim(I) all: 0.912 / R_sym value: 0.804 / Χ²: 0.994 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FN5

4fn5

解像度: 2.6→29.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 34.051 / SU ML: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.351 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26393	2120	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22316	-	-	-
obs	0.22517	41967	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.367 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.06 Å²	0 Å²	1.04 Å²
2-	-	4.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→29.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10509	0	17	116	10642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	10709
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.168	1.646	14456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.292	1.578	23417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.478	5	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.598	22.151	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	6.857	15	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.327	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.053	0.02	12059
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.049	0.02	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.426	4.484	5408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.425	4.484	5407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.034	6.724	6753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.034	6.725	6754
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.708	4.811	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.708	4.812	5302
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.425	7.086	7704
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.091	52.986	11585
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.084	52.976	11582
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 19278 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	168	-
R_work	0.357	3006	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8986	-0.3473	0.7603	3.9651	0.1617	5.1171	0.0976	0.0365	-0.0115	0.5546	-0.0507	0.1157	0.3597	-0.6868	-0.0469	0.1651	-0.0747	-0.0156	0.1639	0.1096	0.1686	-0.7976	-10.5613	23.0402
2	3.2507	1.3408	-1.8237	3.6563	0.3835	3.9542	0.4129	-0.3285	0.585	0.7053	0.0612	-0.1125	-0.7776	-0.4106	-0.4741	0.6903	0.0753	0.0591	0.2776	-0.0172	0.4987	4.1259	7.8342	30.3973
3	2.3492	-0.5625	-1.3134	4.6716	0.8521	3.2255	-0.0118	0.3718	0.1351	-0.2622	-0.113	0.3794	0.1814	-0.7296	0.1248	0.23	-0.0718	-0.0598	0.3439	0.1244	0.1667	-1.0373	-16.2164	13.0465
4	8.7699	0.0852	1.3085	2.4075	0.2415	3.1425	0.1285	-0.059	-0.7228	-0.177	0.1541	-0.002	0.1114	0.0353	-0.2826	0.0194	-0.0139	-0.0194	0.0515	-0.0016	0.1193	3.2664	-41.4315	29.7704
5	0.8457	-1.6091	-2.2916	4.0613	4.3615	7.3723	-0.1499	-0.2471	0.1024	-0.046	0.4033	-0.181	0.4352	0.7123	-0.2534	0.1517	0.0173	0.0137	0.2116	-0.1511	0.1537	27.2956	-52.5087	11.0189
6	3.7488	-0.1969	0.7826	3.2505	1.4969	6.5087	-0.2601	0.3524	0.152	-0.0045	0.0693	0.0108	-0.4445	-0.0916	0.1908	0.0876	0.0004	-0.0625	0.0907	-0.0004	0.0502	23.3697	-29.1868	39.037
7	3.8614	1.6369	0.0138	5.6622	-0.762	3.3771	-0.0283	-0.0132	-0.054	-0.711	-0.0651	-0.7214	-0.1546	0.0161	0.0934	0.1804	0.0358	0.0433	0.2718	-0.1333	0.2035	24.4392	-9.0127	70.5608
8	0.9731	-0.2605	-0.1583	3.9657	-0.7031	1.7292	-0.1027	0.1811	0.2825	-0.9305	0.0463	0.082	-0.4357	-0.2136	0.0564	0.5218	0.0117	-0.1239	0.3135	-0.1168	0.2028	15.5289	4.3325	65.7534
9	3.7531	-0.0411	-1.3576	1.6963	1.1115	3.8013	-0.1218	-0.528	-0.1392	0.1696	-0.0464	0.0108	0.3744	0.3378	0.1682	0.0758	0.0051	-0.0122	0.411	-0.0455	0.0561	16.1923	-25.449	80.1011
10	7.5382	0.5402	1.5962	1.7782	-0.8522	2.1298	0.0286	-0.2226	-0.4755	-0.0788	0.0803	-0.0388	0.2428	-0.2299	-0.1089	0.0501	0.0296	-0.0108	0.2026	-0.0097	0.0335	11.7933	-39.8443	58.2539
11	2.454	0.2824	1.2537	3.3581	-4.4988	8.119	-0.1717	-0.071	0.2806	0.2575	0.4407	0.0933	-0.5038	-1.0828	-0.269	0.0645	0.1503	0.0077	0.5527	0.1766	0.1445	-8.2881	-50.911	82.2838
12	5.9007	-1.2742	0.299	2.6642	-1.7145	5.096	0.1527	-0.5042	0.2902	-0.2376	0.0986	-0.0118	-0.0722	0.1531	-0.2512	0.052	-0.0545	-0.0157	0.3051	0.0033	0.0864	-8.7331	-31.8734	49.8961

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 137
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	138 - 241
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	242 - 407
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	408 - 486
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	487 - 608
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	609 - 702
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	0 - 96
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	97 - 297
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	298 - 409
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	410 - 491
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	492 - 607
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	608 - 701

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万見 (Yorodumi)